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swiss-pdb viewer软件的使用.ppt

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文档编号：89421330

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Swiss-Pdb Viewer 软件的使用,蛋白质序列查找 CDK2 [Homo sapiens],序列提交,Pdb文件下载,蛋白质空间结构的显示,用Swiss-pdbviewer打开结构CDK2,蛋白质空间结构的显示,调出Control Panel 选择以ribbon显示肽链并消除棍棒结构选择以不同的颜色显示螺旋与折叠,蛋白质空间结构特征的分析,一·不同类型残基的分布二·蛋白质的静电势分析三·残基分布与其的溶剂可及性四·邻近残基的选择及氢键分析,一、不同类型残基的分布,碱性残基的分布,酸性残基的分布,极性残基的分布,非极性残基的分布,二、蛋白质的静电势分析,三、残基分布与其的溶剂可及性,点“select”，选择“accessible residues” =30,四、氢键分析,tools选项中选择compute H-bonds,邻近残基的选择及氢键分析,计算氢键,五、结构的同源模建,Automated modle,打开序列,打开模板结构,Fit raw sequence,序列提交,返回结果,六、刚性与柔性 color——B-factor,七、相似性分析,Magic fit→Calculator RMS,Thank you！,。

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