实验六 蛋白质分析.doc

实验六实验六 蛋白质分析蛋白质分析目的要求 1． 掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2． 熟悉蛋白质基本性质分析； 3． 熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于 motif、 结构 位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4． 了解蛋白质结构预测实验内容 1. 使用 Entrez 和 SRS 信息查询系统检索细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质 序列； 2. 使用 BioEdit 软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水 性等基本性质分析； 3. 对细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列进行基于 NCBI/Blast 软件的蛋白 质同源性分析； 4. 对细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列进行 motif 结构分析； 5. 对细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测实验操作 1. 细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的检索： (1) 调用 Internet 浏览器并在其地址栏输入 Entrez 网址 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez) (2) 在 Search 后的选择栏中选择 protein (3) 在输入栏输入 CYP3A4，Homo sapiens (4) 点击 go 后显示序列接受号及序列名称 (5) 点击序列接受号NP_059488后显示序列详细信息 (6) 将序列转为 FASTA 格式保存2. 使用 BioEdit 软件对细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列进行分子质量、 氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： (1) 打开 BioEdit 软件→将细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的 FASTA 格 式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击 sequence 栏 →选择 protein→点击 Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨 基酸组成； (2) 或者选择 protein 后，点击 Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查 看该蛋白质分子疏水性水平；3. 细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的蛋白质同源性分析： （1）进入 NCBI/Blast 网页 （2）选择 Protein-protein BLAST (blastp) （3）将 FASTA 格式序列贴入输入栏 （4）点击 BLAST（5）查看与之同源的蛋白质4. 细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的 motif 结构分析： （1）进入 http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan 网页 （2）将细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏 （3）点击 Scan （4）查看分析结果（注意 Prosite Profile 中的 motif information）5. 细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的二级结构预测： （1）进入 HTTP://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/submit_def.html 网页 （2）在 You can 栏点击 default （3）填写 email 地址和序列名称 （4）将细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏 点击 Submit （5）从 email 信箱查看分析结果6. 细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的三维结构预测： （1）进入 http://swissmodel.expasy.org/ （SwissModel First Approach Mode）网 页 （2）填写 email 地址、姓名和序列名称 （3）将细胞色素 P450（CYP3A4）蛋白质序列的 FASTA 格式序列贴入输入栏 （4）点击 Send Request （5）从 email 信箱查看分析结果（注：需下载软件查看三维图象）。