分子对接步骤.docx

软件安装：将D软件中pymol-1.5.0.3.win32-py2.7文件夹中的文件按序号安装，安装3_mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe文件时如出错，则直接点开 U 盘中的 mgltools_win32_L5.6_Setup.exe 安装，一直安装到 5.安装后将pymol27解压后复制到C盘将原有的pymol27文件替换新建一个文件夹存储要做分子对接的“E盘科研，实验方法，分子对接 饶槃强，P2X4 and 青藤碱”这个不行，因为文件名要在英文输入状态，不能有空格，不能有中文，而且要区分大小写 E/dock/P2X4 sinomenine在 C 盘打开 Program files（x86），打开 The Scripps Research Institute文件夹，打开 Autodock， 打开 4.2.6 将 autogrid4.exe， autodock4.exe 和 The Scripps Research Institute文件夹中 Vina 中 的vina.exe这三个文件同时复制到新建的存储文件夹中“E盘科研，实验方法，分子对接 饶燊强，P2X4 and青藤碱File Edit Build Movie Display Setting Scene Mo]卜用,pymol 打开 EUock/P2X4一COMPND 3 CHAIh：；D^ay。

sequence3'^Residue Codessinomenine 中的"P2X4.pdb 文件SequenceSequence ModeTheFile Edit Build MovieDisplay Setting SceneMouseCOMPND 3 CHAIN：）SequenceiS；COM PhD 4 FRA&IENrCOMPND 5 EhGIISEEFCOMPND 6 MUTATIOfSequence Mode *abjectMolecule: rjStereoire asobjectMolecule: Rii nforSymmetry: Found l.iStereo Mod已 *CmdLoad: '"Di/eKamfas "pYou cli clced /p2K4； Selector : select!cZoom *:h 11PyMOL>[Clip *COMPND 3 CHAIN： J| COMP ND 4 FRA&IENrSequence>5Residue CodesSequence Mode 卜ResiduesStereoiriChainsStereo Mode *a：AtomsZoom 卜:hStatesClip *File Edit Build Movie Display Setting Scene Ma找到ATP和其他天然配体分子 （绿色的）去水加氢后直接将4DW1.pdb命名为P2X4.pdbrww*i nnflctiontIfn $0C«. Stryc.drflE rftebrlK却5 orient cflntsroriginpresetFind[ener atedra£ Doordlnatessaquenei nnoy ement, ■rename object duplitAt« cpbj«et delete object hjjdrwog保存为P2X4.pdbSave Mos ie AsLOfl...Resume...Apppnd...I'HJUSD l*FU|Button®I& K«M£ShFt ■Ctrl ；CtShSnglClk ■Q&lClk I.1 LtL ectin computB Sta£.a ir i• emovfr watfrs去水ReinidaizeFi'e Edit Build Movie Display Setting Scene ML i—u . i i_ J ,i： VEStad secondar/ structub :ad crystal symmetry 、 i symmetry ap-erators.tle/p2wJ . pdtb11 loaded i /A/BMA'EQ3/C3in ,HseleMi defined with format set to 1. /A/MAM1E0E/C4tn *Hsel e1" def i ned with2打开软件auSdock tools，打开受体文件处理过的文件p2X4.pdb受体计算吉布斯能：菜单栏EditChargesCompute GasteigerWARNING：.2 bqand Flexible Residues■ All MoleculesCurrent Selection '》¥^2x4Set M ap Types * Grid BoxOther Options • Output Edit GPF■临ng p2x4.pdib"痘『1新用1 no mn-t»nd#d dtomi■hiiind 1*9144 gn-g成-merged ixaht转换文件格式：ADT4.2 菜单 Grid Macromolecule Choose P2X4选择p2x4后，弹出一个提醒框 点击确认，跳出一个文件保存框，把文件保存到工作文件夹（注意：在这里在命名后加 上” .pdbqt”）就是 P2X4.pdbqt配体ADT4.2 Ligandqingtengjian.pdbInputOpen在跳出的选择框中的文件格式选择 pdb,选择保存配体的坐标文件：Ligand OutputSave as qingtengjian.pdbqt三、开始对接:半柔性对接ADT 4.2——Gridgrid box 调整方框大小记录红线标注的参数（后面要用到）Spacing 要调到 1.000A在工作文件夹里新建一个文本文件vina_P2X4_qingtengjian.txt打开文本文件输入以下（数值是上图红色圈出来的）receptor =P2X4.pdbqtligand = qingtengjian.pdbqtcenter_x = -5.873center_y = -9.98center_z = 60.646size_x = 60 size_y = 58 s ize_z = 104energy_range = 4out = P2X4_qingtengjian.pdbqtlog =〕Qg P2X4 qingtengjian.txt 保存对接_1. windows+R2. 、打开工作目录，比如我所建的目录地址是D:\fenziduijie，首先需要把路径跳转到D盘， 输 入”D:”后回车；然后是打开D盘中的子文件夹fenziduijie，输入cd fenziduijie，回车； 再打开子文件夹P2X4，输入cd P2X4，回车最后打开vina.exe文件,vina.exe。

cd ”命令意思是转到指定路径，cd后一般跟相对路 径3B NCJOWS\system32\crnd.exeMicrosoft Windows L版本 LO. 0.. 17134. 81J(c) 2018 Microsoft Corporation^ 保留所有枚利匚C:\Users\Ejgg fish>D：D;\>cd fenziduijieD:\fenziduijie>P2X4必4'不是内部或外部命字也不是可运行的程序 或批处理文件.D; \i"enzidui jie>vina. exe1 vina. 不是内部或外部命令,也不是可运行的养序或批处理文件』D:\fenziduijie>cd P2X4D:\fenz idui j Le\P2X4>vina. exe Missing receptor.Input:-receptor arg 一flex arg 一-ligand argCorrect usage:rigid part of receptor (PDBQT) flexible side chains, if any (PDBQT) ligand (PDBQT)Search space (requized):一一center_x arg X coordinate of the center—gnt如 ¥ aT.c[ T cocirditiatE cf the Enter3、接下来你只需要输入vina --config vina_P2X4_qingtengjian.txt命令后，回车，就直接等 待结果D:\femiduijie\P2X4>vina ―canfig vina_F2K4_qingteRgjian. txtK If you used AutoDock Vina inyour vork, pl即s■&*? 0. Trott, A. J. 01 son.M A'litoDock Vina: improv i tig th^E Tith el new scoring function』sp&ed and accuracy of docking efficient optinaizatian and 耳 omitithreadings Journal of Computatiojial Cliemistiy 31 (20]0> I? 455-461n DOT 1-QL 1002/jcc, 21334# Please see http： / /vina. scripps. edu. foi mare infomatiDTi.t?邪m非茸井牌非sr非ir非昔件罪茸非牌井律srasr非#xarts井菅非牌非#和皆非井菖井茸井AARNHHG■: Ths search space volum? > 27000 Angmtrcm 3 (Sr=e FAQj Detected 8 CPUsR◎却ding input ... done.Setting up the scar:ng function .. „ done.Analyzing the binding site done.Using randcffl seed; -1309270592PeifDiming search.-…0% ]0 2fl 30 40 50 70 80 90 imdOTl€rRefinims results。