Autodock问题集锦.docx

Autodock问题集锦1. autodock 给出的 binding energy 可靠性如 何？Autodock给出的结合自由能 仅仅是一个打分 函数！很粗略的这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好 的一个标准就如同GOLD或者Surflex等对接软件给出的chemscore GOLD socre Cscore 等等这 样的打分函数！是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合 的自由能除了 autodock还有以下软件可以计算自由能或 打分a.原来的Insight2005 （现在的 DS）中的 docking ,可以给出两者相互作用能包括静电 能和范德华能b. dock 也能算，MM/PBSA 打分，另外 schrodinger 旗下的 macromodel 模块，prime 模块者B能算 binding energy2 .用autodock做对接，请问里面格子大小及其 中心的选择依据格子的中心和你的活性位点有关〜一般设在你的 活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发 生作用的区域就可以了〜3 . AUTODOCK产生的氢键原理在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白 与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋 白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢 键该O上没有氢，两边连的是 C查看TXT文本，该S原子的类型为SD ,也就 是S是氢键给体AUTODOCK里定义的是S是氢键给体，。

是氢 键受体对于这个 H键，显而易见，O是氢键 受体，但是S是如何成为氢键给体的呢？它的两 个键也是接的是C求助解释下，S与O是如何形成氢键的？如果两个杂原子间距（小于两个氢键键长）和角 度在一定范围内，很多软件会认为它们能通过H 原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原 子，各软件定义的范围不同，此氢原子亦可来自 于水分子，当然你对接过程中可能没有添加水分 子，实际上分子间空隙是会填充水的 另外建议你用Sybyl看氢键会好一些4 .使用autodock之前需要进行能量最小化优化 吗？对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进 行对接，但寻找的方式有随机性，在你设置对接 次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就 可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小 化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在 里面5 .关于AutoDock输出结果中的能量值 下面是autodock运行 打分值最好的输出结果-15.1Rank: 1_1Binding Energy:kl : 8.58pMIntermolecular Energy : -1439Internal Energy : -5.38Torsional Energy : 3.84Unbound Extended Energy: -0.83Cluster RMS: 0.0Ref RMS: 6.79tutorial 中说 Dock energy+internal energy 那 么 在 此Energy=intermolecular例 中 DockEnergy=-14.39+(-5.38)=-19.77, 而 BindingEnergy=-15.1,两者并不相等，但两者是平行的，按这两个能量值进行排序都得 到相同的排序结果 我很困惑的是 如果Binding Energy就是我们关 心的Binding Free Energy（结合自由能△G）,那 么Dock Energy又是什么含义？Dock Energy and Binding Energy 有什么不同, 他们都是怎么定义的？还有这里Binding Energy的单位是kcal/mol还是kJ/mol或是其它？关于 docked Energy: 对接能量=分子间能量分子内能量关于 freeEnergy: 自 由能=分子间能量项 扭转嫡因子罚分项（这一项的值是一个常数乘以 配体内可旋转键数目，此处我怀疑这一项的值要 么是那个 unbound extended energy,是这一项值 的可能性比较大，因为这两项加起来很接近 freeEnergy的值，但又不是绝对相等，小数点后 总差点。

分子间的结合自由能计算不应包括分子内能 ，这点我非常的认同.我的理解是文献中引用的能量值△ G（结合自由 能,binding free energy）就是输出中的 binding energy,即△ G=binding free energy=binding energy,AutoDocK结果中的^ G应该直接计算得 出，不可能再经过计算得到.freeEnergy与Binding energy虽然彳艮接近，但不 绝对相等.很可能是它们的定义略有不同，而不能将他们等同起来，因为我觉得AutoDocK那么广 泛使用的程序，不可能在这点上没有做到精确.Binding Energy=Intermolecular Energy +Internal Energy +Torsional Energy- Unbound Extended Energy,单位是 kcal/molinternal energy可能是指配体结合前后内能的差 值，不是内能的绝对值AutoDocK中评价函数中不应该包含内能(差值), 设想若对接的起始构象不同，理论上如果对接好 的化，它们会得到同一构象和取向 ，那么这里internal energy(差值)是不同的，显然不能包含在 AutoDocK中评价函数中我查阅了徐筱杰的书及相关资料以及 tutarial中的解释得出一下结论△ G(bind)(评价函数尸△ G(vdw)+ △ G(H-bond)+ AG(ele)+AG(del-sol)+ △G(tor) 经过计算证实前四项包含在intermolecular energy 中，另夕卜,free energy=intermolecular energy+torsion entropy penalty 正如2楼兄弟所说freeEnergy: 自由能=分子间能量项+扭转嫡因子罚分项(这一项的值是一个常数乘以配体 内可旋转键数目，这一项的值是那个 unbound extended energy,可能性比较大，因为这两项加起 来很接近freeEnergy的值，但又不是绝对相等， 小数点后总差点。

) 对接结果中Torsional Energy : 3.84Unbound Extended Energy: -0.83 这两个值是固定的，即不论你排名如何，构象如何，他们的 值都是这个.这两个能量表示的是同一个东西 所以推测 Unbound Extended Energy= △G(tor) 这样△ G(bind)(评价函数尸△ G(vdw)+ △ G(H-bond)+ AG(ele)+AG(del-sol)+ △G(tor) =intemolecar energy+ △G(tor)=free energy 约 =binding energy而docked energy在这里对我们来说没有多少 价值6. Analyze 方法（八）/* Analyze */A:「Analyze -> Docking -> （槽名.dlg）2 .Analyze -> Conformations -> Play （可U ligand 燮更位置，ps.已却消好的位置）3 .Macromolecule -> （槽名.pdbqt） （protein）（八）/* Analyze */B:1 . Analyze -> Grids -> Open Other [ iSW步H （五）中的九彳固由 autogrid J!生的文 件，每一彳固文件都彳t表不同的力埸]2 .Analyze -> Conformations -> Play （ligand 可配合任一力埸，做 autodock 所31生出的九彳固docking位置，判断它心号的fSH系）（八）/* Analyze */C:1. Analyze -> Conformations - > Extract Histogram • fl（算分子举寸接，ligand 典 protein bind site 的分数高低由高到。