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第二章第二章 染色体和染色体和DNAl 染色体概述l原核与真核生物的染色体结构l DNA是主要的遗传物质 l DNA的结构和功能 l DNA的复制 l DNA的损伤、修复、重组与转座 1 染色体概述 染色体在遗传上起着主要作用,因为亲代能够将自己的遗传物质以染色体（chromosome）的形式传给子代，保持了物种的稳定性和连续性2 染色体包括DNA和蛋白质两大部分同一物种内每条染色体所带DNA的量是一定的，但不同染色体或不同物种之间变化很大，人X染色体有1.28亿个核苷酸对，而Y染色体只有0.19亿个核苷酸对34567第一节第一节 原核与真核生物的染色体结构原核与真核生物的染色体结构l原核生物染色体结构l原核生物基因组l真核生物染色体结构l真核生物基因组l遗传信息流8原核生物染色体结构 要点： 大肠杆菌染色体 DNA结构域 基因组超螺旋 DNA结合蛋白91011原核生物基因组 原核生物的基因组很小，大多只有一条染色体，且DNA含量少，如大肠杆菌DNA的相对分子质量仅为4.6×106bp，其完全伸展总长约为1.3mm，含4 000多个基因。

12 原核生物基因主要是单拷贝基因，只有很少数基因〔如rRNA基因〕以多拷贝形式存在； 整个染色体DNA几乎全部由功能基因与调控序列所组成； 几乎每个基因序列都与它所编码的蛋白质序列呈线性对应状态 13141、结构简炼、结构简炼 原核DNA分子的绝大部分是用来编码蛋白质的，只有很小一部分控制基因表达的序列不转录 如在ΦX174中不转录部分只占4%左右（217/5386),T4 DNA中占5.1%（282/5577)152、存在转录单元 原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因，往往丛集在基因组的一个或几个特定部位，形成转录单元并转录产生含多个mRNA的分子，称为多顺反子mRNA16173、、一些细菌和动物病毒存在重叠基因，同一段DNA能携带两种不同蛋白质的信息 Weiner和Weber在研究一种大肠杆菌RNA病毒时发现，有两个基因从同一起点开始翻译，一个在400bp处结束，而在3%的情况下，翻译可一直进行下去直到800bp处碰到双重终止信号时才停止18 ΦX174感染寄主后共合成9个蛋白质，相对分子质量约2.5×105，相当于6078个核苷酸，而病毒DNA本身只有5 375个核苷酸。

Sanger在弄清ΦX174 DNA的全部核苷酸序列及各个基因的起迄位置和密码数目以后发现，9个基因中有些是重叠的 19真核生物染色体结构要点：要点： 染色质、核小体、组蛋白、 非组蛋白、 端粒、 常染色质和异染色质、 DAase超敏性20真核细胞染色体的组成真核细胞染色体的组成作为遗传物质，染色体具有如下特征：(1)分子结构相对稳定；(2)能够自我复制，使亲子代之间保持 连续性；(3)能够指导蛋白质的合成，从而控制 整个生命过程；(4)能够产生可遗传的变异 2122 染色体染色体蛋白质蛋白质 染色体蛋白主要分为组蛋白和非组蛋白两类真核细胞的染色体中DNA与组蛋白的质量比约1:1 DNA、组蛋白和非组蛋白及部分RNA（尚未完成转录而仍与模板DNA相连接的那些RNA，其含量不到DNA的10%）组成了染色体 23 组蛋白是染色体的结构蛋白，分为H1、H2A、H2B、H3及H4五种，与DNA共同组成核小体通常用2mol/L NaCl或0.25mol/L的HCl/H2SO4处理染色质使组蛋白与DNA分开组蛋白含有大量的赖氨酸和精氨酸，其中H3、H4富含精氨酸，H1富含赖氨酸。

H2A、H2B介于两者之间24组蛋白具有如下特性：1、进化上的极端保守性不同种生物组蛋白的氨基酸组成十分相似牛、猪、大鼠的H4氨基酸序列完全相同，与豌豆序列相比也只有两个氨基酸的差异2、无组织特异性只有鸟类、鱼类 及两栖类红细胞染色体不含H1而带有H5，精细胞染色体的组蛋白是鱼精蛋白253、肽链上氨基酸分布的不对称性碱性氨基酸集中分布在N端的半条链上，而大部分疏水基团都分布在C端碱性的半条链易与DNA的负电荷区结合，而另外半条链与其他组蛋白、非组蛋白结合4、存在较普遍的修饰作用，如甲基化、乙基化、磷酸化及ADP核糖基化等修饰作用只发生在细胞周期的特定时间和组蛋白的特定位点上 26表表2-5 真核细胞染色体上的组蛋白成分分析真核细胞染色体上的组蛋白成分分析种类相对分子质量氨基酸数 目分离难易 度保守性染色质中比例染色质中位置H121 000223易不保守0.5接头H2A14 500129较难较保守1核心H2B13 800125较难较保守1核心H315 300135最难最保守1核心H411 300102最难最保守1核心27表表2-6 不同组蛋白分子中所含的碱性氨基酸比较不同组蛋白分子中所含的碱性氨基酸比较（占氨基酸总数的（占氨基酸总数的%））碱性氨基酸H1H2AH2BH3H4赖氨酸29.510.916.09.610.8精氨酸1.39.36.413.313.728非组蛋白约为组蛋白总量的60%～70%，可能有20～100种(常见的有15～20种),主要包括酶类、与细胞分裂有关的收缩蛋白、骨架蛋白、核孔复合物蛋白以及肌动蛋白、肌球蛋白、微管蛋白、原肌蛋白等。

291、HMG蛋白(high mobility group protein) 这是一类能用低盐（0.35mol/L NaCl）溶液抽提、能溶于2%的三氯乙酸、相对分子质量都在3.0×104以下的非组蛋白，可能与DNA超螺旋结构有关 302、DNA结合蛋白 用2mol/L NaCl除去全部组蛋白和70%的非组蛋白后，还有一部分非组蛋白紧紧地与DNA结合在一起，只有用2mol/L NaCl和5mol/L尿素才能把这些蛋白解离可能是一些与DNA的复制或转录有关的酶或调节物质 31真核生物基因组 要点： 非编码DNA、复性动力学、不重复序列、 中度重复序列 (分散重复DNA、串联基因簇）、 高度重复序列（卫星DNA）、 遗传多态性32 真核细胞基因组的最大特点是它含有大量的重复序列，而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能DNA所隔开，这就是著名的“C值反常现象（C-value paradox）”所谓C值，通常是指一种生物单倍体基因组DNA的总量 3334 真核细胞DNA序列可被分为3类：1 1、不重复序列、不重复序列 在单倍体基因组里，这些序列一般只有在单倍体基因组里，这些序列一般只有 一个或几个拷贝，它占一个或几个拷贝，它占DNA总量的总量的10%～～80%。

不重复序列长约不重复序列长约750～～2 000bp，相当，相当于一个结构基因的长度于一个结构基因的长度 蛋清蛋白、蚕的丝心蛋白、血红蛋白和珠蛋清蛋白、蚕的丝心蛋白、血红蛋白和珠蛋白等都是单拷贝基因蛋白等都是单拷贝基因352、、 中度重复序列中度重复序列 这类序列的重复次数在这类序列的重复次数在101～～104之间，占总之间，占总DNA的的10%～～40%，如小，如小鼠中占鼠中占20%，果蝇中占，果蝇中占15%，各种，各种rRNA、、tRNA以及某些结构基因如组以及某些结构基因如组蛋白基因等都属于这一类蛋白基因等都属于这一类36非洲爪蟾的rRNA基因结构示意图37 在动物卵细胞形成过程中， rDNA基因可进行几千次不同比例的复制，产生2×106个拷贝，使rDNA占卵细胞DNA的75%，从而使该细胞能积累1012个核糖体 383、高度重复序列——卫星DNA 只存在于真核生物中，占基因组的10%~60%，由6~100个碱基组成，在DNA链上串联重复高达数百万次因为卫星DNA不转录，其功能不详它们是异染色质的成份，可能与染色体的稳定性有关。

3940染色质和核小体染色质和核小体 由DNA和组蛋白组成的染色质纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构 染色质DNA的Tm值比自由DNA高，说明在染色质中DNA极可能与蛋白质分子相互作用 在染色质状态下，由DNA聚合酶和RNA聚合酶催化的DNA复制和转录活性大大低于在自由DNA中的反应41 DNA酶I（DNaseI）对染色质DNA的消化远远慢于对纯DNA的作用 用小球菌核酸酶处理染色质以后进行电泳，便可以得到一系列片段，这些被保留的DNA片段均为200bp基本单位的倍数424344 核小体由H2A、H2B、H3、H4各两个分子生成的八聚体和由大约200bp DNA组成八聚体在中间，DNA分子盘绕在外，而每个核小体只有一个H1，分布在核小体的外面 核心颗粒包括组蛋白八聚体及与其结合的146bp DNA，该序列绕在八聚体外面1.75圈，每圈约80bp由许多核小体构成了连续的染色质DNA细丝45 在核小体中，DNA盘绕组蛋白八聚体核心，使分子收缩1/7 人中期染色体中含6.2×109碱基对，其理论长度应是200cm，这么长的DNA被包装在46个5μm长的圆柱体（染色体）中，其压缩比约为104。

分裂间期染色质比较松散，压缩比大约是102～103464748遗传信息流要点要点： 中心法则 原核基因表达 真核基因表达4950第二节第二节 DNA的结构和功能的结构和功能 l DNA的一级结构l DNA的二级结构l DNA的高级结构51DNA的结构 要点： DNA/RNA序列、DNA双螺旋、 A、B、Z型螺旋、闭环DNA、 超螺旋、拓扑异构体、拓扑异构酶52DNA的一级结构的一级结构 DNA的一级结构是指4种核苷酸的连接及其排列顺序，表示了该DNA分子的化学构成DNA的二级结构 DNA不仅具有严格的化学组成，还具有特殊的高级结构，它主要以有规则的双螺旋形式存在 53DNA二级结构的基本特点是：二级结构的基本特点是：1、DNA是由两条互相平行的脱氧核苷 酸长链盘绕而成的2、DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排列在内侧3、两条链上的碱基通过氢键相结合，形成碱基对 545556 DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。

通常情况下，DNA的二级结构分两大类：一类是右手螺旋，如A-DNA和B-DNA；另一类是左手螺旋，即Z-DNA 575859 DNA二级结构中左手螺旋——Z-DNA的研究 B-DNA是最常见的DNA构象，A-DNA和Z-DNA可能具有不同的生物活性 60DNA的高级结构的高级结构 DNA的高级结构是指DNA双螺旋进一步扭曲盘绕所形成的特定空间结构超螺旋结构是DNA高级结构的主要形式，可分为正超螺旋与负超螺旋两大类，它们在特殊情况下可以相互转变，如： 拓扑异构酶 拓扑异构酶 溴乙锭 溴乙锭负超螺旋 松驰DNA 正超螺旋61 研究细菌质粒DNA时发现，天然状态下该DNA以负超螺旋为主，稍被破坏即出现开环结构，两条链均断开则呈线性结构 在电场作用下，相同分子质量的超螺旋DNA比线性DNA迁移率大，线性DNA又比开环的DNA迁移率大，以此可判断质粒结构是否被破坏。

62636465第三节 DNA的复制 l DNA的半保留复制l 复制的起点、方向和速度l 复制的几种主要方式l 原核与真核生物DNA的复制特点l DNA复制的调控66DNA的复制 要点： 半保留复制、半不连续复制、复制子、 复制起点与终点、RNA引导、复制叉、 SSB、DNA解链酶、引发体与引发酶、 冈崎片段、原核生物DNA复制特点、 真核生物DNA复制特点67DNA的复制 生命的遗传实际上是染色体DNA自我复制的结果，而染色体DNA的自我复制主要是通过半保留复制来实现的，是一个以亲代DNA分子为模板合成子代DNA链的过程 由于DNA是遗传信息的载体，因此亲代DNA必须以自身分子为模板来合成新的分子——准确地复制成两个拷贝，并分配到两个子代细胞中去，才能真正完成其遗传信息载体的使命686970DNA的半保留复制机理 由于DNA分子由两条多核苷酸链组成，两条链上的碱基——G只能与C相配对，A只能与T相配对，所以，两条链是互补的，一条链上的核苷酸排列顺序决定了另一条链上的核苷酸排列顺序71 DNA在复制过程中，每条链分别作为模板合成新链，产生互补的两条链。

这样新形成的两个DNA分子与原来DNA分子的碱基顺序完全一样因此，每个子代分子的一条链来自亲代DNA，另一条链则是新合成的，这种复制方式被称为DNA的半保留复制（semiconservative replication）72复制的起点、方向和速度复制的起点、方向和速度 复制时，双链DNA要解开成两股链分别进行，所以，复制起点呈叉子形式，被称为复制叉 DNA的复制是由固定的起始点开始的一般把生物体的复制单位称为复制子（replicon），一个复制子只含一个复制起点7374 细菌、病毒和线粒体的DNA分子都是作为单个复制子完成复制的，而真核生物基因组可以同时在多个复制起点上进行双向复制，也就是说它们的基因组包含有多个复制子757677复制的几种主要方式复制的几种主要方式线性DNA双链的复制 复制叉生长方式有单一起点的单向（如腺病毒）及双向（如T7噬菌体）和多个起始点的双向几种，DNA双向复制时复制叉处呈“眼”型 78环状环状DNA双链的复制双链的复制 环状双链DNA的复制可分为θ型、滚环型和D-环型几种类型 1、θ型复制大肠杆菌基因组的复制原点位于天冬酰胺合酶和ATP合酶操纵子之间，全长245bp，称为OriC。

79802、 滚环型（rolling circle） ΦX174的双链环状DNA就是以这种方式复制的 DNA的合成始于对正链原点的专一性切割，所形成的自由5' 端被从双链环中置换出来并为单链DNA结合蛋白所覆盖，使其3'—OH端在DNA聚合酶的作用下不断延伸8182 3、 D-环型（D-loop） 这也是一种单向复制的特殊方式这种方式首先在动物线粒体DNA的复制中被发现双链环在固定点解开进行复制但两条链的合成是高度不对称的，一条链上迅速合成出互补链，另一条链则成为游离的单链环（即D-环） 83 实验结果表明，无论是原核生物还是真核生物，DNA的复制主要是从固定的起始点以双向等速复制方式进行的复制叉以DNA分子上某一特定顺序为起点，向两个方向等速生长前进 84原核和真核生物DNA的复制特点原核生物DNA的复制特点 大肠杆菌基因组以双链环状DNA分子的形式存在，其DNA复制的中间产物可形成一个θ，复制从定点开始双向等速进行，复制起始区位于其遗传图的84min附近复制起始后，两个复制叉在距起始点180°处会合。

85 复制叉的形成过程是个有多种蛋白质及酶参与的复杂过程已经发现一些酶和蛋白质能使DNA双链变得易于解开，或者可以使超螺旋分子松弛8687(1)单链结合蛋白（SSB蛋白） T4噬菌体的32 kDa蛋白可以结合单链DNA，它还能使双链DNA在远低于解链温度时分开 大部分原核SSB蛋白与DNA结合时还表现出协同效应：如第一个SSB蛋白结合到DNA上去的能力为1，第二个SSB结合能力则可高达103 SSB蛋白的作用是稳定单链DNA88(2)DNA解链酶（DNA helicase） 大部分DNA解链酶都沿滞后链模板的5‘→3’方向并随着复制叉的前进而移动，只有Rep蛋白沿前导链模板的3‘→5’方向移动因此，Rep蛋白和其他DNA解链酶分别在DNA的两条母链上协同作用，解开双链DNA893、DNA的解链过程： 首先，在拓扑异构酶首先，在拓扑异构酶I的作用下解开负超螺旋，的作用下解开负超螺旋，并与解链酶共同作用，在复制起点处解开双链解并与解链酶共同作用，在复制起点处解开双链解链过程中必需有链过程中必需有SSB蛋白来稳定已解开的单链，以蛋白来稳定已解开的单链，以保证该局部结构不会恢复成双链。

保证该局部结构不会恢复成双链 接着，由引发接着，由引发酶等组成的引发体迅速作用于两条单链酶等组成的引发体迅速作用于两条单链DNA上不论是前导链还是滞后链，都需要一段论是前导链还是滞后链，都需要一段RNA引物以开引物以开始子链始子链DNA的合成 9091DNA聚合酶的共同点：1、都以dNTP为底物2、都需要Mg2+激活3、聚合时必须有模板链和具有 3‘—OH末端的引物链4、链的延伸都方向为5'→3'92 DNA聚合酶聚合酶I不是复制大肠杆菌染色体的主不是复制大肠杆菌染色体的主要聚合酶，它有要聚合酶，它有5’ →3’核酸外切酶活性，保证了核酸外切酶活性，保证了DNA复制的准确性它也可用来除去冈崎片段复制的准确性它也可用来除去冈崎片段5‘端端RNA引物，使冈崎片段间缺口消失，保证连引物，使冈崎片段间缺口消失，保证连接酶将片段连接起来接酶将片段连接起来 DNA聚合酶聚合酶II的活性很低，所以也不是复制的活性很低，所以也不是复制中主要的酶目前认为中主要的酶目前认为DNA聚合酶聚合酶II的生理功能的生理功能主要是起修复主要是起修复DNA的作用93 DNA聚合酶III包含有7种不同的亚单位和9个亚基，其生物活性形式为二聚体。

它的聚合活性较强，为DNA聚合酶I的20-50倍，聚合酶II的10-20倍它能在引物的3’—OH上以每分钟约5万个核苷酸的速率延长新生的DNA链，是大肠杆菌DNA复制中链延长反应的主导聚合酶949596复制的引发和终止 DNA聚合酶只能延长已存在的DNA链，而不能从头合成DNA链，那么，新DNA的复制是怎样开始的呢？ 研究发现，DNA复制时，往往先由RNA聚合酶在DNA模板上合成一段RNA引物，再由DNA聚合酶从RNA引物3‘ 端开始合成新的DNA链 滞后链的引发过程比较复杂，需要多种蛋白质和酶的协同作用，还牵涉到冈崎片段的形成和连接97 引发体在滞后链分叉的方向上前进，并在模板上间断性引发生成滞后链引物---RNA短链，再由DNA聚合酶III作用合成DNA，直至遇到下一个引物或冈崎片段为止 由RNase H降解RNA引物并由DNA聚合酶I将缺口补齐，再由DNA连接酶将两个冈崎片段连在一起形成大分子DNA98 链的终止需要Tus蛋白参与当复制叉前移，遇到20bp重复性终止子序列（Ter）时，Ter-Tus复合物能阻挡复制叉的继续前移，等到相反方向的复制叉到达后在DNA拓扑异构酶IV的作用下使复制叉解体，释放子链DNA。

99冈崎片段与半不连续复制 由于DNA双螺旋的两条链是反向平行的，因此在复制叉附近解开的DNA链一条是5‘→3’方向，另一条是3‘→5’方向，两个模板极性不同而所有已知DNA聚合酶的合成方向都是5‘→3’，两条链无法同时进行复制为了解释DNA的等速复制现象，日本学者冈崎（Okazaki）等提出了DNA的半不连续复制（semidiscontinuous replication）模型1001、用3H脱氧胸苷短时间标记后提取DNA，得到不少平均长度为2-3kb DNA片段 2、用DNA连接酶温度敏感突变株进行实验，在连接酶不起作用的温度下，有大量小片段累积，说明复制过程中至少有一条链首先合成较短的片段，然后再生成大分子DNA 3、前导链的连续复制和滞后链的不连续复制在生物界是有普遍性的，因而称之为DNA的半不连续复制101102真核生物DNA的复制特点1、真核生物每条染色质上可以有多处复制起始点，而原核生物只有一个起始点 2、真核生物的染色体在全部完成复制之前，各个起始点上DNA的复制不能再开始，而在快速生长的原核生物中，复制起始点上可以连续开始新的DNA复制，表现为虽只有一个复制单元，但可有多个复制叉。

1033、真核生物DNA的复制子被称为ARS（autonomously replicating sequences），长约150bp左右，包括数个复制起始必需的保守区4、真核生物DNA复制叉的移动速度大约只有50bp/秒因此，人类DNA中每隔30,000-300,000bp就有一个复制起始位点1045、原核生物中只有三种DNA聚合酶，而真核细胞中有5种DNA聚合酶，分别称为DNA聚合酶α、β、γ、δ和ε 105 真核生物真核生物DNA聚合酶的特性比较聚合酶的特性比较性质性质DNA聚合酶聚合酶αDNA聚合酶聚合酶βDNA聚合酶聚合酶γDNA聚合酶聚合酶δDNA聚合酶聚合酶ε亚基数4122-3≥1在细胞内分布核内核内线粒体核内核内(?)功能DNA引物合成损伤修复线粒体DNA复制主要DNA复制酶DNA复制(?)3'→5'外切无无有有有5'→3'外切无无无无无106DNA聚合酶α主要参与引物合成DNA聚合酶β活性水平稳定，主要在DNA损伤的修复中起作用DNA聚合酶δ是主要负责DNA复制的酶DNA聚合酶ε的主要功能可能是在去掉RNA引物后把缺口补全107DNA复制的调控复制的调控 DNA链延伸的速度在同种生物的不同细胞中几乎是恒定的，只是复制叉的数量不同。

迅速分裂的细胞具较多的复制叉，而分裂缓慢的细胞复制叉较少并出现复制的间隙复制起始频率的直接调控因子是蛋白质和RNA108大肠杆菌染色体DNA的复制调控 复制起始不依赖于细胞分裂，而复制的终止则能引发细胞分裂 复制子中的起始物位点编码复制调节蛋白，复制起点则与调节蛋白相互作用并启动复制109真核细胞DNA的复制调控 真核细胞的生活周期可分为4个时期：G1、S、G2和M期G1是复制预备期，S为复制期，G2为有丝分裂准备期，M为有丝分裂期， DNA复制只发生在S期110真核细胞中真核细胞中DNA复制的调控：复制的调控： 1、细胞生活周期水平调控，也称为 限制 点调控，即决定细胞停留在G1期还是进入S期 2、染色体水平调控，决定不同染色体或同一染色体不同部位的复制子按一定顺序在S期起始复制，这种有序复制的机理还不清楚 3、复制子水平调控，决定复制的起始与否111第四节 DNA的损伤与修复、重组与转座 vDNA损伤与修复v重组与转座 v同源重组与位点特异性重组 v转座作用 v转座作用的分类和结构特征 v转座作用机制 v转座作用的遗传学效应 v真核生物的转座子112要点：lDNA损伤l错配修复、碱基切除修复、 核苷酸切除修复、DNA直接修复、 光复活、113114115116117DNA的修复 由于染色体DNA在生命过程中占有至高无上的地位，DNA复制的准确性以及DNA日常保养中的损伤修复就有着特别重要的意义。

118 大肠杆菌中大肠杆菌中DNA的修复系统的修复系统DNA修复系统修复系统功能功能错配修复恢复错配切除修复（碱基、核苷酸）切除突变的碱基和核苷酸片段，修复被破坏的DNADNA直接修复修复嘧啶二体或甲基化DNASOS系统DNA的修复，导致变异119错配修复（mismatch repair） 错配修复对DNA复制忠实性的贡献力达102-103，DNA子链中的错配几乎完全能被修正120121122 该系统识别母链的依据来自Dam甲基化酶，它能使位于5’ GATC序列中腺苷酸的N6位甲基化一旦复制叉通过复制起始位点，母链就会在开始DNA合成前的几秒种至几分钟内被甲基化123 只要两条DNA链上碱基配对出问题，错配修复系统就会根据“保存母链，修正子链”的原则，找出错误碱基所在的DNA链，并在对应于母链甲基化腺苷酸上游鸟苷酸的5’位置切开子链，再启动特定的修复途径，合成新的子链片段124 当错配碱基位于切口3’下游端时，在MutL-MutS、解链酶II、DNA外切酶VII或RecJ核酸酶的作用下从错配碱基3’下游端开始切除单链DNA直到错配位点，并在Pol III和SSB的作用下合成新的子链片段。

若错配碱基位于切口的5’上游端，则在DNA外切酶I或IX的作用下切除单链DNA直到错配位点，再合成新的子链片段 125碱基切除修复（Base-excision repair） 所有细胞中都带有能识别受损核酸位点的不同的糖苷水解酶，能特异性切除受损核苷酸上的N-β糖苷键，形成去嘌呤或去嘧啶位点，统称为AP位点 DNA分子中一旦产生了AP位点，内切酶就会把受损核苷酸的糖苷-磷酸键切开，移去AP位点附近小片段DNA，并由DNA聚合酶I和DNA连接酶共同完成修复126核苷酸切除修复（nucleotide-excision repair） 当DNA链上相应位置的核苷酸发生损伤，导致双链之间无法形成氢键，则由核苷酸切除修复系统负责修复127128 大肠杆菌（左）和人类细胞中的核苷酸切除修复过程示意图在原核生物中受核苷酸3’端的第5位，5’端的第8位磷酸糖苷分别被DNA切割酶切开在人类细胞中，受损伤核苷酸3’端第6位，5’端的第23位磷酸糖苷键分别被DNA切割酶切开129DNA的直接修复（direct repair） 生物体内还存在DNA损伤直接修复而并不需要切除碱基或核苷酸的机制。

DNA光解酶（photolyase）能把在光下或经紫外光照射形成的环丁烷胸腺嘧啶二体及6-4光化物（6-4-photoproduct）还原成为单体130131SOS反应 (SOS response)l是细胞受到损伤或复制系统受到抑制的紧急情况下，细胞为求生存而产生的一种应急措施lSOS反应包括诱导DNA损伤修复、诱变效应、细胞分裂的抑制以及溶原性细菌释放噬菌体等，细胞癌变也与SOS反应有关132要点：l同源重组、位点特异性重组l转座作用、转座子(Tn)、插入序列(IS)、复合式转座子、转座作用机制133134135 DNA的转座 DNA的转座，或称移位（transposition），是由可移位因子（transposable element）介导的遗传物质重排现象已经发现“转座”这一命名并不十分准确，因为转座有别于同源重组，它依赖于DNA的复制136转座子的分类和结构特征 转座子（transposon，Tn）是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位 最简单的转座子不含有任何宿主基因而常被称为插入序列（insertional sequence，IS），它们是细菌染色体或质粒DNA的正常组成部分。

一个细菌细胞常带有少于10个IS序列137 常见的IS序列都是很小的DNA片段（约1kb），末端具有倒置重复序列，转座时常复制宿主靶位点4～15bp的DNA形成正向重复区 大部分IS序列只有一个开放读码框，翻译起点紧挨着第一个倒置重复区，终止点位于第二个倒置重复区或附近 IS1含有两个分开的读码框，只有移码通读才能产生功能型转座酶138139140 复合式转座子（composite transposon）是一类带有某些抗药性基因（或其他宿主基因）的转座子，其两翼往往是两个相同或高度同源的IS序列 一旦形成复合转座子，IS序列就不能再单独移动，因为它们的功能被修饰了，只能作为复合体移动141 除了末端带有IS序列的复合转座子以外，还存在一些没有IS序列的、体积庞大的转座子（5 000bp以上）——TnA家族常带有3个基因，一个编码β-内酰胺酶（AmpR），另两个则是转座作用所必须的所有TnA类转座子两翼都带有38bp的倒置重复序列 142143144145转座作用的机制 转座发生时，受体分子中有一段很短的（3～12bp）、被称为靶序列的DNA会被复制，使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。

不同转座子的靶序列长度不同，但特定转座子所复制的靶序列长度是一样的IS1两翼总有9个碱基对的靶序列，而Tn3两端总有5bp的靶序列146 在复制性转座中，整个转座子被复制，所移动的仅仅是原转座子的拷贝转座酶（transposase）和解离酶（resolvase）分别作用于原始及复制转座子TnA类主要是这种形式 在非复制性转座中，原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位，IS序列、Mu及Tn5等都以这种方式进行转座147转座作用的遗传学效应(1)转座引起插入突变，导致结构基因失活2)转座产生新的基因3)转座产生的染色体畸变4)转座引起生物进化由于转座作用，使某些原来在染色体上相距 甚远的基因组合到一起，构建成新的表达单元，产生新的基因和蛋白质分子148。