维持蛋白质结构的作用力.ppt
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第二章：维持蛋白质结构的相互作用力第二章：维持蛋白质结构的相互作用力 一、共价相互作用一、共价相互作用：：（（二硫键）二硫键） 二硫键在胞外蛋白和胞内蛋白中的功能二硫键在胞外蛋白和胞内蛋白中的功能 二硫桥作为蛋白质结构花样的组成部分二硫桥作为蛋白质结构花样的组成部分 蛋白质结构中原子间的相互作用可分为两类：蛋白质结构中原子间的相互作用可分为两类：共价相互作用和非共价相互作用共价相互作用和非共价相互作用 二硫键(-S-S-)又称作二硫桥或硫硫键：是指两个硫原子之间形成的化学键其键能很大大约为30~100Kcal/mol 因此是一种很强的化学键它可以把不同的肽链或同一肽链的不同部分连接起来对稳定蛋白质的构象起着重要的作用二硫键的形成：在细胞外大多数二硫键的形成是自发地， 而在细胞内它需要细胞膜上的酶系统来将二硫键引入蛋白质因为现代的细胞是依靠很强的还原环境所维持的，例如5mM的还原谷胱甘肽和0.01mM 的氧化谷胱甘肽，在这样的条件下蛋白质中二硫键的形成就不是自发的了 二硫键在胞外蛋白中的功能：在胞外蛋白中二硫键决定了胞外蛋白的机械性质例如：角蛋白 蛇毒毒素蛋白和其它的毒素蛋白多肽激素消化酶免疫球蛋白溶菌酶以及牛奶蛋白等，在这些蛋白质中二硫键的作用对于结构的稳定Schematic models of an antibody molecule and a Fab fragment 二硫键在胞内蛋白中的功能：二硫键决定了胞内蛋白的化学性质新合成的蛋白很少具有二硫键，通常胞内蛋白中的二硫键只与功能性相关而与结构稳定无关 Thirodoxin systemScheme of electron flow in the thioredoxin system. Electrons from NADPH are used to reduce thioredoxin reductase (TrxR) (a NADPH-dependent flavoprotein), which in turn reduces thioredoxin (Trx). Reduced thioredoxin is able to reduce disulfide bonds in a wide array of protein substrates. 还原状态氧化状态Thioredoxin in yeastBao et al. Thioredoxin reductase in yeastZhang et al. Complex of Trx and Trr in Lennon et al. , Science 2000 The pseudodimer of Trx2 in yeast. the active site of one monomer is exposed to the solvent, the other iscovered by its neighborDimer of human Trx1. a disulfide bond that involves an extra cysteine(C72) on a loop close to the active site holds the dimer togetherThe protection of the active site by a dimer conformation maybe favorite along evolution. 二、非共价相互作用二、非共价相互作用 蛋白质的空间结构主要是由非共价相互作用蛋白质的空间结构主要是由非共价相互作用所维系的。
弱的相互作用力使得非共价键易于断所维系的弱的相互作用力使得非共价键易于断裂，使蛋白质分子具有柔性裂，使蛋白质分子具有柔性 主要非共价相互作用力:范得华相互作用, 静电相互作用, 疏水相互作用, 氢键和盐键等 类类 型型 键键 能能(Kcal/mol) 色散力色散力 －C－H……H―C― -0.03 静电相互作用静电相互作用 －COO……H3 N－ -5 C=O……O=C +0.3 氢氢 键键 C－H……O -4 N－H……O= -3 疏水相互作用疏水相互作用 + + － － 蛋白质结构中的非共价相互作用蛋白质结构中的非共价相互作用 1 1、范得华相互作用、范得华相互作用: :原子间以及被化学键所饱和的分子间存在着弱的相互吸引力① ① 极性基团偶极矩之间的静电力（葛生力极性基团偶极矩之间的静电力（葛生力KeesonKeeson）；）； ② ② 诱导力诱导力(Debye(Debye力力) )；；③ ③ 色散力（色散力（LondonLondon力） 三种范得华相互作用中，色散力是占主要地位的相三种范得华相互作用中，色散力是占主要地位的相互作用力。
互作用力 色散力London 力:非极性分子中的原子和分子的原点振动引起的, 动态极化可使在某一瞬间电子云的重心偏离核正电荷的中心使得非极性分子产生瞬间偶极矩此瞬间偶极矩将在邻近分子中诱导出偶极矩这种瞬间偶极矩与诱导偶极矩的相互作用力称作色散力范得华相互作用可用Lennard-Jones 势函数表达:E = A/R12 - B/R6 = Em * [-(Rm/R)12 + 2 (Rm/R)6]Em = B2/4A; Rm = Ö(2A/B) ; A=4es12; B=4es6;R: 两原子间距离 e: 势阱深度 s: 势能为0 处的原子间距离当两个原子或分子相距较远时范得华引力较明显而当它们彼此接近达到一定距离时开始出现排斥若进一步接近则表现出很强的排斥力 原原 子子共价键类型共价键类型范得华半径范得华半径( (Å) ) 氢氢1.00 双键双键1.60 碳碳芳香环芳香环1.70酰胺酰胺1.50氧氧1.35 氮氮芳香环芳香环1.70硫硫酰胺酰胺1.45蛋白质分子中的原子范得华半径蛋白质分子中的原子范得华半径 范得华力的距离常用范得华半径来表示两个原子间的范得华距离近似地为两原子间的接触距离 2、静电相互作用、静电相互作用:因为分子中不同类型的原子形成共价键时成键电子的分布是不对称的因此分子中大多数的原子都带有部分电荷另外蛋白质分子中极性, 氨基酸的侧链也带有部分电荷 蛋白质的静电相互作用可分为蛋白质的静电相互作用可分为蛋白质分子内部蛋白质分子内部的静电的静电相互作用和相互作用和蛋白质分子外部与周围环境蛋白质分子外部与周围环境即溶剂的静电相互即溶剂的静电相互作用。
作用 研究蛋白质及其周围的溶剂环境有两种模型：微观模研究蛋白质及其周围的溶剂环境有两种模型：微观模型和宏观模型型和宏观模型 计算静电相互作用基本方程为计算静电相互作用基本方程为Poisson方程：方程：V2 (r) = -4 (r), (r)：位置函数；：位置函数； (r)：电荷密度电荷密度 3 3、氢键、氢键: :氢键是通过氢原子参与成键的特殊形式的化学键当当一一个个电电负负性性较较强强的的原原子子与与氢氢键键合合后后，，继继续续与与另另一个电负性较强的原子键合：一个电负性较强的原子键合：X －－－－H ＋＋......Y －－氢键是稳定蛋白质二级结构的主要因素氢键是稳定蛋白质二级结构的主要因素 氢键的本质是X H 之间为极性的共价结合电负性较强的X 原子将氢原子的电子云拉向自己一方使X H 变为偶极元，从而使X 原子带有部分负电荷，而氢原子则带有部分正电荷当带有部分正电荷的H 和具有孤电子对电负性较强的Y 原子接近时它们之间存在着静电引力于是便形成了带部分共价键性质的氢键氢键的键能一般为 -3 ~ -6Kcal/mol， 介于范得华力和共价键之间，这样的能量表明氢键既有足够的稳定性，提供显著的结合能，又可以迅速解离 氢氢 键键 类类 型型供体－受体的距离供体－受体的距离―O―H O2.8±0.1―O―H O＝C2.8±0.1 N－H O＝C 2.9±0.1N－H O－ 2.9±0.1N－H N 3.1±0.2N－H S3.7蛋白质分子中的氢键蛋白质分子中的氢键 4、疏水相互作用、疏水相互作用 ：： 疏水相互作用是由于非极性疏水相互作用是由于非极性基团的存在，引起了水分子的结构重排，形成了基团的存在，引起了水分子的结构重排，形成了水和水之间的氢键网络，使水的有序度增加而使水和水之间的氢键网络，使水的有序度增加而使熵降低。
熵降低 维持蛋白质三级结构最主要的因素是疏水相维持蛋白质三级结构最主要的因素是疏水相互作用 非极性分子在水中倾向于聚集在一起以减少表面积，这也就是蛋白质分子中疏水内核形成的原因疏水性的一个重要特点是它的可加和性，即一个大分子的疏水性可由组成它的基团的相对疏水性的加和得到 氨氨 基基 酸酸相对亲水性相对亲水性(Kcal/mol)相对疏水性相对疏水性(Kcal/mol)氨氨 基基 酸酸相对亲水性相对亲水性(Kcal/mol)相对疏水性相对疏水性(Kcal/mol)甘氨酸甘氨酸(Gly)00色氨酸色氨酸(Trp)8.283.4亮氨酸亮氨酸(Leu)0.111.8酪氨酸酪氨酸(Tyr)8.52.3异亮氨酸异亮氨酸(Ile)0.24(2.5)谷胺酰胺谷胺酰胺(Gln)11.77-0.3颉氨酸颉氨酸(Val)0.401.5赖氨酸赖氨酸(Lys)11.91(-4.2)丙氨酸丙氨酸(Ala)0.450.5门冬酰胺门冬酰胺(Asn)12.09-0.2苯丙氨酸苯丙氨酸(Phe)3.152.5谷氨酸谷氨酸(Glu)12.58-9.9半胱氨酸半胱氨酸(Cys)3.63(-2.8)组氨酸组氨酸(His)12.620.5甲硫氨酸甲硫氨酸(Met)3.871.3门冬氨酸门冬氨酸(Asp)13.31(-7.4)苏氨酸苏氨酸(Thr)7.270.4精氨酸精氨酸(Arg)22.31(-11.2)丝氨酸丝氨酸(Ser)7.45-0.3脯氨酸脯氨酸(Pro) (-3.3)氨基酸侧链的相对疏水性和亲水性氨基酸侧链的相对疏水性和亲水性 5、盐键、盐键 当一个氨基酸的氨基和与它空间相邻的另一个当一个氨基酸的氨基和与它空间相邻的另一个氨基酸的羧基互相靠近时，形成盐键。
氨基酸的羧基互相靠近时，形成盐键COO......H3N- ♁♁相邻的氨基和羧基的结合能大约为5.0 Kcal/mol 左右 三、蛋白质工程三、蛋白质工程 蛋白质工程的目的之一是提高蛋白质的蛋白质工程的目的之一是提高蛋白质的稳定性蛋白质的去折叠和折叠态之间的自蛋白质的去折叠和折叠态之间的自由能变化之差来衡量：由能变化之差来衡量：ΔG＝＝GD－－GN 研究发现几乎所有的天然蛋白质分子的稳定性都介于G 5-15 Kcal/mol 之间，这一性质可能和其生物学功能相关，同时这一性质也使人们有可能通过蛋白质工程的方法来提高蛋白质分子的稳定性 在蛋白质工程研究中，人们拟从下面几个方在蛋白质工程研究中，人们拟从下面几个方面对蛋白质分子进行改造，以图提高蛋白质分子面对蛋白质分子进行改造，以图提高蛋白质分子的稳定性：的稳定性： 1、疏水相互作用、疏水相互作用 2、静电相互作用、静电相互作用 3、氢键、氢键 4、二硫键、二硫键 疏水相互作用被认为是蛋白质折叠的主要驱动力，蛋白质分子中的疏水基团暴露于溶剂中往往会引起不利于蛋白质折叠的自由能变化，将氨基酸从水中转移到有机溶剂中的转移自由能的大小可用来衡量疏水相互作用的大Methews等人对T4 溶菌酶中的Ile 做了11 种的不同氨基酸残基的替换，研究发现该蛋白质的稳定性和转移自由能之间存在着直接的比例关系，通过计算蛋白质折叠过程中溶剂可接触表面积的变化来评估疏水相互作用对蛋白质稳定性的影响1 疏水相互作用 2 静电相互作用蛋白质分子的静电相互作用包括带电基团以及原子上的部分电荷之间的相互作用。
定点突变的实验结果表明静电相互作用对稳定性的影响依赖于带电基团的位置，例如在a螺旋的N 端附近引入酸性氨基酸或在C 端附近引入碱性氨基酸均可以提高蛋白质分子的稳定性 3 氢键氢键对蛋白质空间结构的稳定性极为重要，特别是对二级结构的形成起着关键的作用Bryan 等人用随机突变的方法诱变枯草杆菌蛋白酶BPN’的基因筛选到的一个耐热突变型蛋白酶序列测定表明是其218 位的一个Asn 变成了Ser 4 二硫键引入二硫键可以减少蛋白质去折叠的构型熵，因此可以提高蛋白质分子的稳定性但是引入二硫键的前提是二硫键的引入不能同时增加结构张力在蛋白质分子中引入二硫键来提高蛋白质热稳定性的成功实验首先来自于对T4 溶菌酶和l阻遏蛋白的蛋白质工程研究人们将T4 溶菌酶的Ile3 换成Cys3 使之能与第97 位的Cys 形成二硫键 Protease inhibitorsPatterns of disulphide bonds in type-examples from the inhibitor familiesRAWLINGS et al. 2004 RAWLINGS et al. 2004 Bod and Huber 1992 The Crystal Structure of the Double-headed Arrowhead Protease Inhibitor A in Complex with Two TrypsinsBao et al. The monomer structure of NDP kinaseC-ter12340134A2KpnNDPK of human A (Chen et al. 2003) The quaternary structure of NDP kinase NDPK of Myxococcus xanthus (Williams et al. 1993) and NDPK human A (Chen et al. 2003) The binding site of NDP kinaseThymidine diphosphate (Cherfils et al. 1994)3’OH AZT diphosphate (Xu et al. 1997)N3 。
