分子细胞生物学研究生基因组学(2010)
122页1、 基因组学 蛋白质组学 王慧莲 PhD 西安交大医学院遗传与分子生物学系v基因组学 这一名词是美国人THRodehck在1986年7月造出来的,与一个新的杂志 genomics一道问世。第一部分 基因组学基因组学v基因组学完全改变只能研究单个基因的状况,它着眼于研究并解析生物体整个基因组的所有遗传信息。v因为人体是一个复杂的生命体,决不是只通过一个或几个基因的研究就能阐明的,更何况人们还要揭示生物进化,多样性,人类复杂的行为,疾病等机制,这就需要理解整个基因组及其产物是如何协同作用,调节生物整体或细胞活动的.第一节 基因组学的概念v基因组 泛指一个有生命体,病毒或细胞器的全部遗传物质;在真核生物,基因组是指一套染色体(单倍体)DNA. v基因组学(genomics)就是发展和应用DNA制图、测序新技术以及计算机程序,分析生命体(包括人类)全部基因组结构及功能。基因组学是研究生物基因组的组成,组内各基因的精确结构、相互关系及表达调控的科学. 研究对象: 以整个基因组为研究单位,而不以单个基因为单位作为研究对象。 研究目标:认识基因组的结构、功能和进化; 阐明整个基因组所包含的遗传信息和相
2、互关系; 充分利用有效资源,预防和治疗人类疾病。1. 原核生物基因组:v原核生物DNA分布在整个细胞之中,有时相对集中在类核体上。类核体上的DNA是一条共价、闭合双链分子,类核体通常也称为染色体。v原核生物中一般只有一条染色体。原核细胞都是单倍的。 这条染色体的DNA就是原核细胞的基因组。2、真核生物基因组v一个物种的单倍体的各条染色体中的全部DNA为该物种的基因组(genome)。例如,人有23对染色体,配子单倍体是23条染色体,这23条染色体中的全部DNA就是人体基因组。v真核生物基因组的主要成分被核膜所包裹,与细胞质分开。3. 人类基因组计划v 美国启动被誉为“人体阿波罗计划”的“人类基因组计划”,投资30亿美元,历时15年测定人类基因组的30亿个核苷酸对的排列次序构建高分辨率的人类基因组遗传图谱和物理图谱发展生物信息学。v 在美国提出人类基因组计划后,日本和中国分别于1991年和1992年启动了“水稻基因组计划”。(1)人类基因组计划简史v1986年,美国杜伯克在科学上撰文,号召大家联合起来,从整体上把人类的基因组搞清。v1990年10月,经5年的辩论以后,美国国会终于批准被誉
3、为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组计划。v1998年5月,在美国罗克威尔组建私人公司:塞莱拉遗传公司,目标是投入3亿美元,到2001年绘制出完善的人体基因图谱,与国际人类基因组计划展开竞争。v1999年12月1日,国际人类基因组计划联合研究小组宣布,完整破译出人体第22对染色体的遗传密码。v2000年5月8日,由德国和日本等国际科研小组宣布,基本完成了人体第21对染色体的测序工作。v2000年6月26日,中、美、日、德、法、英等6国科学家公布人类基因组工作草图,标志着人类在解读自身“生命之书”的路上迈出了重要一步。v2001年2月12日,6国科学家和美国塞莱拉公司联合公布人类基因组图谱及初步分析结果。v2003年4月14日,6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功,HGP的所有目标全部实现。覆盖人类基因组所含基因区域的99%,精确率达到99.99%,比原计划提前两年多,耗资27亿美元。并公开研究数据和结果,赢得了这场竞赛。v但国际HGP的协作组与私人公司的竞争仍没有停止过,目前在许多领域研究仍进行竞争,如在单个基因型的SNP图谱研究方面。人类基因组计划的研究结果v人类基因组包括
4、23条染色体,约30亿对核苷酸,编码5万6万个基因,人类基因组中携带了有关人类个体生长发育、生老病死的全部遗传信息。v从整体上看,不同人类个体的基因是相同的, “人类只有一个基因组” 。v不同的人可能拥有不同的等位基因,这一点决定了人们个体上的差异。(1)人类基因组计划的主要组成部分(2)水稻基因组计划(3)模式生物基因组研究HGP的终极目标v阐明人类基因组全部DNA序列v鉴定基因组全部基因功能,及各基因的表达和调控模式(结构基因组学)v分析某一特殊功能状态的细胞全套mRNA转录谱及蛋白质表达谱v建立存储这些信息的数据库,开发数据分析工具v基因组多样性和比较基因组研究第二节 基因组学研究内容v基因组图谱的构建v基因组图谱的应用v 后基因组学 基因组学包括3个不同的亚领域结构基因组学(structural genomics) 功能基因组学(functional genomics)比较基因组学(comparative genomics)基因组学研究内容一. 结构基因组学v结构基因组学(structural genomics) 是通过HGP的实施来完成的. 就是制作高分辨率的人类基因的遗传图
5、和物理图,最终完成人类和其他重要模式生物全部基因组DNA序列测定.v结构基因组学的“四图”:遗传图物理图转录图序列图 人类基因组作图v人类基因组作图根据使用的标记和手段不同,初期的作图有二种:一是通过计算连锁的遗传标记之间重组频率而确定它们相对距离的遗传连锁图,一般用厘摩(cM)来表示;二是确定各遗传标记之间物理距离的物理图,一般用碱基(bp)或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)来表示。1cM的遗传距离大致上相当于1Mb的物理距离。随着研究工作的进展,遗传图和物理图逐渐发生整合,在此基础上大量引入基因标记,从而形成了新一代的转录图.人类基因组物理图v1987, RFLP,403个标记, 10Mbv1992, STR, 5800个标记,0.7Mbv1996,SNP, 17000多个标记,100Kb(一)基因组图谱的构建v鸟枪法”则是先将整个基因组打乱,切成随机碎片,然后测定每个小片段序列,最终利用计算机对这些切片进行排序和组装,并确定它们在基因组中的正确位置。 鸟枪法(Shotgun)的基本步骤 (1) 目的基因组DNA片段的制备 v基本原则:DNA片段之间存在部分重叠序列;DNA片段大小均
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