如何查找基因的序列(带图表)
34页1、如何查找基因序列?如何查找基因序列? 在在Genbank中寻找目的基因中寻找目的基因1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的,如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因,而 且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov ,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把 Genbank ID号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到他了。举例说明,例如:在2003年JBC的文章(Conditional Knock-out of Integrin- linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation)中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”, 那么把“16151096”输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到该基因了(当 然包括基因序列等相关信息)。在出现了检索结果界面(下图)后,直接点击红箭头所指的 AY04
2、7586就可以 看到基因的相关信息。这里需要指出一下,在显示基因的页面右侧有一个Link,点击后出现一个小菜单,里面 是与该基因相关的链接,很有用的。点击 AY047586后出现的界面如下:最下面就是核酸序列(ORIGIN后面)如果你只想获得序列(例如去设计PCR引物的时候),那就可以选择FASTA,这样 就得到了FASTA格式的序列文件,没有其他数字和格式的干扰。这就是FASTA格式的序列:练习 1: 请在Entrez的蛋白质数据库中查找,gi (NCBI GenBank ID)为13375618所登录的蛋白质的名称,并且回答该蛋白含 有什么样的特殊结构域(至少一个)?如何查找基因序列?如何查找基因序列? 在在Genbank中寻找目的基因中寻找目的基因 2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找如果只是知道基因的名字,怎么查序列呢?还是举例说明,比如我想做的基因名称是人 的VEGF基因,那么怎么在Genbank中找到它呢?在search后面的下拉框中选择Gene,然后在中间的文本框中输入基因名称 “VEGF”,点击GO. Too much!点击箭头所指的Limits, 出现了如下界面
3、Limits的意思其实就是高级检索,你可以在这里对检索词进行很多限制,这样能 大大精简查询结果。在Limits这个界面,先选择查询的限定范围。人的VEGF基因,那就开始选择: 先选Gene name(基因名称);然后再选择Limit by Taxonomy(生物分类限定) 中的Homo sapiens(人类),然后再点击“GO”直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是,在Genbank中,基因有很多别名(Aliases),和Genbank中记录的 名称有可能不一致.比如在这里,VEGFA是Genbank中记录的基因名称,而它还有很 多别名,比如MGC70609, VEGF(这就是我们要找的基因名称 ), VEGF-A, VPF; 还有,在这里可以看到该基因在染色体上的位置. 下面就是点击VEGFA后出现的界面:再往下看,可以看到Genomic regions, transcripts, and products,这里显示 了该基因在基因组中的位置,以及转录本的生成情况 就看见了目的基因的mRNA的链接(如NM_001025366.1)和蛋白质的链接 (如N
4、P_001020537.2)如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1, 得到如下界面:If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi? db=NucleotideHow to use the BLAST?Example: NCBI BlastNCBI BLAST ht
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