primer--引物设计方案教程.docx

精品名师归纳总结primer 6.0 引物设计教程第一，需要知道基因序列，如，我们要设计 rat 的 CK18 mRNA第一挑选 Nucleotide然后在搜寻栏输入基因序列号（假如不知道基因序列号就输入rat CK18 ）如图检测的引物，我们先到 这个网站查找 CK18mRNA的基因序列，然后点击搜寻，就会显现 rat CK18 mRNA 的基因序列可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结基因序列号现在，往下拉就会看到基因序列将这个序列复制到 primer 6.0 中就可以进行引物设计， 我们先打开 peimer 6.0可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结破解版打开会显现这个对话框，关闭即可点击新建将序列复制至这个对话框可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结点击 Add点击这个图标显现下面对话框，这里可以挑选引物在序列哪些的方设计引 物，我一般不更换，也就是引物可以设计在整个序列，你也可查一下序列有几个区，一般引物应当跨两个区可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结之后点击 primer Parameters可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结这里可以设置退火温度、引物长度、产物长度等，我一般只是更换产物长度，我一般设为 100 到 300bp，由于假如产物太大，在染料法中会影响扩增效率，可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结之后点击 Search 之后显现下面对话框点击 OK 显现下面引物序列可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结这个时候引物设计完成，我们需要对引物进行验证，我一般到NCBI（）上验证，进去后点击最下面菜单中的 BLAST点击这个图标点击这个图标之后点击 Primer-BLAST可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结将前引物复制到图中位置在这输入前引物将后引物复制（注复制前引物用 Copy Sense Primer ，复制后引物用 Copy Anti-sence Primer 点击右键即显现复制菜单）后引物放到下图位置可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结在这输入后引物之后将图中位置的 homo sapiens 删除后输入 rat显现上图对话框时挑选 Rattus （ taxid ：10114） 之后点击 Get Primers可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结点这里这时会显现下图情形，由于服务器在国外，请耐心等待之后显现他能扩增许多大鼠基因，如 CK18 产物为 126bp， Ahsg 产物795bp，但是除了 CK18 其他基因扩增是产物较大，而且有点突可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载精品名师归纳总结变，所以在 PCR反应时这些东西是扩增不出来的，也就是说这个引物的特异性不错，在扩增时只会扩增出我们需要的 CK18 这个基因，所以这个引物我们就可以订出去，找公司合成。

有的时候这样的引物也不肯定就可以用，所以当我们收到合成好的引物后，可以做一下预试验，看这个引物是否真的可以用，在需要引物时我们也可以到文献中查找，一般发表在全球闻名杂志中的外文文献里的引物都是可以用的，查找是要留意文献中用的是染料法仍是探针法，探针法的引物在染料法种成效不 佳，应当舍弃，挑选染料法的引物可编辑资料 -- -- -- 欢迎下载。