山东大学生物信息学课件03生物信息学数据库及检索策略
112页1、NCBIBioinformatics database and retrieval strategyNCBI1.重要生物信息数据库2.生物信息数据及其格式3.数据库检索工具EntrezContentNCBINCBINCBI11、重要生物信息中心、重要生物信息中心 Bioinformatics Bioinformatics CentresCentresNCBI NCBI National Center for Biotechnology Information National Center for Biotechnology Information (US)(US) www.ncbi.nlm.nih.govwww.ncbi.nlm.nih.govEBIEBI European Bioinformatics Institute European Bioinformatics Institute (EU)(EU) www.ebi.ac.ukwww.ebi.ac.ukDDBJ DNA Data Bank of Japan DDBJ DNA Data Bank of Japan (JP)(JP
2、) www.ddbj.nig.ac.jp www.ddbj.nig.ac.jpExPASyExPASy Expert of Protein Analysis System ( Expert of Protein Analysis System (SwitzerlandSwitzerland ) ) www.expasy.ch www.expasy.chPDB Protein Data Bank (US)PDB Protein Data Bank (US) www.rcsb.org/pdb/ www.rcsb.org/pdb/ CBIPKU CBIPKU 北京大学生物信息中心北京大学生物信息中心 (CNCN) BioSino 中国生物信息中心中国生物信息中心 (CN )(CN ) www.biosino.org www.biosino.orgNCBINCBINCBINCBINCBINCBITools for Bioinformatics ResearchTools for Bioinformatics ResearchEntrezEntrezSRSSRSNCBI数据库的集成与检索界面的统
3、一数据库的集成与检索界面的统一XMLXMLSite ASite BData IntegrationNCBINCBISRSSRS( (S Sequence equence R Retrieval etrieval S Systemystem ) )SRSSRS是欧洲分子生物学网是欧洲分子生物学网EMBnetEMBnet的主要检索工具的主要检索工具SRS, Sequence Retrieval System, is a powerful database management system developed specifically for biological databases. The goal of SRS is to provide an efficient access to databases with biological contents no matter in what format are they available and allowing for complex search criteria.NCBI数据库记录的格式与检索路口NCBI核酸核酸/ /蛋白质数
4、据库记录的组成蛋白质数据库记录的组成n n由于历史原因,各种生物数据库采用了由于历史原因,各种生物数据库采用了不同的信息格式不同的信息格式不同的信息格式不同的信息格式,许多,许多生物计算机软件也要求生物计算机软件也要求特定的核酸和蛋白质序列输入格式特定的核酸和蛋白质序列输入格式特定的核酸和蛋白质序列输入格式特定的核酸和蛋白质序列输入格式。n n一个数据库记录一个数据库记录(entry)(entry)一般由两部分组成:一般由两部分组成:原始序列数据原始序列数据原始序列数据原始序列数据和描和描述这些数据述这些数据生物学信息的注释生物学信息的注释生物学信息的注释生物学信息的注释(annotation)(annotation)。注释中包含的信息注释中包含的信息与相应的序列数据同样重要和有应用价值,值得注意。与相应的序列数据同样重要和有应用价值,值得注意。n n序序列列部部分分和和注注释释部部分分两两者者都都有有固固定定格格式式,以以便便计计算算机机读读取取。各各个个数数据据库库的的具具体体格格式式又又有有所所不不同同,大大致致分分成成GenBankGenBank和和和和EMBLEMBL两种风格
5、。两种风格。NCBIGenBankGenBank Records RecordsHeaderFeature TableSequenceThe Flatfile FormatNCBIGenBankGenBank格式格式格式格式GenBankGenBank格式:格式:格式:格式:每个条目都是一份每个条目都是一份纯文本文件纯文本文件纯文本文件纯文本文件。每行左端为空格或为识别字,。每行左端为空格或为识别字,识别字均为识别字均为完整英文字完整英文字完整英文字完整英文字,不用缩写。,不用缩写。 格式可以分成格式可以分成3 3个部分:个部分:1 1)头部包含关于整个序列的信息(描述字符),从头部包含关于整个序列的信息(描述字符),从头部包含关于整个序列的信息(描述字符),从头部包含关于整个序列的信息(描述字符),从 LOCUSLOCUS行到行到行到行到ORIGINORIGIN行行行行;2 2)注释这一序列的特性()注释这一序列的特性()注释这一序列的特性()注释这一序列的特性(Feature TableFeature Table),为注释核心部分;),为注释核心部分;),为注释核心部分;),为注释
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