PCR体系配置与优化
1页1、PCR 体系配置与优化1 模板模板可是 PCR 的关键,模板的质量是 PCR 成功的先决条件,巧妇难为无米之炊嘛! 怎样得到模板,这可是一个大题,仅仅一个提取基因组DNA就有很多的名堂,这会是我们后 面专辑的内容,这里不多说啦,有题来论坛讨论吧。P不出东西的时候不妨先考虑:模板有 没有题?(DNA样品中发现有多种污染物会抑制PCR。一些在标准基因组DNA制备中使用的 试剂,如SDS,在浓度低至001%时就会抑制扩增反应。)所需的最佳模板量取决于基因组的 大小。你的目的片段在基因组中占多少?至少要保证模板中含有一个单拷贝吧!100ng到1临 的人类基因组DNA,相当于3X104到3X105个分子。所以对于单拷贝基因,这需要01 “g 的人基因组 DNA,10ng 的酵母 DNA,1ng 的大肠杆菌 DNA 扩增多拷贝序列时, 用量更少灵敏的 PCR可从一个细胞,一根头发,一个抱子或一个精子提取的DNA中分析目的序列模板量过多则 可能增加非特异性产物DNA中的杂质也会影响PCR的效率。2引物引物以干粉形式运输。最好用TE重溶引物,使其最终浓度为100氏TE比去离子 水好,因为水的H经常偏酸
2、,会引起寡核苷的水解。当然,如果担心TE对于PCR的影响, 不妨用ddH2。引物的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的引物储存在-20。以大于 10卩浓度溶于TE的引物在-20C可以稳定保存6个月,但在室温(15C到30C )仅能保存不 到1周。干粉引物可以在-20C保存至少1 年,在室温(15C到30C )最多可以保存2个月。 注意:溶解之前先离心一下,防止一开盖就飞了。引物的浓度会影响特异性。最佳的引物浓 度一般在01到05氏较高的引物浓度会导致非特异性产物扩增。3 聚合酶的选择主要考虑两个方面:用途对保真度的要求高不高?成本高保真 的酶总是会贵一些的。综合考虑一下找个平衡点吧,当然啦,该花钱的时候可不能省。 TqDNA 聚合酶被看做是低保真度的聚合酶,因为其缺少3到 5外切核酸酶(校正)活性。使用带 有3到5外切核酸酶活性的热稳定聚合酶可以提高保真度。但是这些聚合酶的产量比TqDNA 聚合酶低。在很多公司的手册中有对各种酶特性的描述,大不妨比较一下。提醒一点:高保 真酶除了我所知的erk的Esy-A以外,都不会在3端加A尾巴(因为其3 -5外切酶活 性),所以做TA克隆的时候需
3、要一点小诀窍一一扩增完了再加普通Tq去加个A。另外还有 个方法:将 TqDNA 聚合酶同带有 3 到 5 外切核酸酶活性第二种聚合酶混合在一起可以获得 比单独TqDNA聚合酶高的保真度,并可以得到高产量及扩增长模板。4g2 +浓度镁离子影响PCR的多个方面,如DNA聚合酶的活性,这会影响产量;再如引 物退火,这会影响特异性。 dNTP 和模板同镁离子结合,降低了酶活性所需要的游离镁离子 的量。最佳的镁离子浓度对于不同的引物对和模板都不同,但是包含200MNTP的典型PCR 起始浓度是15m (注意:对实时定量PCR,使用3到5m带有荧光探针的镁离子溶液)。在多 数情况下,较高的游离镁离子浓度可以增加产量,但也会增加非特异性扩增,降低忠实性。 了确定最佳浓度,可以用01-5mmolL的递增浓度的g2+进行预备实验,选出最适的g2+浓度。 在PCR反应混合物中,应尽量减少有咼浓度的带负电荷的基团,例如磷酸基团或EDTA等可能 影响g2+离子浓度的物质,以保证最适g2+浓度。5dNTPs高浓度的dNTPs会对扩增反应起抑制作用。将每种dNTP的浓度从200卩降低到 25-50卩可以使扩增产物获得满意的产率。6KCl标准浓度为50mmolL,对于较短片段可将其提高到70-100mmolL
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