药物基因组学相关数据库.docx

药物基因组学数据库1、 Drugbank2、 dgidb3、 pharmGKB4、 cancercommon5、 ChEMBL6、 mycancergenome7、 TTD8、 guidetopharmcology9、 clearityfoundation10、 CIViC11、 DoCM1 Drugbank药物和药物靶标资源库DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学 资源，它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即： 蛋白质）信息该数据库包含了超过4100个药物条目，包括超过800个 FDA认可的小分子和生物技术药物，以及超过3200个试验性药物此外， 超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被链接到这些药物条目每个DrugCard 条目包含超过80个数据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另 一半致力于药物靶点和蛋白质数据许多数据域超链接到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot 和 GenBank）和各种结构查看小应 用程序该数据库是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化学结构和 关系查询搜索DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、 药物对接或筛选、药物代谢预测、药物相互作用预测和普通药学教育。

DrugBank可以在使用广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设 计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等在查询中，每一种药物对应1个DrugCard，即我们所得到的检索结果 每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、 2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、 药物类别和临床使用、性质描述、剂型及给药途径、半衰期、体内的生物 转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、及其它药物的相互 作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、及蛋白质的结合情况、溶解度、 物质形态、同义词、关于合成的相关文献等，还及ChEBI、GenBank、PubChem 等外部数据库有链接靶标的信息包括ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残基数目、 分子量、等电点、功能和活性、参及的代谢途径和反应、体内分布、靶标 信号、跨膜区域、靶标基因序列及其在GenBank、HGNC等外部数据库中的ID和链接、参考文献，以及在GenBank和Swiss-Prot中的链接酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在Swiss-Prot等数据 库中的链接。

在DrugBank的主界面上，在Browse菜单下可以浏览数据库的内容， 其中PharmaBrowse为用户提供了分类浏览的功能这为药剂师、医生以 及寻找潜在药物的研究人员提供了方便在Search下拉菜单下，就是 Drug Bank的4类检索方式ChemQuery允许用户通过绘制结构图或书写 SMILES、分子式进行结构搜索在检索过程中还可以对搜索药物类型、分 子量范围、搜索结果相似度、结果数量最大值等进行设置TextQuery则 为文本检索功能文本检索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索例 如，在“ dextromethorphan ”中检索混合物，可以键入“ mixtures :dextromethorphan”，即用分号在后面输入领域，同时可以加入逻辑运算 符，例如，在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2个领域进行检 索， 可 以 键 入“ mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxylamine ” SeqSearch为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能Data Extractor 是1个组合检索工具用户可以对DrugCard所包含的信息进行选择性的 组合检索（1） Browse 按钮：Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、 Pathway Browse、 Class Browse、 Target Browse；（2） Search 按钮：ChemQuery Structure Search、InteraxInteraction Search、 Sequence Search、 Advanced Search、 MS Search、 MS/MS Search、 GC/MS Search、 1D NMR Search、 2D NMR Search；（3） 其他 Tool 按钮：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、 Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。

Drug Browse：小分子药物、生物技术药物、显示药物在DrugBank中的 ID、药物名称、分子量、化学式、化学结构、药物类型、治疗症状 Drugs:显示ID、药物名称、治疗疾病Drugs and Targets:显示ID、药物名称、作用位点（靶标）、靶标类型 总结：可以查找药物名称、分子量、化学式、分子结构、药物所属类型、 靶标、靶标类型、治疗疾病、代谢途径等，还可链接到相关网站较实 用）Drug Browse：药名、分子量、化学式、化学结构、药物分类、药效Geno Browse:药物名称，相互作用的基因/酶，SNP位点、等位基因名称、碱基变化、副作用- Sflmh 由 AireU:， H^p - C：or*MlUcGenoSrowg^e SNP-ADR SNP Med日ted Adwrw Doig R0Eons事 EIF AQR 3 ShF-FXDef屈■陌如盼整 朗日rl加51 - Ji orti时i阳2^4 NHd：! LAX ■JkWU ■用,Absww"T 皿:nwjVrvg inivmllrig q»«p.^nrp** RMPumg n*n» 「Nmg* id^#rM-rafadlnri R・r*gns|*hHU ctjFS i hlslKprnpattjiity rs23frHI30 廿 HLA- Gale*e Presence p* Ihtr SFJP I? predic-aftwr oi hHHmerwIhMii neaclkin wlwn st^K-wr Is j^ven tn ISSfei-IH 3 dniigEnpfaiEri PS jB^GTOi Hh1* pahEns■3m I^TKKH rtCK UraFral: Q6UIH7C7jwnjslmw in^nnwIa-S 时顿—<屿网 AI'Ateia a&wosim 5g的HoernMEM坷m dak ftrguwcm白：的解了就加网却 ki 归心帕 mrsaiB JDB如& Gere sjffTral fTOB3 KhiiV5tEr?d anlvil^elel TieraprUriProl: PDW1 丽曾GenoBrowse SNP-FX shpf心洎ledPhamiM同照《MEifeg ■D#曲电1 efera 1 - B Of 1 弟 ri icesH E S0 Nfots UbU[&t1lnlngCUU4购5NP R$ It a>w nmi u*帽串 ItiwAmEI 句 M： »cidC^MITOTeP4ifl 2C5 ^IQSTgio Cf CYPZCF1 。

地翰归 FW UfUfl 帼IfiMW.加陌 叫畏I r机1胡9胡ijere symiwi C¥Paa MFPM FiiTizCJjb±4>1yH*li£yb± ■MIE nncc^dEifK^nnE^lia-^ Kk4Tx己 P^mIe. jir«nurwf£rkGJunlcoIhAArtii-Inftfnham aHhn Ed jEPriMMirnr^Classification Browse：药物分类J 七ed 口 MlnisuM — lid ■ 」ffltiiiwi 口 Emwimertai6心KiA^OdriAidp*-!±liirlii日小Sub±LMrii$einc・i>3晚| |rnli^h■■ ai^H JinwlmniiaaTarget Browse：查靶标及靶标分类和详细细节（药物分类、药理学等）Target Bn>■婿母F巾『时伊auxL 匚'iMil巧Etgj 二> ■质 L mfigggM □时tillawi 二1 EspfllEfflhiApp*>FIWfDhpi^rq |p gff3 1 - Wcf E^g r>\^BM 2 J J 5 . HE LM< -TVP*Npw(Swth Ef■ CkifirDB£4MCnLepnjdriQI31Rx^rrartxnDHCWMGeB电EflnlmjIhwhehE K-tHjnrl CB«ckgg 姬"J峪卒# ［（预AMamLv-iirLKlin»nranb#r^TODWQZ-l PTMQZ4.}T>p*iSafechGnau ptApprovedPwk： riptanILflpnjdr!a MnrfitBle n^jraiM>u4n 冲 wbsIftLlcn Qllqucha*y iBtfeucinsdl IhstJ-lp-FinalendBihq顽mu问 >hqKes dI■»sJWe gnmpon Itwhrrahn isPDMiDnG^. i & priKNced 心 cab &a^er ■:ease me pruuiaDri ar Hpirucrt i^efiL。