knitr与动态报告生成系统-第五届 R 会议北京会场

1、,knitr 与动态报告生成系统 第五届 R 会议北京会场,中国人民大学统计学院,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,1 / 40,提纲,1,文学化编程与 knitr 2 knitr 简 介 语法概览和全局参数 代码和文本输出 图片和动画 缓存 代码引用和外部代码 编辑器 常见错误,3 应用案例与学习资源,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,2 / 40,文学化编程与 knitr,提纲,1,文学化编程与 knitr 2 knitr 简 介 语法概览和全局参数 代码和文本输出 图片和动画 缓存 代码引用和外部代码 编辑器 常见错误,3 应用案例与学习资源,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,3 / 40,文学化编程与 knitr,什么是文学化编程？,Let us change our traditional attitude to the construction of programs: Instead

2、 of imagining that our main task is to instruct a computer what to do, let us concentrate rather on explaining to humans what we want the computer to do. Donald E. Knuth, Literate Programming, 1984 简单的说就是：文章和代码混编，生成动态报告。,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,4 / 40,文学化编程与 knitr,为什么需要文学化编程？, 减少体力劳动 保证正确 提高可读性 便于可重复研究 (Reproducible Research) 便于维护,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,5 / 40,文学化编程与 knitr,已有的工作, 十年之痒 Sweave (S + weave) 其他相关 R 包：cacheSweave, pgfSweave,odfWeave,

3、R2HTML, highlight, . 其他统计软件: SASweave, Statweave, . 其他语言: Org-mode (Emacs), Javadoc, noweb, cweb,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,6 / 40,文学化编程与 knitr,为何重复发明轮子？, 爱之深，痛之切 改良之路走不通： 700 行源代码，想添加 3 行? 先复制 700 行. 位图支持 (png, jpeg) 需要更灵活的输出 (比如图片大小控制) knitr = Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + R2HTML:RweaveHTML + highlight:HighlightWeaveLatex + 0.2 * brew + 0.1 * SweaveListingUtils + more,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,7 / 40,文学化编程与 knitr,如何用 R 进行可重复研究？,统计之都 (h

4、ttp:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,8 / 40,文学化编程与 knitr,如何用 R 进行可重复研究？, 有些青年：运行程序复制黏贴复制黏贴. 运行程序复制黏贴.,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,8 / 40,文学化编程与 knitr,如何用 R 进行可重复研究？, 有些青年：运行程序复制黏贴复制黏贴. 运行程序复制黏贴. 普通青年：Sweave,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,8 / 40,文学化编程与 knitr,如何用 R 进行可重复研究？, 有些青年：运行程序复制黏贴复制黏贴. 运行程序复制黏贴. 普通青年：Sweave 文艺青年：knitr,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,8 / 40,文学化编程与 knitr,如何用 R 进行可重复研究？, 有些青年：运行程序复制黏贴复制黏贴. 运行程序复制黏贴. 普通青年：Sweave 文艺青年

5、：knitr,有何文艺之处？请听后续分解,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,8 / 40,knitr 简介,提纲,1,文学化编程与 knitr 2 knitr 简 介 语法概览和全局参数 代码和文本输出 图片和动画 缓存 代码引用和外部代码 编辑器 常见错误,3 应用案例与学习资源,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,9 / 40,knitr 简介,名称, knitr = knit + R (类似 S + weave); 发音：neater? R 小 写 唯一性，不是一个单词 (失败案例：ConTeXt),统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,10 / 40,knitr 简介,特性, 代码整理和高亮 图片控制 结果缓存 支持 LATEX、Markdown、HTML、rST 等多格式输入和 HTML、 PDF 等格式的输出 代码外部化和引用 灵活的 API：定制方便,统计之都 (http:/cos.nam

6、e),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,11 / 40,knitr 简介,语法概览和全局参数,提纲,1,文学化编程与 knitr,2,knitr 简介 语法概览和全局参数 代码和文本输出 图片和动画 缓存 代码引用和外部代码 编辑器 常见错误,3 应用案例与学习资源,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,12 / 40,knitr 简介 语法概览和全局参数,语法概览, Rnw 文件:,段落：= 这里是段落代码 行内：Sexpr这里是行内代码, Rhtml 文件:,段落： 行内：, Rmd 文件:,段落： r test-r, engine=R, comment=NA, dev=CairoPNG 这里是段落代码 行内：r 这里是行内代码,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,13 / 40,knitr 简介 语法概览和全局参数,全局参数, Rnw 文件:,SweaveOptsfig.align=center, cache=TRUE, tidy=FALS

7、E, comment=NA 或： = opts_chunk$set(fig.align=center, cache=TRUE, tidy=FALSE, comment=NA) , Rhtml 文件:, Rmd 文件:,r opts_chunk$set(fig.width=6, fig.height=6, fig.path=),统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,14 / 40,knitr 简介 语法概览和全局参数,所有内建模式, 更多细节：,require(knitr) str(all_patterns),统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,15 / 40,knitr 简介,代码和文本输出,提纲,1,文学化编程与 knitr,2,knitr 简介 语法概览和全局参数 代码和文本输出 图片和动画 缓存 代码引用和外部代码 编辑器 常见错误,3 应用案例与学习资源,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,16

8、/ 40,knitr 简介 代码和文本输出,段落代码和文本输出参数, eval: (TRUE; 逻辑)：是否执行代码 tidy: (TRUE; 逻辑)：是否整理代码 prompt: (FALSE; 逻辑)：是否添加引导符 highlight: (TRUE; 字符)：是否高亮代码 size: (normalsize; 字符)：大小 (暂时无效，开发版已经生效) background: (#F7F7F7; 字符或数值)：背景颜色 comment: (#; 字符)：结果输出前缀符号 echo: (TRUE; 逻辑或数值)：是否输出代码或输出哪些行 results: (markup; 字符): 装裱输出 (markup)、原样输出 (asis)、隐藏 (hide) warning, error, message: (TRUE; 逻辑)：是否显示相应信息 split: (FALSE; 逻辑)：是否剥离代码和文本到外部文件 include: (TRUE; 逻辑)：是否保留代码或结果到最终文档,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,2012 年 5 月,17 / 40,knitr 简介,代码和文本输出,代码,= x = date() y = 1:10 matrix(1:6, nrow=2) 本幻灯片最后修改时间是Sexprx，y值是Sexpry。,x = date() y = 1:10 matrix(1:6, nrow=2) ,1 ,2 ,3 1, 1 3 5 2, 2 4 6,本幻灯片最后修改时间是 Thu May 24 02:52:40 2012，y 值是 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 。,统计之都 (http:/cos.name),knitr 与动态报告生成系统,

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