单晶结构解析讲义完美版.doc

晶体结构解析11. Shelxtl 使用流程※ 解析原始文件有 hkl 文件（或 raw 文件） ，包含衍射数据； p4p 文件，包含晶胞参数※ 为一个晶体的数据建立 project，该项目下所有文件具有相同的文件名；一旦在 XPREP中发生 hkl 文件的矩阵转换，则需要输出新文件名的 hkl 等文件，因此要建立新的project※ 首先运行 XPREP，寻找晶体的空间群※ 然后运行 XS，根据 XPREP 设定的空间群，寻找结构初解※ 在 Xshell 中观察初解是否合理，如不合理，需重回 XPREP 中设定其他的空间群2. Xshell 使用流程※ 找出重原子或者确定性大的原子※ 找出其余非氢原子※ 精修原子坐标※ 精修各项异性参数※ 找到氢原子(理论加氢或差值傅里叶图加氢 )※ 反复精修，直到 wR2 等指标收敛最后的 R1 110 °一般 D-A 键长 2.8～3.5 Å，D－H …A 键角 110 deg.D-H d(D-H) d(H..A) 110 deg.D-H d(D-H) d(H..A) >> The Following ALERTS were generated 2σ(I) and wR2 = 0.0960 for all data. Additional crystallographic data are available (CCDC-266076) from the Cambridge Crystallographic Data Center. 30General crystallographic data are listed in Table 1. Systematic absences for h0l (l ≠ 2n) were consistent with the space group(s) Pc and P2/c. The centrosymmetric space group P2/c was chosen based on the value of |E2-1|. A face-indexed (or psi scan) absorption correction was applied (absorption coefficient ì = 1.32 mm-1), and the maximum and minimum transmission factors were 0.9253 and 0.2480. After the correction, there were 11 systematic absence violations and 14 bad equivalents. Systematically absent reflections were deleted and symmetry equivalent reflections were averaged to yield the set of unique data. The reflection 0 -2 5 was found to be a statistical outlier (∆F2/esd = 14.0) and was deleted from the data set. The resulting 4218 data were used in the least squares refinement.The structure was solved using direct methods by using the SHELXTL software package.The correct positions for the mercury and molybdenum atoms were deduced from an E-map (or a sharpened Patterson map). Subsequent least-squares refinement and difference Fourier calculations revealed the positions of the remaining non-hydrogen atoms. At this point, a calculation by PLATON showed that there was no missed crystallographic symmetry. Nonhydrogen atoms were refined with independent anisotropic displacement parameters. Hydrogen atoms were placed in "idealized" positions (or located in the difference Fourier map) and their displacement parameters were fixed to be 20-50 % larger than those of the attached non- hydrogen atom (or refined independently). An isotropic extinction parameter (see the SHELXTL manual for the definition of the EXTI command) was refined to a final value of 0.0013 (or was not needed). The weighting parameters (see the SHELXTL manual for the definition of the WGHT command) were 0.0211 and 3.0421. Successful convergence was indicated by the maximum shift/error of 0.001 for the last cycle of least squares refinement. The largest peak in the final Fourier difference map (0.62 eÅ-3) was located 0.71 Å from the mercury atom.※ 绘图法XSHELL 中提供的绘图功能比较发表直观，但图像质量较差，所以一般在 XP 中画图1. 分子椭球图：提供单个分子的空间结构和各向异性参数情况。

Fmol 进入 XP 后首先运行的命令Kill $Q 将所有 Q 峰去掉Labl 1 输出图中原子序号不加括号Mpln/n 计算机自动将分子放置于一个重叠最小的方向Proj 观看当前分子，并调整其摆放方向 Telp 0 -50 0.03 20 作图命令， 0 代表输出椭球图，-50 代表热椭球概率 50 %, 20 表示图具有一定的透视效果运行结束时要输入文件名*，生成*.plt 文件Draw * 将*.plt 文件转换为*.ps 文件（运行后选择 A） ，该文件可再由 adobe arobat中附带的 distiller 软件转为*.pdf 格式312. 晶胞堆积图：提供晶胞中分子的堆积情况，重点表明分子与分子之间的作用情况FmolMatr 2 将晶胞沿着 b 轴方向放置Pbox 15 10 指定一个 15*12*10 的空间Pack 在上述空间内堆积分子Telp cell 输出带有晶胞的堆积图draw3. 常用的 XP 命令：help 显示所有可以执行的 XP 命令Help **** 显示某条命令的具体说明Fmol 运行 XP 后首条执行的命令 ，目的在于将当前分子保存Kill 消去原子的命令Undo 消去某个化学键的联结Fuse 消去所有通过对称操作生长出来的原子，回到最小不对称单元状态Grow 通过对称操作生长出完整的分子Pack 通过对称操作堆积分子，可以选择性地去除保留其中组分，最后一定要在Sgen/Foml 选项上回车，否则结果不能保存。

Mpln/n 将分子放置于一个重叠最小的方向Proj 观看当前的结构，并可调整其摆放方向Matr n n=1，2 或 3表示沿着 a，b 或 c 轴方向摆放晶胞Pbox a b 划分一个长、宽和深分别为 a，b*0.75，c (Å)的长方体区域，如紧接着再运行Pack，则在上述区域内堆积 Labl n n 取 1 则输出图时候所有的原子序号不加括号，n 取 0 则不输出原子序号Envi Mn1 显示某原子，比如 Mn1 周围一定区域内所有原子及其对称操作代码Sgen O1 4566 生长出对称操作代码为 4566 的 O1 原子Telp 0 –50 0.03 输出椭球图，并且给每个原子标序号，最后要输入文件名 Telp cell 输出带有晶胞的透视图，一般和 pack 指令联用得到晶胞堆积图Draw * 将前面输出的图从*.plt 文件转换成*.ps 文件（运行后选择 A） Mercury (最新版本 1.4.2, CCDC) 也是经常用来辅助分析晶体结构和画图的软件。

8.2 常见投稿杂志结构得到解析的化合物，原则上只要先前没有发表过，都具有发表价值其价值大小可以从几个方面来衡量：※ 是否具有新奇的结构：零维的团簇，一维链状、二维层状和三维骨架结构；螺旋构造，手性构造；大的孔道、层距和空穴而单纯的分子和离子较为普通※ 是否具有新颖的成键关系：金属－金属成键，金属－碳成键，分子和分子之间的特殊弱作用力形成的超分子结构※ 是否具有特殊性质：磁性、发光、导电，这些性质使得文章档次大为提升，脱离了单纯的晶体学的范畴32发表晶体结构较多的 SCI 国际学术杂志（前 50）Cambridge Structural Database，1 January 2008 Rank Structures Journal Abbreviation 1. 36 410 Inorg. Chem.2. 27 582 Organometallics3. 25 961 J. Am. Chem. Soc.4. 24 401 J. Chem. Soc., Dalton Trans. & Dalton5. 21 916 Acta Crystallogr., Sect. C6. 19 583 J. Organomet. Chem.7. 15 427 Acta Crystallogr., Sect. E8. 14 931 Inorg. Chim. Acta9. 14 176 Chem. Commun. & J. Chem. Soc. D10. 12 666 Acta Crystallogr., Sect. B11. 11 255 J. Org. Chem.12. 10 914 Polyhedron13. 10 308 Angew. Chem., Int. Ed. Engl.14. 8 643 Eur. J. Inorg. Chem.15. 8 608 Z. Anorg. Allg. Chem.16. 7 167 Chem. -Eur. J.17. 6 384 Tetrahedron18. 6 309 Tetrahedron Lett.19. 5 622 Z. Naturforsch., B20. 5 603 Priva。