mummer使用综述
6页1、MUMmer3.22 简介:DNA和核甘酸的快速比对软件包。基于suffix tree数据结构,快速、图形化、模块可用于其他软件、可进行大基因组比对、多对多基因组比对。二、MUMmer3.22中五个常用的包 :mummer、nucmer、 promer、run-mummer1 、run-mummer31、mummerMumme有效定位两序列的 maximal unique matches ,适用于产生准确匹配的列 表,可以用点图表示出来,或者用作双向比对的 anchors。mummer options . . . query file32一个reference 文件和至少一个query文件,Fast-A格式。大小写都可以, 这样DN用口蛋白质序列都可以比对。query最多32个文件,但每个文件中包含 的序列数没有限制。2、NUCmerNUCmer适用于亲缘关系较近的多核甘酸序列比对。首先找出给定长度的最 大准确匹配,然后将这些匹配结果聚簇形成大的不精确的比对区,最后从每个 匹配向外延伸将聚簇连接成单一的高打分pair-wise alignment 。NUCmer适用于定位高度保守的DN
2、A序列区。通过增加 NUCmer的精确度,找到感兴趣的序列,独一无 二的序列(减少重复序列)。nucmer options FastA格式,不区分大小写,只有 ACTG(不区分大小写)DNA?母可以比 对。标准输出out.delta 文件(ASCII文件),通过show-aligns和showcoords 软件查看.delta 文件内容。show-aligns 展示序歹U, show-coords展示 对坐标的概括、相似度百分比等等。3、PROmerPROme用于核甘酸序列差别较大的比对,原理和NUCm讨目似,只不过在准确匹配前先将输入的序列翻译成六种氨基酸阅读框架。使PROme能识别在蛋白质序列水平上保守而在DNAK平不保守的区域,给出比NUCme高的相似度。PROme增加了敏感度导致高度相似序列的大量输出,所以,建议在输入的序列 差异较大时使用 o As with NUCmer, it is recommended to mask the input sequences to avoid the alignment of uninteresting sequence, or to
3、change the uniqueness constraints (see the PROmesection) to reduce the number of repeat induced alignments. ?promer options FastA格式文件不区分大小写,只有有效的DNA字母可以翻译序列, 标准输出out.delta 文件(ASCII 文件),通过 show-aligns 和 show-c00rds 软件查 看.delta文件内容。4、run-mummer1 and run-mummer3三个步骤和NUCmer和PROmer一样,匹配、聚簇、延伸,但是他们可以处理任何输 入的序列,不只是核甘酸。run-mummer擅长比对相似性较高的 DNA序列,识别他们 的区别,适合于SNP和错误检测。run-mummer1用于没有重排的1:1的比对,runmummer 适合于有重排的 1 :多的比对。run-mummer1 -rrun-mummer3 FstaA格式不区分大小写,reference 文件只可以有一个单个序列,run-mummer 只准许有一个query序列,
4、run-mummer3对query序列个数没有限制。run- mummer中-r参数用于反向匹配 query序列,而run-mummer3自动正反匹配。输出文件:.out , .gaps , .errorsgaps 和 .align 。三、使用案例主程序坐标序列数据过滤可视化1、Aligning two finished sequences两个连续的序列mummer -mum -b -c ref.fasta qry.fasta ref_qry.mums全局比对可视化mummerplot -postscript -prefix=ref_qry ref_qry.mums1.1. Highly similar sequences without rearrangements(高相似序歹U没有重排)两个序列相似度高,只有SNP?口小的缺失多态性。run-mummer1 ref.fasta qry.fasta ref_qry反向匹配(高相似度有重排)run-mummer1 ref.fasta qry.fasta ref_qry1.2. Highly similar sequences with
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