mothur使用介绍(OTU的确定).pdf

2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所1Mo t hu r 使用介绍 （ 1 ）— — O T U 的确定Q Q ： 5 4 4 8 3 4 6 6 1E - m ai l : y an g h a i sh u i @ g m ai l . co m杨 海 水（ 浙 江 大 学 ）2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所2第一步 ： 进入主页面 ， 点 “ Ma n u a l ”2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所3第二步 ： O T U - b a s e d a p p r o a c h2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所4对于初学者 ， 必须对照Ma n u a l一步步 进行操作 ， 因为 mo t h u r 所运行的 D o s 系统对大 多数生物学科研工作者都很陌生 ， 需慢慢掌握2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所5如何在 d o s 环境下 运行 m o th u r ?• ( 1 ) 文 件准备 ： 将目标 序列 保存为 f a s t a 格式 ；• ( 2 ) 将 mo t h u r. e x e 与 x . f a st a 放 在同一文件目录下 ：2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所6( 3 ) 打 开 m o t hur:2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所7(4 ) 调 用 d i s t. s e q s 指 令 ， 产 生 距 离 矩 阵 ；calc 以不同方式处理gap:onegap 指把所有把对偶排列中出现的所有连续缺失的碱基当做一个gap;nogap 按实际缺失的碱基数对待 ； 默认为 onegap ;countends : 用以处理末端gap 的罚分 ， =F, 指对末端gap 不罚分 ； =T 指对末端gap 进行罚分 ；cutoff ： OTU 的分界阈值Output: lt ( 指 low triangle) 或 square, 指输出距离矩阵为下三角还是矩形2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所8写 好 指 令 后 ， 按 “ E nt er ”注意文件格式 ： A U 0 1 . p h y l i p . d i st2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所9（ 5 ） 读 入 距离 矩 阵 ， 用 r e a d . d i s t 指 令2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所1 0( 6 ) O TU 分配 ， 用 cl u st e r 指 令M e t h o d 有 三 种 选 择 ：C u t o f f 值 设 置好 好 后 ， 程序运 行 之 后 ， 会把 0 - c u t o f f 值之 间 的 所 有分配 方 式 的 结果都 显 示 出 来2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所1 1( 7 ) 输出 O T U 的分类结 果 ， 用 b i n . s e q s 指令在 c u t o f f 为 0 . 0 3 水 平 上 （ 序列 相 似 性 为 9 7 % ） 进 行 的 O T U 划 分 结 果 ， 竖杠 后 面的 数 字 为 对应的 O T U 序 号2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所1 2( 8 ) 选择 O U T 的代表性序 列 ， 用 g e t . o t u r e p 表 示 O T U 1 有 4 条 序 列 ， 代表性 序 列 为 A 7 7 3 A U C v P O ， 后 面为 相 应 序 列2 0 1 0 - 1 1 - 1 7浙江大学 生命科 学 学院农业 生态与 工 程研究所1 3。