计算ECD操作方法ppt课件.ppt

有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境量子计算ECD操作方法有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境计算步骤： 初始构象（NOESY, 单晶结构, Chemdraw优化） Sybyl2.0 Random research 结构优化（量子计算） 能量计算（ECD光谱） 图谱拟合（波兹曼能量分布公式）有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境初始构象 化合物PBAB-8 NOESY（ROESY）：重要的相关信号 参考类似化合物单晶结构 Chemdraw优化类似化合物单晶结构化合物结构有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Chemdraw优化构型导入Chem 3D 1、先在chemdraw里画好结构，并确定好构型。

另存为mol 格式2、将mol 格式导入到Chem 3D里如果导入之后构型没有发生变化，则直接进行能量最小化操作；若导入之后构型发生了变化，选中那个需要改变的手性碳，然后使用structure里的invert功能，变成想要的构型3、能量最小化操作有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Chemdraw优化构型导入Chem 3D后 invert structure有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Chemdraw优化能量最小化有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Chemdraw优化能量最小化1、如上张幻灯片进行参数设置，然后点击 run 2、待能量最小化结束之后，另存为sybyl2(* mol 2)格式有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境。

Sybyl2.0 Random research 文件导入Fileimport filemol 2格式OK注意使用英文的文件夹，要不然显示乱码 Random research 参数设置注意jobname是自动生成的文件夹，需要更改 结果分析8有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境Sybyl2.0 Random research Search 之后，会自动在电脑的C盘用户中生成mdb文件（文件名为之前设置的jobname名字），mdb文件夹里生成很多构象的mol2 格式的文件 Search 之后，会自动在电脑的C盘用户中生成tbl文件（文件名为之前设置的jobname名字），tbl文件在后面的结果分析analyze search中会用到有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境。

结果分析 结果分析，打开tbl文件有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 结果分析 tbl文件打开之后按能量排序有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 结果分析使用chem 3D软件1、根据能量由小到大排序，从能量小的开始逐个检查（用chem 3D软件将mdb文件夹里的mol2结构打开），扣除不符合最初导入构型的构象然后再看下能量差值，选择那些能量最小能量+6的构象，但是如果构象不是很多 ，可以把能量大于6的也加进去2、利用NOESY相关关系，特别是一些远程相关信号，排除一些不符合NOESY相关关系的构型3、将符合最初导入构型的构象另存为Gaussian Input（*gjf）格式gjf文件放在mdb文件夹里有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 结构优化 能量计算量子计算1、结构优化 打开gaussian view软件，打开gjf文件。

CalculateGaussian calculation setup参数设置按下面ppt设置有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境参数设置有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境Job Title里要有opt有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 “%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决定的 北医计算机的一个节点能够承受的“%nproc=”的总数为7有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Additional Keywords不填任何信息，保留空白。

参数设置完成之后，点击editsave overwrite it 保存完之后，再打开此gjf文件参数可能会更改，所以保存完之后不要再打开 如果需要打开修改，一定要注意有些参数有没有改变有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境将存储路径：C:UsersAdministratorCD-4.mdb 删除最终提交格式：%chk=CD-400016-opt.chk有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 北医计算机结构优化按照1-7的步骤进行有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 北医计算机结构优化有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 北医计算机结构优化有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境。

北医计算机结构优化最后生成的log文件一定要有normal提示，否则的话重新计算有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境2、能量计算1、将北医拷贝回来的log文件用gaussianview软件打开，然后点击filesave保存为gjf文件2、再CalculateGaussian calculation setup参数设置按下面ppt设置有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境2、能量计算有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境 Additional Keywords不填任何信息，保留空白 Title、Link 0、Solvation的设置跟前面结构优化时参数规则一致有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境。

3、图谱拟合使用gaussVieW软件打开能量计算后的log文件，将E值写在excel中有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境图谱拟合（波兹曼能量分布公式）G = -RT In K; K=exp (-G/R/T)G627.5095(kcal/mol); R=0.0019858955; T=298.15K所有K值相加，取比例在0.01以上的有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境用此软件打开最后能量计算得到的log文件30有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境有利于学习和创新的组织管理机制，创造充满活力的创新激励机制，以市场为导向，以顾客价值追求为中心的企业文化氛围，依赖既开放又相互信任的合作环境。

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