南师大数科院省重点实验室集群使用手册
13页1、南师大数科院省重点实验室集群使用手册(V1.0)1. 集群的各项配置信息1.1 硬件配置集群共有108个计算节点,4台登陆管理节点,2台I/O节点,1台胖节点,1台GPU节点组成。根据具体情况,会开启部分或全部节点供计算使用。108个计算节点配置如下:a) CPU:2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHzb) Memory:12* 4GB DDR3 LP RDIMMc) Hard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K胖节点配置如下:a)CPU:4* Intel Xeon 8C E7-4820 2.0GHzb)Memory:64*8GB DDR3 LP RDIMMc)Hard Disk: 4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K1.2 软件配置集群域名:集群登录IP:211.87.105.233操作系统:Red Hat Enterprise Linux 5.7编译器:Intel C+ Linux 2011.7.256 ,Intel Fortran Linux
2、 2011.7.256数学库:Intel Math Kernel Library 11.0MPI实现:MVAPI2集群管理软件:君富EasyCluster高性能计算集群管理软件V1.6已安装的科学软件:vasp 4.62. 使用指南2.1 如何登录集群?两种方法可以访问集群:(1) 使用ssh client,如ssh secure shell client,启动后连接集群即可,如下图所示:(2) 使用EasyCluster,打开IE浏览器,输入URL:,出现如下界面:注:(1) 首次使用EasyCluster,请按照上述界面提示,下载插件并安装,否则将无法正常浏览EasyCluster。单机界面中黄颜色的“此处”超级链接,即可下载插件(使用IE的windows用户和使用firefox的Linux用户,请根据界面提示下载对应的插件包),下载完成后双击即可开始安装。(2) EasyCluster的帐户系统和服务器(指安装EasyCluster服务器端程序的服务器)操作系统的帐户是一致的。换句话说,用户只需要使用一套用户名和口令就可以登录EasyCluster和服务器的Linux/UNIX操
3、作系统。插件安装完成后,输入帐号和密码,进入EasyCluster系统主界面,如下图所示:版本号退出系统子功能导航主功能导航1、退出系统链接。通过单击该超链接,EasyCluster将清除用户的登录信息,回到登录界面,从而安全的退出EasyCluster系统。在此,我们强烈推荐用户每次退出系统都通过这种方式进行,而不是直接将浏览器关闭。2、主功能导航。此处是EasyCluster全部功能的清单,从图上可以看出,EasyCluster的功能模块主要有提交任务、任务管理、消息管理、待办事宜、记帐信息、控制面板。2.2 如何退出登录?n 使用方法1,即ssh client登录集群的用户,请输入命令“exit”退出登录。然后关闭ssh client软件即可。n 使用方法2,即EasyCluster的用户,请单击主界面中的“退出”超链接退出登录,然后关闭浏览器即可。2.3 如何上传/下载文件?使用ssh client登录上集群之后,使用sftp功能即可上传下载文件。sftp是基于SSH的FTP实现,传输安全稳定。以上述ssh secure shell client软件为例,登录进入集群之后,单击
4、下图1中所示的工具栏按钮,即可打开SFTP的界面(如下图2):单击这个按钮即可打开SFTP在SFTP的界面中,左侧是本地硬盘的文件浏览界面,右侧是远程服务器上的文件浏览界面,使用“拖拽”的方法即可完成文件的上传和下载。即将文件或文件夹从左侧拖拽到右侧,即可完成文件的上传;将文件从右侧拖拽到左侧,即可完成文件的下载。2.4 如何提交一个普通计算任务?使用EasyCluster提交计算任务。EasyCluster带有一个任务调度系统,在EasyCluster中提交的任务,将根据任务的要求和相应的配置情况,被放入任务排队队列。同时,EasyCluster会根据集群目前的负载情况,自动挑选出满足任务条件的计算节点,将任务放到这些节点中运行。(1) 提交一个普通的计算任务,在EasyCluster左方的主功能导航中,单击【提交任务】,出现如下界面:将这种任务提交表单填写完成,即可提交一个任务,该表单中各字段的含义和填写方法如下:填写项必须填写描述及操作任务名称用来标识任务的文字,建议不要超过8个字符。任务名称的第一个字符不能是数字,且任务名称中不能包含空格。任务类型选择是串行任务还是单机并行任务
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