(完整word版)QTRAP-IDA指南.docx

IDA指南Information Dependent Acquisition (IDA )白动关联扫描 能够在一 个色谱过程中进行 MS/MS谱的“on the fly ”采集Analyst Software IDA通过组合特定的survey scans,高分辨扫描和灵敏的子离子扫描 产生大量有用的MS/MS数据在一个典型的IDA实验中，survey scan 产生了 一个所有出现离子的峰列表峰列表根据用户定义的标准除去 不想要的母离子留下的离子则进行 MS/MS实验这个循环在整个 采集过程中不断重复，产生了大量的信息丰富的数据由于Q TRAPtm System仪器灵活性强，有多种不同的扫描选择， 所以IDA功能强大而灵活多个水平的 MS/MS和MS/MS/MS可以 以完全白动的方式执行Surrey scanbc E^Sf Neutral L Scan(combations of rIDACntetiA L»vd 1点 foe ccuracyTwa .whs/j x也Me cEerwUp tc 8 心仲P^c^ucr IonIrckis)a^/E^ i/swr L 屋Lto 8Second Dcfxindwit Sc.rt(c)—IDA实验可以手动方式建立或者借助IDA Wizard帮助。

本指南介 绍采用这两种方式建立IDA实验另外还描述了一些用于蛋白质组 学的典型方法；蛋白质鉴定的标准方法，在多肽混合物中筛选磷酸化 位点的方法注意：关于不同扫描方式的更多信息参见 Q TRAPtm系统的LIT扫描模式6.1击活硬件Profile打开导航栏（屏幕的左边）中的Hardware Configuration Editor,选 择与MS系统相联的LC系统的合适的硬件配置并击活Profile这些 外围设备将白动加入到IDA方法中，所以必需提前选好关于硬件 Profile更多的信息参见LC Packing System指南或者Agilent capLC 系 统指南6.2 IDA Wizard双击导航栏的 Acquire部分的IDA Method Wizard,可以登录IDA Wizard■■fl Ak'-jLiilf-白X IDA耐心心却E dAc qirtni hWind 尤r Sew建立IDA Experiment的窗口如下L (ZtA.lri ' ■ trfWKMrE<£l广 h«ni“..■ Fmwrv ^ai ? ■ U 4"mkwbuBte B- SuTmp km |-旧 Ujt [r*-S-e>J^r：**.* %■»>!. L'JfIpVRU[P25 gHKnIDA Wizard 简化了建立 IDA Experiment 的过程。

Wizard 包括了 三个IDA Method，可以采用4个survey scans前两个采用线性离子 阱MS扫描作为survey scan&即EMS和EMC扫描，然后击发EPI 从属扫描第三个选择是用三重四极杆建立实验，即用母离子扫描或 中性丢失扫描作为survey scans*发EPI从属扫描关于不同扫描方 式的更多信息参见Q TRAPtm系统的LIT扫描模式，或Q TRAPtm系 统的四极杆扫描模式6.3使用IDA Wizard建立一个蛋白鉴定的IDA方法Next第一个介绍的IDA实验是一个典型的蛋白鉴别实验，得到尽可能 多的多肽的高质量的MS/MS数据任何一种LIT MS扫描都适合这 个实验，本实验采用 Enhanced MS>>Enhanced Product Ion scaiife 择 强烈推荐这类实验中使用 Enhanced Resolution Scan母离子的精确性 较好，而且可以精确断定离子的电荷状态 其信息优势远远超过执行 该扫描所花费的少量的时间如下所示两个框均打勾后，点击•<<#.<■ itM E「al MhnadllftQwaa»MnlftrihHll KiahHUm ■' fvmriv #■ ?■ E #w«iFwtos酷■■•■ d ^UtVm £cflTE Jgflf Fl1®™?电 ii I n

测 定多肽质量数的典型的扫描范围为 400-1200amq在Start mass/StopMass窗口输入该质量范围由于母离子的分辨率将在 ER扫描中获得，所以使用最快的扫描速度（4000amu/seC最后，LIT fill time默 认为20ms,在大多数情况下都是好的设置但是，如果对于样品有 一定的信息，也可以进行调整如果希望得到数量多的多肽则将 fill time减少到10ms如果需要增加灵敏度则将 fill time增加到20-50ms点击Next继续下面的窗口定义Dependent Scan的参数一般地，每次对最强的 1-3个多肽进行MS/MS如下所示，在窗口上方设定EPI实验的碰撞能量（CE）可以通过两种不同的方式设定选择 的每一个母离子可以至多有三个不连续的碰撞能量例如，如果两个 最强的离子被选择，两个不连续的碰撞能量被设定，那么在每次循环中将进行4个独立的EPI扫描对于蛋白鉴别实验，最好采用 UseRolling Energy 设置每一个多肽的 CE 值Use Rolling Energy将在 6.5 部分的设置IDA选择标准中描述）其特点是根据每一个多肽的 m/z 值和电荷状态计算最优的碰撞能量。

在Start massfStop Mass窗口输入扫描范围100-1700在EPI扫描中采用最快的扫描速度（4000amu/se碎片离子仍然可以达到单位 分辨这种扫描方式中，fill time设置为50ms,也可以根据灵敏度 的要求进行调整点击Next继续以下描述IDA实验的选择标准设定潜在的母离子的质量范围，在 For ions greater than和For ions smaller than框中输入要考虑的质量范围强度阈值允许设定EMS survey scan的离子的最小强度的阈值 在Which exceeds_counts(cps)框中输入希望的强度阈值强度低于指 定强度阈值的离子将从峰队列中除去不进行ER扫描 50000-100000cps是一个好的强度阈值的起点在 With charge state框中打勾，指定进行MS/MS扫描的母离子的 预期的电荷状态当这个选择标准激活以后，只有在 ER谱中具有预期电荷状态的离子才会保留在从峰队列中考虑进行子离子扫描 如果电荷状态在ER扫描中没有确定，可以在Include unknowns框中打勾 将其包括在峰队列中对于蛋白消化产物，如果电荷状态不确定，它 极有可能是多电荷，因而很有意义。

Exclude Former Target Ions标准可以排除已经做过 MS/MS的离 子Always打勾可以将这些离子从剩余的运行中排除做 LC IDA实验时，选择For_(se可以排除有限的时间窗口，在那段时间洗 脱的母离子不进行多于一次的 MS/MS扫描如果Never打勾，动态 排除关闭最后，设定 After_repeat occurrences;,允许一个离子在排 除之前进行多次MS/MS扫描此处输入1,则离子在排除之前进行 多于一次 MS/MS扫描，意味着对于指定的肽离子共发生两次 MS/MS点击Finish建立IDA方法6.4 MS方法的精细调节在Acquisition Method窗口的左边，Mass Spec实验白动组合关于而且硬件profile设置的LC系统的外围设备白动添加进方法中外围设备的控制在建立LC系统的指南中有描述按照其它指南将泵 及白动进样器加入IDA方法中J胃8a CrvM]S 1 mi4 *fi|WF WSI* ven 4ukBKBljLT一旦泵及白动进样器参数定义好后， Mass Spec方法完成点击窗口左边的+EMS条目查看 survey scan参数。

在窗口右边输入 Duration，这个时间不能够比泵走的时间长，应该反映在肽的MS/MS 方法的时间窗口中选择 Number of scans to sum可以控制进行 survey scan的时间 一般地，survey scan花费的时间为 Total Scan Tim创I 0.5-1sec,或者 Number of scans to su成 2注意当 Number of scans to sum^变时， Total Scan Tim苛目应改变接下来，点击Edit Parameters…钮选择源的设置如果用 FlowNanospraJM 源，IonSpray Voltage (IS)设为 ~2300V (负离子模式为 ~-1700V）, GS1 设为 0如果用 TurboIonspray 源，IS 设为 ~5500V （负 离子模式为~-4500V）, Ion Source Gas 1 （GS1）则与流速有关（流速 越高，雾化气流速GS1也应该越高）点击窗口底端的一个或两个钮，SourcdGas或Compound的参数可以用于所有的实验点击 OK,保 存参数接下来，点击窗口左边的ER scan查看实验设置。

Center项下有 两个条目，可以进行两个 ER scans当样品有限时，可以打开在Advanced MS 表中的 Q0 Trapping, ER 的扫描速度用 250amu/seq Resolution 表中，Q1 Resolution 设为 Open注意进行两个 ER scans 总的时间仅为400ms额外的这点时间是宝贵的，因为从较高分辨率 的扫描中可以获得大量信息检查dependent scanS勺设置，点击左边的EPI实验注意当采用 IDA时，Product Of窗口设为30这表明该数值将由IDA软件白动 设置改变Number of scans to sum可以调节每个子离子扫描的时间典型的设置为1-2sec或共2-4次扫描6.5设定IDA选择标准点击方法的IDA Criteria观察由IDA Wizard得到的设置设定潜在的母离子的质量范围，在 For ions greater than和For ions smaller than框中输入质量范围在With charge state框中，可以定义进行MS/MS扫描的母离子预 计的电荷状态当该选择标准被激活以后，只有那些在 ER谱中具有预期电荷状态的离子才会保留在峰队列中考虑进行子离子扫描。

如果ER扫描的电荷状态被破坏，可以在Include unknowns框中打勾将其 包括到峰队列中对于蛋白消化产物，如果电荷状态被破坏，很可能 是多电荷，因而很有意义注意：一定在Use Enhanced Resolution Scan to confirm state框中打勾，否则EMS survey scan将被用于确定电荷状 态在Intensity Threshold中设定进行EMS survey scan的离子的最小 强度的阈值在 Which exceed_(cps)框中输入希望的强度阈值强度 低于指定强度阈值的离子将从峰队列中排除不进行 ER扫描50000-100000cps是一个比较好的起点Exclude former target ions标准可以排除已经。