NCBI在线BLAST使用方法与结果详解.docx

WORD格式NCBIBLAST使用方法与结果详解BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的BLAST：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi下面是具体操作方法1，进入BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列不同的blast程序上面已经有了介绍这里以常用的核酸库作为例子专业资料整理2，粘贴fasta格式的序列选择一个要比对的数据库关于数据库的说明请看NCBIblast数据库的简要说明一般的话参数默认3，blast参数的设置注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的筛选的标准最后会说明一下4，注意一下你输入的序列长度注意一下比对的数据库的说明5，blast结果的图形显示没啥好说的6，blast结果的描述区域注意分值与E值分值越大越靠前了，E值越小也是这样7，blast结果的详细比对结果注意比对到的序列长度评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）加上长度的话，就有四个标准了如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。

由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的有时也要注意3'端的附：E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了一致性(Identities)：或相似性匹配上的碱基数占总序列长的百分数缺失或插入（Gaps）：插入或缺失用"—"来表示。