主要荧光素一览表.doc

1）荧光素类 Fluorescein　　标准荧光素（Reference standard）之一,在其基础上进行结构改造,可产生一系列荧光素衍生物　　Fluorescein适用于Argon-ion Laser的488nm光谱线，有相对高的荧光吸收，较好的荧光产率以及良好的水溶性标记蛋白时通常不会产生蛋白沉淀　　与其他荧光素类衍生物一样，Fluorescein具有光淬灭率高，pH敏感性强与发射波谱宽的缺点　　主要应用于聚焦激光扫描微阵列（Confocal laser scanning microscopy）和流式细胞计应用（Flow cytometry）FITC　　异硫氰酸荧光素，Fluorescein isothiocyanate，是荧光素衍生物的一种，5-FITC较6-FITC更经常使用　　FITC的异硫氰酸基能与氨基反应，可用于标记氨基修饰DNA，一旦形成，产物极为稳定适用于Argon-ion Laser的488nm光谱线，Abs/Em=492/519nm（pH=9.0）与蛋白的结合力也强　　FITC具有荧光素衍生物的普遍特性在水中易变坏，不能长久保存　　FITC-Oligo 广泛用于杂交探针；FITC-多肽用于Edman降解蛋白测序；FITC也经常被用于蛋白电泳检测（即使是毛细管电泳）和荧光能量激发转移测试。

FAM　　羧基荧光素，Carboxyfluorescein，是荧光素衍生物的一种，5-FAM较6-FAM更经常使用　　Carboxyfluorescein-5-succimidyl ester，即5-FAM（NHS）广泛存在于荧光标记试剂盒与FITC相比，FAM与氨基反应更快，产物也更稳定，但FITC结合蛋白的量更大且进程更易于控制　　FAM也适用于Argon-ion Laser的488nm光谱线，Abs/Em=492/518nm（pH=9.0），具有荧光素衍生物的普遍特性，在水中稳定　　5-FAM主要应用于DNA自动测序中，标记其中的d/ddCTP（PE公司），也经常用于PCR产物定量，核酸探针等TET　　四氯荧光素，Tetrachloro fluorescein，是荧光素衍生物的一种　　TET以及HEX均是在FAM基础上加以改进的，氯原子使FAM的Abs与Em值都产生一定的红移，并在一定程度上减弱了pH敏感性TET也适用于Argon-ion Laser激发光源，Abs/Em=521/536nm 　　TET，HEX，FAM和TAMRA可配合用于DNA自动测序中，其中TET用于标记d/ddATP，HEX用于标记d/ddGTP或d/ddATP（PE公司）　HEX　　六氯荧光素，Hexachloro fluorescein，是荧光素衍生物的一种。

　　适用于Argon-ion Laser激发光源，Abs/Em=535/556nm请参见TET介绍）　JOE　　羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基荧光素，Carboxy-4',5'-dichloro-2'，7'-dimethoxyfluorescein，是荧光素衍生物的一种，6-JOE更被广泛使用　　JOE荧光产量高，pH敏感性弱，适合于标记蛋白6-JOE也适合于Argon-ion Laser激发光源，Abs/Em=520/548（pH=9.0）　　常用于DNA自动测序，标记d/ddATP，也经常被用于进行电泳检测与PCR产物定量2）罗丹明类（Rhodamine dye） R 110　　标准荧光素（Reference standard）之一,在其基础上进行结构改造,即可产生一系列罗丹明类衍生物　　与Fluorescein类衍生物相比，罗丹明类荧光素具有更强的光稳定性，更高的荧光产量以及更低的pH敏感性　　罗丹明类荧光素极为适合于标记寡核甘酸，但蛋白会引起大多数罗丹明类荧光素的荧光淬灭，故大多数不适宜用于标记蛋白　　R110被用于DNA自动测序TAMRA　　全称羧基四甲基罗丹明，即Carboxytetramethylrhodamine，是罗丹明类荧光素衍生物，6- TAMRA被广泛使用。

　　TAMRA是少数几个能用于标记蛋白的，6- TAMRA适用于Argon-ion Laser激发光源，Abs/Em=547/573nm（Ph=8.0），6-TAMRA（NHS）常用于荧光标记试剂盒中　　6- TAMRA主要用于DNA自动测序中Texas Red　　Texas Red是一个长波长荧光素,与Fluorescein几乎没有波谱重叠,只适合于Ar-Kr Laser的568nm光谱线或He-Ne Laser的594光谱线,比Tetramethylrhodamine和LissamineTM Rhodamine B波长更长，荧光量更高　　Texas Red在荧光微阵列和流式细胞计中更被经常作为第三波长标记(Third labels)3）BODIPY类 　　BODIPY类荧光素是由分子探针公司开发，以用来替代那些有部分缺陷的传统荧光素，普遍具有荧光产量高，pH敏感性低（无离子变化），光稳定性强以及发射波谱窄的优点，故BODIPY类荧光素已被广泛用于核酸，，脂肪酸，磷脂以及各种受体同时，由于在电泳过程中对序列片段影响小，故已被逐渐用于DNA自动测序但相对而言, BODIPY类荧光素并不特别适合标记蛋白.　　BODIPY FL可代替Fluorescein　　BODIPY R6G可代替Rhodamine 6G　　BODIPY TMR可代替Tetramethylrhodamine　　BODIPY TR可代替Texas Red　　这些BODIPY类荧光素具有与被替代物几乎类似的光谱特征，能共用同样的光过滤器与激发光源，但更具优点。

4）其他荧光素 Cascade blue　　Cascade blue是在芘 (pyrene)结构基础上改造得来的,即sulfonated pyrene,它是一种短波长紫外激发荧光素,与另一种常用的紫外荧光素Aminocoumarin相比,Cascade blue的Em与Fluorescein有更小的光谱重叠,有更高的荧光吸收和更大的荧光产量. Cascade blue在376nm处存在第二个吸收峰,水中不稳定　　Cascade blue 主要用于标记蛋白,作为极性示踪子(polar tracer)可进行膜蛋白定位等.但也能用于标记核酸和葡聚糖Aminocoumarin　　一种短波长紫外激发荧光素，通常使用的是7-amino-4-methylcoumarin, 红移现象明显,比Cascade blue有更长的发射波长,肉眼观察明显，更适用于confocal表1：主要荧光激发光源Excitation sourcePrincipal spectrum lines（nm）Mercury-arc Lamp366,405,436,546,578Xenon-arc Lamp250-1000(continous)Tungsten-halogen Lamp350-1000(continous)Cr:LiSAF Laser430Helium-cadmium Laser325,442Argon-ion Laser488,514Nd:YAG Laser532Helium-neon Laser543,594,633Krypton-ion Laser568,647表2：主要荧光素一览表DyeAbs/Em Max(nm)NotesAcridine orange500/526green fluorescence bound to DNA, and red shift to ~650 upon association with RNA, useful for flow cytometry.FAM492/518Most widely used green fluorescein, absorption overlaps the 488 nm spectral line of the argon-ion laser, prone to photobleaching, pH sensitive between pH 5-8,is widely used for automated DNA sequencingFITC494/519Subject to argon-ion laser, widespread use for hybridization, immunoreagent, protein sequencing and FRETHEX535/556pH insensitive, used for automated DNA sequencingJOE520/548Intermediate-wavelength spectra, important dye for automated DNA sequencing.Lissamine rhodamine B570/590Optimal for 568 nm excitation photostable,used in confocal laser scanning microscope.easier to label protein than TMR.Pyrene340/378 Excimer:470Long excited-state lifetime, spectral shifts due to excimer emission,used in protein comformation and oxygen sensors.ROX570/590spectra between Lissamine rhodamine B and Texas Red, used in automated DNA sequencing.TET521/536pH insensitive, used for automated DNA sequencingTetramethyl rhodamine555/580pH insensitive , photostable,Widely used for automated DNA sequencingTexas Red595/615Suited for the Ar-Kr 568nm and He-Ne 594nm spectra, brighter and lower background than other red dyes as third label, used in confocal laser scanning microscopesDansyl Chloride372/NDEnvironmentally sensitive, large stokes shift for protei sequencingDabcyl453/noneBroad absorption, no fluorescence, as a quenching group useful for fluorescence resonance energy transfer (FRET)CR-6G525/555Spectral between fluorescein and tetramethylrhodamine, good photostable, preferred nu。