R语言作图之PCA作图和散点图
8页1、PCA分析和散点图 今天主要跟大家演示一下简单的PCA分析,并且以散点图的形式将结果展示出来。 首先在进行PCA分析之前,先跟大家稍微讨论下什么是PCA分析.PCA分析又叫主成分分析,其实从字面上来理解我们可以发现它其实是和样品分组相关的.举个简单的例子,我们观察了某种植物的株高、叶片大小、果实大小等等多种性状,并记录每种性状对应的数值。这时候我们想看看根据这些性状信息看看我们观察的样本是否明显的分组现象。每一种性状相当于一个维度。利用PCA分析可以将结果投影到一个低维的向量空间(具体计算就不详述了)。类似的比如我们多个样本的表达谱数据,每个基因在各个样品的表达情况就可以算作一个维度。如果大家对PCA算法感兴趣的话,可以自行百度,在这里就不进行太多的描述了.毕竟今天主要是教大家怎么利用R进行PCA分析和结果展示。 还是第一步,我们先准备好我们用来分析的数据。setwd(C:/Users/gaom/Desktop”)#打开文件所在路径,并将文件所在目录作为工作目录data-read.table(file = ”test_data.txt”,header = T,sep = ”t)读取数据
2、,并将首行作为列名dim(data)# 1 2999 13head(data) ID_REF T01 T02 T03 T04 T05 T06# 1 1007_s_at 10.198586 11.805676 10。867953 11.763660 12。072232 12。108312 2 1053_at 9。594074 8。713108 9。247096 9。433265 9.092329 9。005518# 3 117_at 8。581763 8.603680 8.804425 8.661700 8。634979 8。606976# 4 121_at 12。022315 12。655329 12.627334 12.791390 12.961761 12.885307 5 1255_g_at 7。228569 7。214600 7.237131 7。293417 7.276799 7。268233# 6 1294_at 8。828487 9。380277 9.297989 8。858985 8。995772 9.126825# T07 T08 T09 T10 T11 T12 1
3、10.646868 10.852744 10。675898 11.137663 10.796737 11。102408# 2 9.087681 9。027208 8。965283 8。958309 9.275010 8。940965# 3 8.625838 8。577244 8。646751 8.625843 8.625164 8.522129# 4 13。402044 13。240126 13。088883 13.234099 13.382903 13。472223# 5 7。197440 7.262662 7。289796 7。232249 7.202364 7。306229# 6 9。002385 9.003561 9。006278 9。006721 9。018183 9。164313 上述数据为从GEO数据库随意找的基因表达.其中第一列为基因探针号,后续几列则为T01到T12的12个样品对应的表达量数据,每三个样品为一组。因为数据是拼凑的,所以这里不关注探针具体信息了。 准备好数据之后我们就开始进行PCA计算了.其实代码非常简单.pca prcomp(t(data,1), sc
4、ale=T)head(pca$x)# PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6# T01 43。457435 44。950031 8.305571 3。210563 -7.4280481 14。818150 T02 42.067255 19.142248 -25.574041 21.120294 -5.7930990 14.702922# T03 -2.123455 -21.512488 11.192474 17.583006 15.2149034 34.730308 T04 8.166077 -4.774814 22.837578 -11。364128 8.4021038 -6.921738 T05 18。214073 5.836807 18。522768 -10。941626 0.6183613 5.548845# T06 27.219529 5.519328 26。649872 -11。054961 -4。1480413 5。097715 PC7 PC8 PC9 PC10 PC11 PC12# T01 -1.966342 9.2181269 -1.520882 -1。060
《R语言作图之PCA作图和散点图》由会员壹****1分享,可在线阅读,更多相关《R语言作图之PCA作图和散点图》请在金锄头文库上搜索。
机电安装工艺样板验收表
第四节 航空气象
土石方运输车队管理办法
2023年留守儿童帮扶计划样本(2篇).doc
转炉工安全生产操作规程详细版
中国海洋大学计算机组成原理-期末模拟-参考答案
2019年私人原因提出的辞职申请书范文
行走在消逝中作文
汕头精密注塑模具项目实施方案【模板参考】
年终的述职报告模板5篇2
植树节的作文4篇(写关于植树节的作文)
县建设局上年总结暨下年安排
技术及业务合作保密协议律师版(2篇).doc
二年级语文雨后的教案
甲醇制二甲醚
公司国庆放假通知
小学英语《Read and Write》教案
阿合提别克·马哈依《蓝树叶》说课稿
2022年考博英语-湖南师范大学考试题库及全真模拟冲刺卷(含答案带详解)套卷19
2022年安徽省建筑施工企业“安管人员”安全员A证考试名师点拨提分卷含答案参考30
2023-09-10 3页
2023-06-10 6页
2023-06-27 4页
2023-09-06 13页
2023-04-07 115页
2024-02-07 4页
2023-02-07 10页
2023-12-21 22页
2023-08-12 15页
2023-02-22 19页