《精编》环境科学高级建模方法之Gaussian计算法讲义.ppt

第6节Gaussian计算法讲义 内容提要 绘制构型高斯计算数据查找Cp计算建模 数据查找 以1 2 PCPT为例 用GaussView程序打开高斯输出文件12 out 查看有无异常 如图5 防止优化过程中 因初始构型不正确 变化成为其它结构 一 查错 数据查找 A 用记事本打开12 out 查找 关键词exact 看图6所示数据是否大于零 否则需重新优化计算 因为优化稳定构型时 不应该出现负频 二 查找数据 数据查找 B 查找关键词freq三次后 查找关键词scf 得到E值 如图7 复制数据填入表格相应位置 见图8 二 查找数据 数据查找 往下拖动页面 应次得到 Ehomo 位于Alphaocc行最后一个数据 见图9 Elumo 位于Alphavirt行第一个数据 见图10 在Mullikenatomiccharges下面 找取最负电荷 即q 和氢电荷中最正的 即qH 见图11u Dipolemoment行 选tot值 如图12 Exactpolarizability行选第1 第3和第6个数据 取平均值 如图13 二 查找数据 数据查找 C 查找关键词zero 如图14所示 即为ZPE值 如图15 SumofelectronicandthermalEnthalpies后为H值 SumofelectronicandthermalFreeEnergies后为G值 如图16所示 tot行对应着Eth Cv S值 二 查找数据 数据查找 D 查找关键词Mol 区分大小写 如图17所示 取cm 3 mol为单位的数值 类似查找10 取平均值 即为V 二 查找数据 Cp计算 将高斯计算得到的输出文件 如12 out optfreq至freq之间的内容删除后保存即可 一 输入文件制作 Cp计算 把CP计算程序Thermo3 exe放在与刚才保存的文件同一目录下 而后打开所有程序 附件 命令提示符 输入DOS指令CD来更改目录至CP计算程序Thermo3 exe所在目录下 输入 thermo312 out 确认后出现 scalefactorforfrequency 输入0 95 确认后得到CP计算输出文件THERMO OUT 更改文件名为12THERMO OUT即可 二 CP计算 建模 用SPSS12 0forwindows打开前面数据查找所得的Excel表格 得到如图18所示界面 在工具栏中选择Analyze Regression linear 如图19 选择相应的自变量和因变量 采用Stepwise方法即可得到相关方程 如图20和图21 2D QSAR方法 活性数据 分子结构 热力学参数 实验方法 Gaussian03W DFT方法 建立模型 预测相关活性 SPSS12 0forWindows 交叉验证 F检验 VIF评价 2D QSAR基本原理 课程作业内容及要求 1 查找文献 选择一个系列的化合物及相关性质 化合物的个数尽量在15 20个以上 但不能少于10个 2 根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法 通常 计算方法采用B3LYP 3 首先用Chemdraw程序绘制化合物分子的平面构型 保存上述文件格式为 cdx 采用Chem3D程序打开 cdx文件 得到化合物分子的立体构型 保存上述文件格式为 gjc 用记事本方式打开文件 gjc 得到化合物的空间坐标 加上Link0部分 限定多核计算 计算执行路径部分 4 采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子 查找分子的结构 热力学参数数据 5 采用SPSS程序建模 并对模型进行验证 6 再采用上述计算方法 计算与本系列结构相近的 但没有实验数据的5个分子的结构 采用步骤5中得到的模型预测这5个分子的性质 课程作业时间及格式要求 1 12月1日布置 2 12月8日检查查找的系列化合物和性质 3 12月15日计算中遇到的问题答疑 4 12月29日 元月5日提交作业 5 作业的文件名 姓名 学号 建模课程作业6 作业的内容 参照科技论文的写作格式 前言 研究的性质的意义 化合物名称 计算方法 参数 建模及验证 预测 结论 参考文献 7 非环化和环生专业的同学 只要计算一个与本专业相关的 C原子数目大于10的分子 发送OUT文档 谢谢 。