单细胞测序技术大比拼.docx

单细胞测序技术大PK随着“人类细胞图谱”计划的开展，单细胞测序技术已经进入2.0时代，尤 其，基于微液滴或者微流控芯片技术的高通量单细胞分选平台的出现，引领生命 科学研究进入单细胞生物学时代目前，国内外以及各种文献报道的单细胞测序技术让人眼花缭乱，不知该如 何选择其实，国内外大规模单细胞技术的平台主要有C1™单细胞全自动制备系 统、ICELL8 Single-Cell System、lllumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution、BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System 和 10X Chromium Single Cell Gene Expression Solution这五种，接下来小编就带你一一了解下： 10X GENOMICS技术简介ChromiumTM Single Cell 3 ' Solution 是基于 10 X Genomics 平台，能够一次性分离、并 标记500- 10000个单细胞，并能在单细胞水平进行检测的技术，其通过微流控系统，将单 细胞或长片段DNA分子快速分配到油包水的微反应体系中，每个微反应体系中的单DNA分 子会获得唯一的特异性分子标签，制备生成的测序文库可以在illumina平台进行测序，并由 10x Genomics提供数据分析及可视化软件，测序实验及分析流程可以和illumina系统无缝衔 接。

10 X genomics技术一次可以同时得到大量大细胞数据，但只能得到mRNA信息，LncRNA 大部分信息丢失，UMI技术能很好去除认为分析引入duplication及PCR引入SNP位点同 样对RNA质量要求高，降解同样会引起5'端信息丢失10X GENOMICS单细胞转录组测序优缺点10x Genomics单细胞转录组测序优点1、 简单便捷：集单细胞分选、扩增、建库于一体；2、 细胞通量高：每个样本细胞数可达500-10000个；3、 建库周期短：1 天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库；4、 超高捕获效率：单细胞捕获效率高达65%；5、 真正意义的单细胞：单个液滴捕获到多个细胞的概率极低(0.9%/1000cells)；6、 价格实惠：相较于其它单细胞平台，价格实惠10x Genomics单细胞转录组测序缺点1、非全长信息：只能获得 3'端转录本信息；2、样本要求高：单个样本细胞起始量达10八5-10八6个，活细胞数目需超过80%,建议在 90%以上最佳BD Rhapsody Single -Cell Analysis System该系统采用分子标签技术，能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签， 实现了单细胞水平上基因表达谱的绝对定量，同时，每个细胞也会被标记特异性 细胞标签，这使高通量平行建库成为可能。

结合Rhapsody特有的单细胞分离技 术，单次实验可制备100—10000个单细胞文库，用户可根据需求定制引物，将 检测范围集中在目标基因，大幅降低后续测序成本优势：实现多样本混合捕获，微孔板的孔数高达22万个；具备成像系统，可观察细胞 相关信息；可以实现转录组-蛋白组联合分析llumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution2017年1月17 日, Illumina公司和Bio-Rad实验室公司在JP摩根健康大 会上发布了 Illumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing SolutionddSEQ System是单细胞分析的新一代测序（NGS）工作流程，一次性8个样本，每个 样品可以得到500—10000个细胞，能够在组织功能、病情进展和治疗反应方面 等研究单个细胞的协同作用与其他高通量捕获平台相比：捕获效率低，仅为 3%,成本相对低优势：操作简单、一次性可8个样本，捕获500—10000个单细胞，成本较低ICELL8 Single-Cell System2015 年 2 月份，Wafergen 公司开发 ICELL8 Single-Cell System 单细胞分 选平台，具有通量高，周期快等特点，解决了传统单细胞扩增中通量低，价格贵 的问题，在大量细胞的捕获筛选过程中提供了高效的平台。

但是，细胞的捕获只 有效率30%，成本相对较低优势：相对而言，流程较简便，每次运行可分离500—1000个细胞，可一定程度降低 成本C1 单细胞全自动制备系统Fluidigm推出的C1单细胞自动制备系统，并与单细胞基因表达分析中广泛 被采用的BioMark™ HD微流体PCR系统相结合，能够快速可靠地分离、处理 并对单一细胞进行基因组分析但与其他高通量单细胞平台相比，其通量低、成 本高、周期慢、对试验人员要求高，操作较繁琐和困难目前主要在国内部分科 研院所使用，较难应用于高通量单细胞研究优势：可以获取到转录组的全长信息，但是通量低、价格较贵总结综上可以看出，各个平台各有特点，根据实际情况考虑多种因素，以选择一 种最能满足试验需求的平台但是，10X Chromium Si ngle Cell Ge ne Expression Solution平台的通量高、周期快速、成本低、细胞捕获效率高、性能优势比较明 显，并且商业化仪器操作简便10X GENOMICS单细胞转录组测序技术流程案例分析通过10x genomics单细胞转录组测序绘制肺癌肿瘤微环境图谱技术路线!肿邕耶肿g j「 (_ J —I'ww^aa i +不同墓质marker墓阳与黑播£•雷时明黄匠觉析研究结果文章共选取5例共19个样本，通过10Xgenomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群 分类、基因功能（信号通路）、关键marker基因和临床预后。

共鉴定出52个基质细胞亚群, 反映了肿瘤微环境复杂性对基质细胞的marker基因做生存曲线，发现这些marker基因可 以作为肺癌预后诊断的潜在标志物天津生物芯片10x Ge nomics系统平台已正式运行，欢迎天津生物芯片的新老客户体验10X Genomics服务！。