MOE分子对接教程.pdf

MOE 分子对接教程 1 在 MOE 窗口 open 打开一个有小配体的蛋白 PDB 或 moe 文件 点击 Compute prepare Protonate 3D 使质子化 点击 OK 打开 SEQ 面板 删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子 在 MOE 窗口右边点击 SiteView 点击 System 改变配体颜色 使得小配体显示绿色 C 骨架 在 MOE 窗口点击 Surface recepter 在 MOE 窗口点击 Surface Surface and Maps 改变口袋表面的透明度 在 Surface and Maps 面板调节如图所示 在 MOE 窗口会看到如下图所示 接下来对接一个小配体 点击 Compute dock 在 Recepter 选项选择 Recepter Solvent 其它选择默认值 点击 Run 在表单你会看到有不同的构象对接结果 包括 RMSD 值 口袋对接结果 2 创建一个药效团模型 在 MOE 窗口点击Compute Pharmacophore Query Editor 点击 R 这样会创建基于受体的药效团特征 点击口袋中显示的小球 然后点击 feature 这样在对接口袋就会显 示药效团 3 化合物数据库的对接 关闭 Pharmacophore Query Editor 面板 在 MOE 窗口点击 Compute Dock Output 选项选择一个对接结果数据库名字 这里命名为 moe dock2 Receptor 选项为 Recepter Solvent Ligand 选项为 MDB File 选择要对接的 pde5inhibitors mdb 这里说明一下 mdb 格式是 MOE 独有的 用的不多 但是可以将常 用的 sdf 和 mol2 格式转化为 mdb 格式 方法为将 sdf 或 mol2 文件用 MOE 打开成表单 再 save as 成 mdb 格式 其他值默认 点击 Run 等待计算 对接完后 关闭药效团编辑器面板 。