DS2.5使用教程
7页DS2。使用教程小分子1. 画图:小分子结构用cemdaw画好。另存为mol格式,文件名不支持中文.Cec快捷键为V2. 启动DS2。打开小分子 注意:3. Minimiation搜Miniiaion单击Tols中的imizti,屏幕左侧,Tools栏展开ulate scres:Forcefeld:选CHARm单击Ap oceield单击展开区最下方 Miiization4. 准备搜pere单击rotocol下的prepaeLgands 屏幕左侧展开双击屏幕左侧展开区 pepare Ligands屏幕右下角出现prepare Ligad 的相关表5. Rn (5) Job提示运行结果 双击查报告蛋白质6. 蛋白质从下载,或在中用open UL功能输入protenID号7. 打开(同小分子)8. 去水:选中左任务栏中的wer,eete9. 加H:点hemstry到Hyogens到H Ad10. 准备搜reare命令,单击rotcols中的prepaeprtein命令区展开,双击prepr rtei,单击R(5),右下角Job区显示进程,sucss后可双击看结果11. 定义活性位点(1) 选中配体小分子(如果有)(2) 搜dine命令(3) Tools中单击defie an dibindg sit下面的defie here fom eletion7. 删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接8. 对接搜cdokr命令点Prots中Receptor-Ligad Intcions下面的D igand(DOKER)展开左侧栏双击Procol中的Dock Ligns(CDCKR)右下侧表中Inpt Receor:选rotein Inptiad:选小分子 Inpsite sphee 一定要选上9. Rn /
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