Genemapper 微卫星分析中文操作指南.doc

GeneMapper 软件微卫星分析中文简易操作手册 设定微卫星分析方法：1. 登录软件2. 创建分析所需kit、panel和marker等参数；3. 创建新文件，导入数据；4. 设置分析参数；5. 执行初始分析；5. 创建Bin以及Bin Set； 微卫星分析流程：分析并检查结果：1. 编辑分析方法；2. 分析数据；3. 查看结果；打印并导出数据（可选）：1. 打印结果；2. 导出结果软件术语介绍：术语定义Analysis Parameters软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因型，这些特定设置包括analysis method, size standard 和panelbin在marker 内设定等位基因的片段大小和颜色bin set等位基因特定实验条件下一组binmarker微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度进行设定panelMarker组合kitpanel 组合一． 设定微卫星分析方法：1. 登录GeneMapper软件：1.1 选择开始 -- All Programs -- Applied Biosystems -- GeneMapper--GeneMapper ；或双击桌面快捷方式 打开软件；1.2 登录GeneMapper软件：用户名默认为gm，在Passwprd中输入密码，点击OK进入GeneMapper软件2 创建分析所需kit、panel和marker等参数: 2.1 点击软件上方工具栏Tools，选择Panel Manager；2.2 在Panel Manager对话框中，选中1 Panel Manager，点击2 新建 Kit；于New Kit对话框中依次输入Kit名称，Kit类型，并点击OK保存设置；2.3 在Panel Manager对话框中，选中1 STR KIT，点击2 新建 Panel；3中输入Panel名称；2.4 选中1 STR panel，点击2 新建Marker，在3 位置依次输入Marker Name (Marker名称) ，Dye Color (荧光标记种类) ，Min Size，Max Size (片段最小值和最大值) ，Marker Repeat (重复次数) ；2.5 重复2.4步骤，完成所有Marker设置， 点击OK保存；3. 创建新文件，导入数据： 3 .1 点击1 新建文件夹，在2 Project Type中文件夹类型选择Microsatellite ，点击OK；3.2 导入数据：点击1 Add Samples To Project 添加数据，在弹出的对话框中选择待分析数据，通过3 Add To List 添加到右边的面板中，点击4 Add完成数据添加；4. 设置分析参数：4.1 完成数据添加后，在1 位置，Analysis Method中选择New Analysis Method 新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型 2 Microsatellite，点击OK确认；4.2 设置分析参数：在Analysis Method Editor中，点击1 General，填写2 Name（分析方法名称）；之后点击3 Allele，在将4 Bin Set选择none；其它参数为软件默认，不需要 修改；点击OK确认；4.3 选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定Panel 和Size Standard（分子量内标）；4.4 完成分析参数设定后，选中Analysis Method，Panel和Size Standard栏目，点击1File，选择2Fill Down；此时，Analysis Method，Panel和Size Standard栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择；4.5 保存分析文件：点击File，选择Save Project，输入文件夹名称：5. 执行初始分析：5.1 点击分析按钮1，分析数据：5.2 在1 Genotypes中查看初步分析结果，或通过2 Display Plots选项查看样品分型图：5.3 在样品分型图界面中，Plot Setting选择 Microsatellite Default；通过软件上方的快捷按钮编辑数据显示方式：6 创建Bin Set：6.1 打开Tools—Panel Manager，选中1 STR Kit，点击2 新建Bin Set，在弹出的New Bin Set 对话框 3中输入Bin Set名称：6.2 添加参考数据：6.2.1 确保1 Bin Set已选择新建的Bin Set，选中2 STR Panel，此时会显示出之前新建的每个Marker，点击3 Add Reference Data 添加参考数据；6.2.3 在Add Microsatellite Reference Data对话框中，选择1 参考数据，通过2 Add To List 添加至右面的面板中，点击3 Add，完成添加：6.3 生成Bin Set：完成参考数据添加后，点击1 Auto Bin，之后使用软件默认参数，点击2 OK，自动生成Bin Set：6.4 编辑Bin Set：分别选中每个Marker 1 查看其对应的Bin，选中2 Bin，右键进行Bin的编辑或者删除，也可通过软件3处的快捷图标进行Bin的编辑；完成后点击OK生成Bin Set；二． 分析并检查结果：1. 编辑分析方法：点击软件上方快捷图标1 Analysis Method Editor，将Allele中的2 Bin Set修改为之前新建的Bin Set，其他参数保持默认，点击OK；2. 点击分析按钮再次分析数据，通过Genotypes查看分型结果，或选中数据通过Display Plots查看样品分型图；选中需要查看的数据，否则无法查看Samples Plot：查看样品分型图：三． 打印并导出数据（可选）：1. 在View中选择不同的界面（Samples，Genotypes等），再通过File—Export/Print 导出或者打印相应的数据：2. 在Analysis 中选择不同的界面（Display Plots，Report Manager等），再通过File—Export/Print 导出或者打印相应的数据： 。