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3. 化学结构和实验装置设计相关软件,3.1 常用化学图文输入软件简介,3.3 Chemoffice,3.2 ChemWindow,上章 下章 章目录,计算机化学,3.1 化学结构和实验装置设计相关软件,Chemoffice 2004: chemDraw，chem3D, chemFinder 平面结构、装置、立体模型、量化计算、数据库 ChemWindow 3.0-6.0：化学结构制作 ISIS_Draw ：化学结构制作 ACD/ChemSketch ：化学结构制作 ChemLab : 基本玻璃仪器软件 ★下载网址★ 中国化学软件网： 本人网站： 化学Windows的基本用法,基本工具 键(线型)工具 环型工具 箭头（含园弧）工具 文字工具（两种） 选择工具（两种） 处理工具（组合、删除，变型，旋转等） 结构模板工具,1 基本工具,2. 基本用法,,支点,,中点,单击：画结构 孤立点－画结构 支点－接基团 环状键中点－并环,,选,单击,单击,单击,2. 基本用法,拖动：画不同方向的结构 同按shift : 改变大小 ctrl ： alt键 ：画不饱和键,,按Shift,,拖动,选,拖动,按alt,3. 线与箭头工具,单双三键变换－不断单击单键,不同键的变换－新键自动替换原来的键,端基接基团－输入C、N、P、S等,4. 环状工具,控制点：支(端）点和中点 单击： 端点接基团 中点增加环,4. 环状工具,苯环：多元环－加共轭环,5. 曲线工具,平滑曲线、曲线箭头,5. 曲线工具,圆弧曲线箭头,6. 结构标准原子与文字输入,纯文字输入：用“T”工具 结构标注基团或原子：用特殊文字工具,7. 结构的选取与结构的处理,采用“矩形”或“套索”工具 选择,删除：选取后按Del键或用图标 单击对象删除 组合、去组合:若干图元作为一体处理或拆散处理 立体化：移动某些键使其立体化 对称变换：左右、上下镜像 旋转：任意角度 排列对齐: 与文字类似，可左右、上下、居中 均匀分布：上下、左右均匀分布,8. 结构的处理,,左右镜像,自己制作的结构保存后即为模板,9. 模板的制作与使用,取出后即可使用,插入表格 ，拖动后形成表格，即可输入内容,10. 其他功能,质谱碎片,10. 其他功能,画好结构后，选取按钮，在结构断点画直线即可,,,结构图形标注,10. 其他功能,画好结构后，选取按钮，在结构的原子位置上拖动，输入文字标注即可,,选,复制粘贴到其他软件如Word中 修改：粘贴到ChemWin中修改 或双击直接修改,11. 与其他软件的共享,12. 应用,输入反应式,线段的端点和中点为控制点 曲线中间有两个控制点 单击，画或改图元或基团 用苯环工具可画共轭圆 按住Shift键画，可改图元大小 输入文字要注意,小结,3.3 化学office,Chemoffice : 每年出新版本 版本：3.5 ： 约20MB 2002: 约 80MB 基本功能 ChemDraw : 结构制作与简单仪器制作 Chem3D ： 空间结构显示与量化计算 ChemFinder: 化学数据库制作,3.3.1 ChemDraw简介,基本功能与chemwind相同 特殊功能： 分子结构模板众多 玻璃容器与玻璃管模板：可制作实验装置 缺少功能 圆弧箭头，Kekule结构，结构大小的控制键,1 结构与仪器模板,模板按钮,氨基酸(Amino Acids)， 芳族(Aromatics)， 双环(Bicyclics)， 生物与胶体(Bioart)， 仪器1(Clipware, part 1) 仪器2(Clipaware, part 2) 构型(Conformers)， 五元环(Cp Rings)， 环烃(Cycloalkanes)， DNA(Templates)， 功能团(Functional Groups)， 杂环(Hexoses)， 苯环(Ph Rings)， 多方体(Polyhedra)，RNA(Templates)， 立体异构体(Stereocenters)， 超分子( Supramolecules ),应用示例,反应装置,2 特殊工具,插入表格、括号、薄层色谱图(04版)、对象加标注按钮,薄层色谱图,3 质谱碎片,,,4 显示分子性质,“View/Show Chemical Properties Window” 菜单,5 保存格式,常用格式：cdx 交换格式：mol 其他格式: 众多,3.3.2 Chem3D简介,提供功能 制作结构：单键、双键、三键，氢分子键，立体旋转 读取chemDraw结构 进行结构优化计算 进行量化结构,1 基本制作,制作结构：单键、双键、三键，氢分子键，立体旋转,2 结构不同显示方式,View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种,Wire Frame,Sticks,Ball-Sticks,Cylindrical Bonds,Space Filling,3 读取chemDraw结构,例如：在chemDraw中画有甲苯结构， 存成C6H6CH3.MOL 则chem3D可打开.,4 溶剂化影响模型,View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构,MM2计算,例如：甲苯结构，Minimal Energy计算 运算完后，执行 “Analyze/show measurements”菜单 可显示 键长Bond Lengths 键角Bond Angles 二面角Dihedral Angles 等分子优化前后的内坐标参数。

计算结果： Bond Lengths,C(1)-C(2) 1.397 1.392 C(1)-C(6) 1.400 1.392 C(1)-H(15) 1.102 1.100 C(2)-C(3) 1.396 1.392 C(2)-H(14) 1.102 1.100 C(3)-C(4) 1.396 1.392 C(3)-H(13) 1.102 1.100 C(4)-C(5) 1.397 1.392 C(4)-H(12) 1.102 1.100 C(5)-C(6) 1.400 1.392 C(5)-H(11) 1.102 1.100 C(6)-C(7) 1.509 1.497,6 性质计算,选择菜单“Analyze/Compute properties” 选择“Available”中要计算的性质，单击“add”按钮 单击“OK” 即算出分子的性质例如甲苯的沸点399.895K,7 其他计算,从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析,1. 进入中国化学软件网( Chemwin和Chemoffice。

2. 安装Chemwin和Chemoffice软件 3. 用chemwin和chemoffice软件制作如下结构,比较它们的差异上机作业,4 画出如下的结构,上机作业,5 输入如下的反应式,上机作业,6. 图元的组合（Group）与取消组合（Ungroup） 图形由若干个图元组成，由于图元位置各自独立，图形要移动时，只能一个个移若选取若干个图元，执行“组合”命令，这些组合后的图元作为一个整体处理，移动、复制、删除非常方便执行“取消组合”又可单独处理 7. 将上述结构和反应式粘贴到Word文档中保存，亦可以cwg后缀名保存上机练习,8. 画出1个实验蒸馏装置 9. 制作苯环分子的立体结构图，并进行分子几何的优化计算,下一章,,。