pubmed文献检索PPT课件.ppt

PubMed---网上网上MEDLINEMEDLINE检索检索 基本情况基本情况检索方法检索方法结果处理结果处理基本情况基本情况PubMed简介PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的用于检索MEDLINE数据库的网上检索系统进入进入PubMedPubMed的方法的方法数据来源数据来源MEDLINEMEDLINEIn Process Citations Publisher-Supplied Citations MedlineMedline收录文献起止时间收录文献起止时间19481948年以来年以来医学、护理、牙科、兽医、卫生医学、护理、牙科、兽医、卫生保健、基础医学保健、基础医学7070多个国家和地区的多个国家和地区的50005000多种生多种生物期刊物期刊, ,图书图书书目文摘条目书目文摘条目20002000万条万条 In ProcessIn Process19981998年开始建立，是一个临时性医学文年开始建立，是一个临时性医学文献数据库献数据库 收录由出版商提供的尚未经过规范化处收录由出版商提供的尚未经过规范化处理的新数据理的新数据提供简单的书目信息和文摘提供简单的书目信息和文摘数据每周转入数据每周转入MEDLINEMEDLINE一次一次有有in processin process的标记的标记Publisher-Supplied Citations 由出版商提供的电子文献记录，不属于MEDLINE收录范围的 标记为:[PubMed] 或 [PubMed – as supplied by publisher] 出版商提供的先于印刷版文献出现的网络版题录[Epub ahead of print]检索方法基本检索功能Limits检索功能高级检索功能主题词数据库检索功能其他检索功能基本检索功能基本检索功能自动词语匹配功能自动词语匹配功能强制检索功能强制检索功能截词检索截词检索布尔检索布尔检索字段检索字段检索自动词语匹配功能自动词语匹配功能自动词语匹配是PubMed最具特色的检索功能之一，PubMed会自动对输入的检索词进行分析、匹配、转换并检索，是一种智能化的检索过程。

自动词语匹配基本原理对输入的检索词，系统首先在多个索引词表　　　　MeSH转换表　　　　刊名转换表　　　　著者索引及转换表　进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名自动词语匹配基本原理再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”布尔逻辑运算如果输入多个检索词或短语词组，系统会继续将其拆分为单词后分别在all fields（所有字段）中检索，单词之间的布尔逻辑关系为“AND”如果在3个转换表中都没有把词组分开重复进行自动匹配直到找到匹配词为止如果还没有找到匹配词系统将把单个词用逻辑”与”组配并到所有字段中检索single cell("single person"[MeSH Terms] OR ("single"[All Fields] AND "person"[All Fields]) OR "single person"[All Fields] OR "single"[All Fields]) AND ("cell"[All Fields] OR "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields])强制检索功能强制检索功能如果将短语作为一个词组进行检索，可用“”将其引起来。

系统不进行自动词语匹配的转换系统不能进行扩展检索“single cell” single-cell single cell[ti]截词检索截词检索§截词符截词符“*”可代表多个可代表多个字符字符§PubMed一一次次最最多多可可以以检检索索出出600个个词词形变异词形变异词§截词功能只限于单词，对词组无效截词功能只限于单词，对词组无效布尔检索布尔运算符布尔运算符ANDAND，，OROR，，NOTNOT必须大必须大写写 从左至右进行布尔运算从左至右进行布尔运算 以通过加圆括符改变运算顺序以通过加圆括符改变运算顺序  检索词后附加字段标识检索词后附加字段标识 字段标识要用方括号括起来，位于检索字段标识要用方括号括起来，位于检索词之后词之后例如例如 dna[ mh ] AND crick [au ] AND dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]1993 [ dp ]字段限定检索字段限定检索字段标识字段标识字段名称字段名称简要说明简要说明ADAffiliation第一责任者的工作单位、地址，合同号第一责任者的工作单位、地址，合同号 ALLAll Fields全字段全字段AUAuthor Name著者姓名著者姓名IPIssue期刊的期号期刊的期号TAJournal Title期刊名称或期刊名称或ISSN号号LALanguage语言文种语言文种MAJRMeSH Major Topic主要主要MeSH主题词主题词MHMeSH Terms全部全部MeSH主题词主题词PGPage Number期刊页码期刊页码DPPublication Date文献出版日期文献出版日期PTPublication Type文献类型包括综述、临床试验、通信等文献类型包括综述、临床试验、通信等TWText Words题名词和文摘词题名词和文摘词TITitle words题名词题名词VIVolume期刊卷号期刊卷号Limits限定限定检索功能检索功能出版日期出版类型语种研究对象限制检索子集年龄性别可以对全文、文摘限制检索可以限制检索字段练习查找1997-2000高血压（hypertension）与鼻出血（nosebleed）的有关文献高级检索(advanced search)检索栏 search box检索编辑器 search builder检索史 history更多资源 more resources检索细节 details检索编辑器 search builder查找微量元素铜、铁、锌与白血病的文献CopperIronZincleukemiaMesh Database检索浏览Mesh词表选择规范化主题词选择副主题词查看主题词注释浏览树状结构表建立检索式利用MeSH主题词检索有关艾滋病的文献 MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率。

这是因为：（1）主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范2）主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指（3）用主题词的树状结构表，可以很方便进行主题词的扩展检索（Explode）默认状态下，系统自动对含有下位概念的主题词进行扩展检索，点选Do Not Explode this term则不进行主题词扩检 4）应用MeSH主题词的Major Topic（主要主题词）检索： 可以使检索结果更加准确 点选Restrictions Search to Major Topic headings only， 限定检索结果为主要主题词建立检索式如果有多个主题词，可以先分别对每个主题词进行检索，再在高级检索的Search History中用检索序号进行布尔逻辑运算；也可以通过主题词检索页面的PubMed search 直接建立检索式膝关节滑囊炎的诊断，要求膝关节为主要主题词其他检索功能特定文献检索点击single citation matcher或batch citation matcher按界面提示输入所知信息点击search Clinical Queries临床咨询临床咨询研究范畴研究范畴:一般疾病的病因学、预后、一般疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗诊断、预防以及治疗Finding Systematic Reviews：提供系统评价、meta分析、临床试验综述临床指南等循证医学文献信息的查找Medical Genetics Searches检索结果的处理显示保存与输出显示—默认格式显示设置保存与输出其他工具MY NCBISAVE HISTORY小结1、PubMed基本检索提供的自动词语匹配功能一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索，大致了解检索结果的分布情况。

因为自动词语匹配检索有较好的查全率，但因为自动进行词语拆分，查准率有时不能令人满意 2. PubMed的主题词检索是其最具特色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确3.但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词这种情况下，不宜采用主题词检索，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations），这也是需要注意的 4.熟练运用PubMed限定功能，和临床查询、引文匹配等工具能大大提高检索效率 作业1．查找有关活体供（Living donor）肝移植（liver transplantation）的有关信息，要求查找2005年以来的临床试验，并且用英文发表的文献2. 用Mesh database检索主要内容为前列腺癌(prostate cancer)的文献将检索的结果的题录和文摘存储到本地硬盘中3．查找涉及儿童骨肉瘤(osteosarcoma）手术后使用顺铂(cisplatin)进行化疗的文献，要求骨肉瘤作为主要研究内容。

选择部分文献通过e-mail发送到个人信箱中4．检索有关更昔洛韦（Ganciclovir）用于预防与治疗器官移植（Organ Transplantation）后巨细胞病毒感染（Cytomegalovirus Infection）的文献使用基本检索、Mesh主题词检索和字段限制检索（将检索词限制到标题字段），比较三种检索的结果评价这三种检索的检索效率 。