微生物学名词解释-第4篇.docx

    微生物学名词解释    绪论微生物分类学microbial tasonomy 研究微生物分类理论和技术方法的学科称为微生物分类学分类classification 分类是根据一定的原则（表型特征相似性或系统发育相关性）对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定命名nomenclature 命名是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称鉴定identification 指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位微生物所应归属分类群的过程分类单元taxon, 复数taxa 是指具体的分类群，如原核生物界（Procaryotae）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）等都分别代表一个分类单元种species 种是生物分类中基本的分类单元和分类等级微生物的种可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别属g enus 是介于种（或亚种）与科之间的分类等级，也是生物分类中的基本分类单元。

通常是把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之属居群population 是指一定空间中同种个体的总和每一个物种早自然界中的存在，都有一定的空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元，这些群体单元就称居群亚种subspecies, subsp., ssp. 当某一工人种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元称为亚种亚种是正式分类单元中地位最低的分类等级变种variety 变种是亚种的同义词在《国际细菌命名法规》（1976年修订本）发表以前，变种是种的亚等级，因“变种”一词易引起词义上的混淆，1976年后，细菌种的亚等级一律采用亚种，而不再使用变种新种species nova, sp. nov, nov sp. 新种是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物型type 常指亚种以下的细分当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型菌株strain 从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。

菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体菌型form 曾用做菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的后缀如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变异型Pathovar菌群group 指两种微生物及介于它们之间的一些过度类型的菌种，具有某些共同性状如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠杆菌及它们之间的过度类型俗名common name俗名是一个国家或地区使用的普通名称其优点是在一定的区域内通俗易懂便于记忆，但局限性是不便于国际间的交流学名scientific name 国际上统一使用的名称称为学名，用以确保生物名词的统一性、科学性和实用性双名法binominal nomenclature 双名法指种的学名由属名和种名加词两部分组合而成第一个词为属名，首字母要大写；第二个词为种名加词，常用形容词（要于属名性别一致），也可以用人名、地名、病名或其他名词（名词用主格或所属格形式），种名加词首字母不大写三名法t rinominal nomenclature 当某种微生物是一个亚种时，学名就应按三名法拼写，即由属名、种名加词和亚种名加词构成。

例如：Alcaligenes denitrificans subsp. Xylosoxydans（反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种）属名generic name 是一个表示微生物主要特征的名词或用作名词的形容词，单数，第一个字母应大写其词源可来自拉丁词、希腊词或其它拉丁化的外来词，也有以组合的方式拼成种名加词, 种加词specific epithet 它代表一个物种的次要特征其词源由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来词组成字首一律小写可由形容词或名词组成，如果是形容词，要求其行与属名一致，如Staphylococcus aureus（金黄色葡萄球菌）中，属名与种的加词均为阳性词系统发育树, 系统树phylogenetic tree 在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分枝的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分枝的图形被称为系统发育树，简称系统树分子系统树molecular phylogenetic tree 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统数称为分子系统树结node 在系统发育数的图形中，分枝的末端和分枝的连接点称为结，代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类无根树unrooted tree 是系统发育树的一种形式，只是简单表示生物类群之间的系统发育关系，并不反映进化途径。

有根树rooted tree 是系统发育树的一种形式，不仅表示生物类群之间的亲疏，而且反映出它们有共同的起源及进化方向最节省分析法, 简约法parsimony analysis 它是计算机分析系统发育相关性构建系统树时，最常采用的一种方法这种方法推断谱系的原则是：在所有可能的谱系关系中，涉及进化改变的序列特征数最少的谱系是最可信的域Domain是一个比界（Kingdom）更高的界级分类单元，过去曾称原界（Urkingdom）三域学说Three Domains Theory 20世纪70年代末由于美国伊利诺斯大学C．R．Woose等人对大量微生物和其它生物进行16S和18S rRNA寡核苷酸测序,并比较其同源性水平后,提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说三域Three Domains三域指的是细菌域（Bacteria，以前称“真细菌域”Eubacteria）、古生菌域（Archaea，以前称“古细菌域”Archaebacteria）和真核生物域（Eukarya）模式（或典型）菌株type strain 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据。

种和亚种所指定的称为模式（或典型）菌株模式种type species 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据亚属和属所指定的称为模式种模式属type genus 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式作为该分类单元命名的依据属以上至目级分类单元所指定的称为模式属伯杰氏系统细菌学手册Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 从1984年至1989年分四卷出版了《伯杰氏系统细菌学手册》第一卷包括革兰氏阴性细菌，第二卷包括革兰氏阳性细菌，第三卷包括一部分革兰氏阳性细菌、古生菌和蓝细菌，第四卷包放线菌伯杰氏鉴定细菌学手册Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology 最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰（D. Bergey）（1860-1937）及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》该书自1923年问世以来，以进行过8次修订，现已发行第九版DNA-DNA同源性DNA-DNA homology 通常以同源%表示，代表整个基因组中DNA碱基序列相似性的平均值。

各菌株DNA的同源性在70%以上属于种的水平，即属于同一个种在20-70%之间则属于一个属内不同的种DNA-rRNA同源性DNA-rRNA homology 用来确定种以上或更高层次分类单元微生物间的亲缘关系G+C）mol% 值guanine plus cytosine base mole percent 它表示DNA分子中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值，即（G+C）mol%= G+C/A+T+G+C×100%热变性温度或熔解温度Tm melting temperature DNA的热变性过程（即增色效应的出现）是在一个狭窄的范围内发生的，紫外吸收增加的中点值所对应的温度称为该DNA的热变性温度或熔解温度核酸分子杂交法hybridization of nucleic acids 按碱基的互补配对原理，用人工方法对两条不同来源的单链核酸进行复性，以构建新的杂合双链核酸的技术，称为核酸分子杂交法此法可用于DNA-DNA、DNA-rRNA和rRNA-rRNA分子间的杂交核酸分子杂交法是测定核酸分子同源程度和不同物种间亲缘关系的有效手段核酸探针nucleic acids probe 指能识别特异核苷酸序列的、带标记的一段单链DNA或RNA分子rRNA寡核苷酸编目分析rRNA oligonucleotide catalog analysis 一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。

遗传特征分类法genetic taxonomy 指根据核酸分析得到的遗传相关性所做的分类它是一种最客观和可信度最高的分类方法化学分类法chemotaxonomy 是应用电泳、色谱和质谱等分析技术来分析比较不同微生物细胞组分、代谢产物的组成等而进行分类的方法数值分类法numerical taxonomy 是根据数值分析，借助计算机将拟分类的微生物按其性状的相似程度归类的方法限制性片段长度多肽性restriction fragment length polymorphism, RFLP 提取不同微生物菌种的总DNA，然后用限制性内切酶进行酶切，再进行琼脂糖凝胶电泳，分离和比较酶切片段的长度和多样性由于亲缘关系不同的微生物菌种其DNA的核苷酸序列不同，存在的限制性内切酶酶切位点也不同，所以被切成不同数目和长度的DNA片段，比较这些片段的酶切图谱即可判断微生物之间彼此的亲缘关系核酸分型ribotyping methods 是将复杂的DNA酶切片段转移到膜上，和标记的探针进行杂交，比较杂交片段随机扩增多肽性DNA random amplified DNA, RAPD 以基因组总DNA为模板，运用任意序列的上百种非特异引物，在非严格条件下进行PCR扩增，由于不同物种的基因组中与同一组引物相匹配的碱基序列的空间位置和数目可能不同，所以扩增产物的大小和数量也有可能不同。

通过凝胶电泳比较这些差异即可分析两个或多个基因组间的亲缘关系脉冲电场凝胶电泳pulsed firld gel electrophoresis, PFGE 可以在琼脂糖凝胶中分离完整酵母菌染色体或染色体DNA大片段，从而估测酵母细胞染色体数目及其大小16SrRNA寡核苷酸分类目录16SrRNA oligonucleotide catalog 即16SrRNA寡核苷酸序列分析比较现在被共认为是生物进化的合适方法SAB相关系数associated coefficient SAB=2NAB/NA+NB式中NAB是A、B两被测菌株所共有的“单词“中的”字母“数，而NA和NB则是两个菌株分别具有的“单词“中的”字母“数根据SAB 值进行数值分析后，就可推知其间的亲缘关系Ssm 简单匹配相关系数, simple matching coefficient Ssm是数值分类法中计算两菌株间的相关系数的一种计算方式SSM=a+d/a+b+c+d，式中a为两菌株均呈正反应的性状数，b为菌株。