Diamond基础操作指南.docx

精品Diamond 根底操作手册Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体构造可视化软件Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体构造数据冗长的工作，不仅适用于争论和教学，同时也可以应用与出版和作报告1.协作物分子构造的绘制(1) 双击 diamond 快捷方式，进入主程序翻开数据.cif 文件，程序将消灭一系列对话框，可始终点击“下一步〞，知道有“完成〞消灭，点击“完成〞，如再有对话框消灭仍点击“完成〞，程序进入构造图编辑页面可编辑-精品(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，消灭键长对话框，将不行能成键的原子组去掉〔如Cd-C Cd-H〕，并依据键长范围设定原子组，如以以下图Cd-O 键最大值约在 2.7，所以将计算机默认值由 2.880 改为 2.7003) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上消灭该协作物一个不对称单元中的原子〔未键连〕可编辑-精品(4) 在 Build 菜单中找到 Filter，单击消灭对话框，在该对话框中，原子前假设挑钩那么表示其在屏幕中会正常显示出来假设不挑钩那么表示该原子被过滤掉，将不显示出来在协作物的构造图中一般 H 原子不需要显示出来，所以我们将 H 原子的钩去掉。

5) 配位环境图的绘制选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连-可编辑-精品接起来由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的全局部子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮假设对于程序直接给出的原子标号字体大小不满足，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进展设定留意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要依据该原子的对称操作符号〔与.txt 文件中的对称操作对应〕给出相应的对称操作记号如 N2 的对称操作为 x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操作码符号为#1，那么该原子在标注时为 N2A6) 原子颜色与键长的修改，在 picture 菜单下的 Atom Design 和 Bond Design 选项可编辑-精品(7) 在画协作物的高维构造图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使协作物骨架不断生长，为防止程序反响过慢，请将屏幕下方的 Representation settings 中的 Rendering 前的对钩去掉可编辑-精品(8) 将(7)中无序的平面图依据确定的排列规那么裁剪出来。

〔使用鼠标左键选择与键盘 Delete 键协作〕其中坐标系与文字说明局部可分别通过双击翻开相应对话框进展编辑10) 使用图像旋转移动按钮，将协作物骨架图调整到易于观看的方向可编辑-精品(11) 选择 File 菜单下的 save as 保存图片留意：需要同时通过 save structure as 和 save graphics as 保存 diamond 和 gif 两种格式的文件可编辑-。