CMAP数据库简介及操作..ppt

CMAP数据库简介及操作一、CMAP数据库简介 CMAP数据库应用全基因组转录谱系统全面地描述疾病、生理、药物诱导等生物学状态，以GSEA算法提取并比较这些生物学状态的基因表达标识，将相同（似）或相反功能药物、药物适用疾病、药物作用途径（基因、通路）联系起来 联通图的基本假设是，药物刺激前后全基因组范围的基因表达改变，能够从本质上反应生物系统对药物的应答药物反应状态，也就是说可以代表药物的药理活性特征 这种描述药物特征的策略从药物作用本质出发，关注分子水平的变化，基于全基因组水平，具有系统性 这样通过比较各种药物刺激同种细胞系的基因组表达标识，便可发现相似（相反）功能的药物下图给出了联通图的使用策略： 首先，用基因芯片检测某未知功能化合物刺激前后生物体（人、鼠、细胞系）的全基因组表达水平，比较刺激前后的表达谱水平，采用生物信息学方法提取基因组标识（eg.刺激前后的差异表达基因差异表达基因依据表达量改变的排秩，所有基因所有基因依据表达量改变大小的排秩） 然后，将这些有序的基因列表分为上调 和下调 两类，录入到联通图的查询界面联通图数据库采用GSEA算法评价此标识与库中药物标识的相似性；最后，输出与此未知功能化合物功能关联的药物，作用越相似的排序越靠前，作用越相反的排序越靠后，这样通过一致药物的功能，便能推得未知化合物的功能。

CMAP数据库网址：http:/www.broad.mit.edu/cmap/点击注册新的用户点击注册新的用户输入相关信息点击保存三、登录主页上输入用户名及密码，点击sign in 进入界面instances显示某个药物刺激的信息下载表达谱数据的cel文件输入化合物名称，回车批次化合物名称化合物介绍刺激的浓度细胞系该处理的编号处理组表达谱数据编号对照组表达谱数据编号芯片类型点击输入表达谱数据编号点击命名下载cel压缩格式直接下载cel格式文件query快速查询结果不保存查询 结果可保存运用以前上传的signatures查询运用数据库中处理组的signatures查询点击上传上调的signatures上传下调的signatures提交Quick queryLoad signatures命名描述内容上调signatures下调signatures提交Signature qury为结果命名选择上传signature的名称提交点击执行结果统计点击P值排秩化合物名称平均得分该合物刺激的次数对所得到的结果富集得分P值特异性分类百分比点击该处理的得分排秩批次化合物名称化合物信息处理浓度细胞系得分上调探针相符度下调探针相符度处理组IDInstance qury输入刺激的化合物名称刺激组信息选择刺激组提交输入上调阈值 正值输入下调阈值 负值计算探针个数上调探针个数下调探针个数执行查询Results全部结果详细的信息根据p值排序的简单结果选择结果名称Admin用户提交的signatures和结果用户信息更改隐私条款范围及条件Downloads所有的cel格式数据预处理数据矩阵MSigDB数据库中化合物对应的signatures每个处理的详细信息Help简单教程描述、定义、忠告 同admin联系方式发表文章。