张桂香全国畜牧兽医总站畜草中心.ppt

张桂香张桂香 全国畜牧兽医总站畜草中心全国畜牧兽医总站畜草中心 2005.11.15我国地方猪种我国地方猪种遗传距离测定分析遗传距离测定分析NCAF主主 要要 内内 容容 项目简介项目简介 项目项目立项背景立项背景 技术方案与实施技术方案与实施 项目主要项目主要研究成果研究成果NCAF 项项 目目 简简 介介NCAF 简简 介介¤农业部农牧渔业种质资源保存利用项目农业部农牧渔业种质资源保存利用项目¤样品采集涉及全国样品采集涉及全国21个省（市、自治区）个省（市、自治区）80多个多个乡、镇的保种场和保护区，参加品种资料收集、乡、镇的保种场和保护区，参加品种资料收集、调查工作的单位达调查工作的单位达25个，参加人员近个，参加人员近200人人NCAF立立 项项 背背 景景NCAF 立立 项项 背背 景景¤生物多样性的保护和利用是当今人类环境与发展领域生物多样性的保护和利用是当今人类环境与发展领域的中心议题，而遗传多样性又是生物多样性中与人类的中心议题，而遗传多样性又是生物多样性中与人类关系最密切的组成部分关系最密切的组成部分 ¤我国拥有丰富的地方猪种遗传资源，但与发达国家相我国拥有丰富的地方猪种遗传资源，但与发达国家相比对地方猪种的遗传特性研究得不够深入，而且近年比对地方猪种的遗传特性研究得不够深入，而且近年来地方猪种遗传多样性呈现出日益贫乏的不良迹象来地方猪种遗传多样性呈现出日益贫乏的不良迹象 ¤我国地方猪品种间普遍存在着同种异名、同名异种等我国地方猪品种间普遍存在着同种异名、同名异种等问题，造成保种效率低，保种进程缓慢问题，造成保种效率低，保种进程缓慢NCAF 立立 项项 目目 的的¤保种工作的发展，主要依靠对品种遗传特性的深入研保种工作的发展，主要依靠对品种遗传特性的深入研究。

没有研究，就不能发掘潜在的宝贵遗传特性，保究没有研究，就不能发掘潜在的宝贵遗传特性，保种工作就是消极的，没有意义的种工作就是消极的，没有意义的¤借助现代分子生物学技术，研究地方猪品种的遗传特借助现代分子生物学技术，研究地方猪品种的遗传特性和彼此间的亲缘关系，从保护遗传多样性的角度来性和彼此间的亲缘关系，从保护遗传多样性的角度来保护和利用地方品种，为国家制订有效的种质资源保保护和利用地方品种，为国家制订有效的种质资源保护利用策略提供科学依据护利用策略提供科学依据 NCAF技术方案与实施技术方案与实施NCAF 技技 术术 方方 案案¤遗传距离–用基因频率的函数表示的群体间遗传差异用基因频率的函数表示的群体间遗传差异–分析群体之间的遗传结构、确定品种（群体）分析群体之间的遗传结构、确定品种（群体）间亲缘关系远近间亲缘关系远近–所用基因座位通常都是不受自然和人工选择压所用基因座位通常都是不受自然和人工选择压力的座位力的座位(May, 1990)–为畜禽品种资源的保存利用提供了客观标准为畜禽品种资源的保存利用提供了客观标准NCAF 技技 术术 方方 案案¤研究群体–以以《《中国猪品种志中国猪品种志》》(1986)中收录的地方猪种作为中收录的地方猪种作为研究的主要对象，这些品种具备中国猪种的典型特研究的主要对象，这些品种具备中国猪种的典型特征，可较全面地包含中国地方猪种的遗传特性征，可较全面地包含中国地方猪种的遗传特性NCAF 技技 术术 方方 案案¤品种选择品种选择–依据依据《《中国猪品种志中国猪品种志》》所列品种，部分名称已所列品种，部分名称已经合并的品种按照合并前的名称采集，同时收经合并的品种按照合并前的名称采集，同时收集集3个外源品种作为对照个外源品种作为对照¤采样原则采样原则–随机抽样与典型群抽样相结合，每随机抽样与典型群抽样相结合，每品种品种数量数量60头，公猪不少于头，公猪不少于10%NCAF全国全国21个省（市、自治区、直辖市）样品采集地点分布示意图个省（市、自治区、直辖市）样品采集地点分布示意图表示地方猪种的采样地点表示地方猪种的采样地点表示外源猪种的采样地点表示外源猪种的采样地点NCAF 技技 术术 方方 案案¤微卫星和血液蛋白多态性研究在探讨品种遗传变异微卫星和血液蛋白多态性研究在探讨品种遗传变异及亲缘关系等方面具有重要的应用价值及亲缘关系等方面具有重要的应用价值¤微卫星标记研究，采用微卫星标记研究，采用FAO-ISAG推荐的推荐的27对微卫星对微卫星DNA引物，使研究结果具有全球通用性和可比性引物，使研究结果具有全球通用性和可比性¤选用多态性较为丰富的选用多态性较为丰富的8个血液蛋白基因座位，作为个血液蛋白基因座位，作为微卫星微卫星DNA多态性研究的补充多态性研究的补充NCAF 技技 术术 方方 案案¤ 微卫星简介–也叫做简单重复序列也叫做简单重复序列–呈共显性遗传呈共显性遗传–由核心序列和侧翼序列构成由核心序列和侧翼序列构成–FAO-ISAG将其推荐为评估畜禽遗传多样性的将其推荐为评估畜禽遗传多样性的首选分子标记首选分子标记NCAF 技技 术术 方方 案案¤微卫星等位基因分型 片段片段A：：– GAGAT – (AC)n – TCTAG – 片段片段B：：– GAGAT – (AC)m – TCTAG – 片段片段C：：– GAGAT – (AC)k – TCTAG – …... …...NCAF27个猪微卫星座位名称个猪微卫星座位名称(FAO-ISAG)及所在染色体位置及所在染色体位置NCAF蛋白质多态性检测座位蛋白质多态性检测座位NCAF¤ 数据统计分析数据统计分析–等位基因频率等位基因频率 (GenePop，，Version3.1)–遗传杂合度、多态信息含量遗传杂合度、多态信息含量–遗传距离（遗传距离（Dispan, 1993, DA和和DS））–聚类分析（聚类分析（UPGMA和和NJ法）法） 技技 术术 方方 案案NCAF主要研究成果主要研究成果NCAF 主要研究成果主要研究成果¤完成完成26个微卫星和个微卫星和8个血液蛋白基因座位的多态性个血液蛋白基因座位的多态性研究，建立了一套完善的分子标记检测技术研究，建立了一套完善的分子标记检测技术¤通过对品种内和品种间遗传变异的分析，初步建通过对品种内和品种间遗传变异的分析，初步建立了立了60个猪品种的微卫星个猪品种的微卫星DNA标记和血液蛋白多标记和血液蛋白多态性的资料数据库态性的资料数据库NCAF 主要研究成果主要研究成果¤血清蛋白多态性的遗传变异血清蛋白多态性的遗传变异–中国地方猪种的中国地方猪种的 8个血清蛋白座位均具有多个血清蛋白座位均具有多态性，分别受态性，分别受2~7个等位基因调控，并且具个等位基因调控，并且具有一定的品种特征有一定的品种特征NCAF 部分血液蛋白基因座的电泳模拟图部分血液蛋白基因座的电泳模拟图NCAF 主要研究成果主要研究成果¤微卫星多态性的遗传变异微卫星多态性的遗传变异– 地方猪种的等位基因数量非常丰富地方猪种的等位基因数量非常丰富– 3个引进猪种与地方猪种的遗传距离很大个引进猪种与地方猪种的遗传距离很大– 海海南南猪猪和和五五指指山山猪猪有有着着最最小小的的遗遗传传距距离离。

最最大大的的遗遗传传距距离离出出现现于于滨滨湖湖猪猪与与小小梅梅山山猪猪之之间间江江苏苏的的7个个猪猪种种之之间间和和湖湖南南的的5个个猪猪种种之之间间的的遗遗传传距离较小距离较小NCAF部分微卫星座位的电泳分型图谱部分微卫星座位的电泳分型图谱IGF1 玉山黑猪玉山黑猪NCAF金华猪金华猪部分微卫星座位的电泳分型图谱部分微卫星座位的电泳分型图谱NCAF部分微卫星座位的电泳分型图谱部分微卫星座位的电泳分型图谱NCAF部分微卫星座位的电泳分型图谱部分微卫星座位的电泳分型图谱NCAF部分微卫星座位的电泳分型图谱部分微卫星座位的电泳分型图谱NCAF微卫星标记的微卫星标记的DA/NJ聚类图聚类图NCAF 主要研究成果主要研究成果¤57个地方猪种在所研究的微卫星座位上具有个地方猪种在所研究的微卫星座位上具有61个个特有等位基因和特有等位基因和258个优势等位基因以及一部分血个优势等位基因以及一部分血液蛋白座位的优势等位基因，根据这些等位基因液蛋白座位的优势等位基因，根据这些等位基因及其组合，结合生物统计学方法可以开展地方猪及其组合，结合生物统计学方法可以开展地方猪种的种质鉴别工作种的种质鉴别工作NCAF 主要研究成果主要研究成果¤具有特有等位基因和具有特有等位基因和/或优势等位基因的典型品种是或优势等位基因的典型品种是(括号里的数字分别是等位基因及频率括号里的数字分别是等位基因及频率)：：–民猪的民猪的SW24(91:0.08)、、SW240(110:0.81)、、SW72(100:0.54)–东山猪的东山猪的S0228(276:0.06)、、SW951(125:0.97)、、S0002(198:0.50)–莱芜猪的莱芜猪的S0227(272:0.14)、、Hpx3(0.5508)–河套大耳猪的河套大耳猪的SW632(187:0.06)、、Hpx1(0.8113)、、 Hpx4(0.1038)–阳新猪的阳新猪的Hpx2(0.9677)–马身猪的马身猪的Hpx1F(0.6949)、、Hpx2(0.2373)–金华猪的金华猪的Hpx2F(0.0648)等品种等品种NCAF 主要研究成果主要研究成果¤本研究结果与其他研究结果的相同点本研究结果与其他研究结果的相同点：：–中梅山猪、小梅山猪之间，米猪与二花脸猪、中梅山猪、小梅山猪之间，米猪与二花脸猪、沙乌头猪之间的亲缘关系很近，这与历史记沙乌头猪之间的亲缘关系很近，这与历史记载相吻合载相吻合–江西省的地方猪种间差别很大，本研究支持江西省的地方猪种间差别很大，本研究支持2001年年《《江西畜禽品种志江西畜禽品种志》》的观点，认为东的观点，认为东乡猪与乐平猪的亲缘关系较远乡猪与乐平猪的亲缘关系较远NCAF 主要研究成果主要研究成果¤本研究结果与其他研究结果的相同点本研究结果与其他研究结果的相同点–通城猪、清平猪之间的亲缘关系较近，同为江海型通城猪、清平猪之间的亲缘关系较近，同为江海型的阳新猪和二花脸猪相距甚远，这与樊彬等的阳新猪和二花脸猪相距甚远，这与樊彬等（（1999）的结论基本一致）的结论基本一致–在猪品种志中，云南的富源大河猪和贵州的柯乐猪在猪品种志中，云南的富源大河猪和贵州的柯乐猪被划为一个品种被划为一个品种—乌金猪，在本研究中，二者的亲乌金猪，在本研究中，二者的亲缘关系也非常近缘关系也非常近–湖南省的湖南省的5个猪品种之间的亲缘关系较近，这与陶个猪品种之间的亲缘关系较近，这与陶钧（钧（1992）等研究结果基本相同）等研究结果基本相同NCAF 主主 要要 建建 议议¤对比品种志的结论，本项目提出了存在同名异种、同对比品种志的结论，本项目提出了存在同名异种、同种异名的品种，确定的依据是种异名的品种，确定的依据是Bootstrap抽样检验的可抽样检验的可靠程度以及品种表现特性的差异靠程度以及品种表现特性的差异 ¤这些猪品种是：这些猪品种是：–嘉兴黑猪应从太湖猪中划分出来嘉兴黑猪应从太湖猪中划分出来–东乡猪与乐平猪是不同品种东乡猪与乐平猪是不同品种–鄂西黑猪与盆周山地猪是不同品种鄂西黑猪与盆周山地猪是不同品种–东山猪从华中两头乌中分离出来东山猪从华中两头乌中分离出来–河套大耳猪、淮南猪、莱芜猪和马身猪合称为黄淮海黑河套大耳猪、淮南猪、莱芜猪和马身猪合称为黄淮海黑猪不妥，它们是不同的品种猪不妥，它们是不同的品种–富源大河猪和柯乐猪可以合称为一个品种富源大河猪和柯乐猪可以合称为一个品种—乌金猪乌金猪–二花脸猪、中梅山猪、小梅山猪、米猪、沙乌头猪可以二花脸猪、中梅山猪、小梅山猪、米猪、沙乌头猪可以合称为太湖猪合称为太湖猪NCAFNCAF。