Gaussian+09+使用手册

1、Gaussian 09 使用手册目录 Gaussian 09 文献引用 准备计算输入档案 o 计算工作类型 o 化学模型 o 基底函数 o 分子系统设定 o 多步骤计算工作 Gaussian 09 关键词 o 关键词清单 Gaussian 09 工具程序 Gaussian 09 IOPs 参考手册 执行 Gaussian 09 计算 o 在 Linux/UNIX 计算机系统上执行o 网络/丛集计算机平行处理：Linux/UNIX o 有效使用 Gaussian 程序o 程序限制 Z-矩阵有关的说明。 Gaussian 09 模块（Links）清单 和Gaussian 03 的差异 Gaussian 09 范例计算输入档案和计算输出档案 o test000-test099 o test101-test199 o test200-test299 o test300-test399 o test400-test499 o test500-test599 o test600-test699 o test700-test799 o test800-test899 o test900-test91

2、9 参考文献 Last update: 1 September 2009Gaussian 09 计算输入档案Gaussian 09 计算输入档是一个包含一系列的行所构成的 ASCII 文字文件。Gaussian 计算输入党的基本结构包含几个段落： Link 0 指令：确定站存盘的位置和名称（段落结束时不需要空行）。 计算路径段落 (# 行)：指定所要进行的计算工作类型，模型化学和其它选项（用空行结束这个段落）。 标题段落：计算工作的简短描述（用空行结束这个段落）。输入档内要有这个段落，但 Gaussian 09 程序不会加以处理。这行数据汇出现在计算输出档作为识别之用。通常，这一段落会包含化合物名称，对称性，电子状态，以及其它任何相关的信息。标题段落不能超过五行，必须以空行终止。在这段落中应避免使用这些符号： #!-_control 字母 (尤其是 Ctrl-G)。 分子系统设定段落： 设定要研究的分子系统（以空行终止这个段落）。 额外的段落选项： 某些计算工作类型需要无外的输入数据（通常以空行终止段落）。许多 Gaussian 09 计算工作输入档只有第二，第三和第四个段落。以下是一

3、个输入文件的范例，要求对水分子做单一结构能量计算：# HF/6-31G(d) 计算路径段落water energy 标题段落0 1 分子系统设定O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0这计算中，计算路径和标题段落各占一行。分子系统设定段落第零行是分子电荷和自旋多重态。电荷为零（中性分子），自旋多重态为 1（单一态）。电荷和自旋多重态行之后是描述分子中各原子位置的行，一个原子一行。这个粒子中使用直角坐标。分子系统设定在后面会有详细的讨论。以下这个计算输入文件范例使用 Link 0 指令和一个额外的输入段落：%Chk=heavy Link 0 段落# HF/6-31G(d) Opt=ModRedundant 计算路径段落Opt job 标题段落0 1 分子系统设定段落原子坐标 3 8 在用来做几何优选的内坐标系统内增加一个键长和一个键角2 1 3 这计算工作指定进行几何优选计算。分子系统设定段落后面的输入段或是关键词 Opt=ModRedundant 需要的输入数据，指定在几何优选计算中使用的内坐标里增加一个键长和键角。这

4、计算工作同时指定检查档的档名。为方便查询，以閜表中列出Gaussian 09程序计算输入文件中可能会出现的段落，依照各段落出现的次序排列。每个段落对应的关键词也列在表中。Gaussian 09 计算输入档各段落的次序段落需要这输入段落的关键词是否需要空行做结束？Link 0 指令% 指令否计算路径段落 (# 行)所有关键词是额外层组Extra OverlaysExtraOverlays是标题段落所有关键词， Geom=AllCheck 除外是分子系统设定所有关键词， Geom=AllCheck 除外是原子连接关系Geom=Connect 或 ModConnect是冻结原子位置Geom=ReadFreeze是坐标修改Opt=ModRedundant是第二个标题和分子系统设定Opt=QST2 或 QST3两者皆是第二组坐标的原子连接关系Geom=Connect 或 ModConnect 和 Opt=QST2 或 QST3是第二组冻结原子Geom=ReadFreeze是第二组坐标修改Opt=QST2 或 QST3是 第三组标题和分子系统设定，过渡状态的最初猜测结构Opt=QST3两者皆是第三

5、组坐标的原子连接关系Geom=Connect 或 ModConnect Opt=(ModRedun, QST3)是第三组冻结原子Geom=ReadFreeze是第三组坐标修改Opt=(ModRedun, QST3)是PDB 二级结构数据若分子设定段落中有胺基酸分子团的信息是原子质量ReadIsotopes 选项是分子力学参数HardFirst, SoftFirst, SoftOnly, Modify是感兴趣的振动频率CPHF=RdFreq是背景电荷分布Charge是BOMD/ADMP 输入 (1 或多个段落)ADMP 和 BOMD 需要的输入数据，ReadVelocity, ReadMWVelocity 选项是PCM 输入数据SCRF=(ExternalIteration,Read)是IRC 表的坐标IRC=Report是简协限制Harmonic constraintsGeom=ReadHarmonic是半经验方法参数 (Gaussian 格式)Input 选项, AM1=Both是半经验方参数 (MOPAC 格式)MOPAC, Both 选项是基底函数设定Gen, GenECP, E

6、xtraBasis是基底函数更改Massage是有现场系数 Finite field coefficientsField=Read是ECP 设定Pseudo=Cards, GenECP是密度释配基底组设定ExtraDensityBasis是PCM 溶解模型输入SCRF=Read是DFTB 参数DFTB是最初猜测的来源Guess=Input是要结合的对称类型Guess=LowSymm否轨域设定(分离 和 )Guess=Cards是轨域更改(分离 和 )Guess=Alter是轨域排序(分离 和 )Guess=Permute是# 轨域/GVB 电子对GVB否CAS 状态平均的权重CASSCF=StateAverage否要计算自旋轨道耦合效应的状态CASSCF=SpinOrbit否轨域冻结信息ReadWindow 选项是要精制的EPT 轨域EPT=ReadOrbitals是要计算自旋-自旋耦合常数的原子清单NMR=ReadAtoms是另一种原子半径Pop=ReadRadii 或 ReadAtRadii是静电性质的数据Prop=Read 或 Opt是NBO 输入数据Pop=NBORead否简协

7、正振动模式选择Freq=SelectNormalModes是障碍旋转体Hindered Rotor输入数据Freq=ReadHindered是非简协正则振动模式选择Freq=SelectAnharmonicNormalModes是FCHT的正则振动模式Freq=SelectFCHTNormalModes是非简协性的输入数据Freq=ReadAnharmonic是FCHT输入数据Freq=ReadFCHT是Pickett 输出档名Output=Pickett否PROAIMS 输出档名Output=WFN否输入数据的语法通常 Gaussian 计算输入数据遵循以下语法规则： 输入的数据没有固定的格式，和字母大小写无关。 空格，跳格（tabs），逗点，或前斜线可以任何组合方式分隔在一行中的各项。连续多个空格当做一个区隔。 关键词的选项可用以下方式设定：o keyword = option o keyword(option) o keyword=(option1, option2, ) o keyword(option1, option2, ) 多重选项要用括号聚集，各选项之间可用有效的符号加

8、以区隔（通常使用逗点符号）。括号前的等号可以省略，括号之前和之后也可以有空格。注意，有些选项要设定数值，这时选项的名称后面接着等号，例如CBSExtrap(NMin=6). Gaussian 09 所有关键词和选项可以用缩写到最短且唯一缩写字符串代替。因此 Conventional option to the SCF 关键词选项Conventional 可以缩写成 Conven，但不能缩写成 Conv (因为有另一个 Convergence 选项存在)。不论是否刚好 Conventional 和 Convergence 都是某一个关键词有效的选项，这个规定都成立。 Gaussian 09 计算输入资料可以包含外部档案的内容，利用这个语法 文件名。将整个档案的内容放到计算输入文件中这个字符串出现的位置。在这指令后附加 /N ，计算输出档的开头将不会印出这外部档案的内容。 行中惊叹号 (!)右边的信息是当作批注，惊叹号可出现在一行中的任何位置。 独立的批注行可出现在输入文件中任何位置。 Last updated on: 2 September 2009Gaussian 09 计算工作类型Gaussian 09 计算输入文件的计算路径段落指定计算工作的类型。这设定的内容有三个主要部份： 计算工作类型 计算方法 基底函数组 以下是 Gaussian 09 程序可用的计算类型清单： SP: 分子单一结构能量。 Opt: 分子几何结构优选。 Freq: 振动频率和热化学分析。 IRC: 化学反应路径探索。 IRCMax: 在指定的话学反应路径上找到能量最大值的分子结构。 Scan: 位能曲面扫

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