affymetrix-optima.pptx

1CytoScan® Optima Suite简介2CytoScan Optima 的探针设计 ， 来自于丰富 的临床经验累积与产前专家的推荐1.NICHD（国家儿童健康和人类发 展研究所） 5年近4,000 例临床试验 病例积累超声异常使用芯片检测 ，阳性检出率 比核型分析提高6%以上 约90个基因区域2.近15,000 个CytoScan (HD) 病例的积累CytoScan® Optima产前专家共同推荐的396个基因区域，加 密覆盖 总共315,608 features、探针 :  296,900SNP markers  18,018 CN markers  Control features3CytoScan Optima Suite: 专为产 前诊断设计无需再外购试剂 ，Optima包 括PCR扩增酶 包括一个全新为产前和流产物 样本优化的reference file 对于实验室而言，所有的操作 步骤与CytoScan HD/750K 一致 使用ChAS软件分析CytoScan Optima特点• • • •为产前诊断和流产物分析设计 经济可靠 含所有试剂，无需外购 数据解读简易分辨率和覆盖度•全基因组范围检测 • 在396 个产前诊断相关基因区域加密 (分辨率100kb). • 全基因组大于5Mb LOH设计策略• 探针全部精选自Cytoscan HD • 可检测CNV/LOH，染色体不平衡等 • SNP探针可分析三倍体，亲源性，嵌合体等，适合用于临床诊断与报告45Optima实例6A0014084: 正常样本• •此例为完全正常的健康人样本 未检测到任何异常区域.7A0002869: 7号染色体的缺失和扩增•该样 本的7号染色体发生拷贝数的变化（ copy number = 1, 2, and 3） •7号染色体短臂发生微重复，及长臂末端有微重复8A0013758:POC流产物样本的缺失和重复•该样 本为POC流产物样本 •在四号染色体长臂末端，发生了46MB的扩增，紧接着是2.2MB的缺失9143400: 在目标基因(CREBBP)发现 一处 170kb的缺失•该样 本在396个加密基因区发现 了170KB的微缺失(CREBBP)10CytoScan Optima 检测 整三倍体•该流产物为整三倍体ThisPOC sample has a Triploid genome • •SNPs有四条信号带而llog2 ratio 值为正常，即可判断为检测 到了三倍体 仅拷贝数探针的信号为“正常”值11嵌合体该样本在1号染色体末端发生了嵌合型扩增130086: 1号染色体嵌合型扩增• •12从smoothsignal and allele peaks tracks可见50%的嵌合型扩增130086：全基因组视图 ，一目了然• •The same sample visualized in whole-genomeview 1350% mosaic is clearly visible on the allele differencetrack and smooth signal14158: POC 样本的6号染色体的嵌合（约35%）• •POC 样本的6号染色体整条为嵌合型缺失 通 14过 smooth signal 和allele peaks tracks可推测到嵌合比例为35%1514158: Mosaic monosomy 6 (~35%) on a POC sample• •Whole-genomeview aids in the identification of themosaic monosomy6 35% mosaic is clearly visible on the allele differencetrack and smooth signal16ROH/AOH/LOH 实例17130080: Regions identical by descent Genomic profile of consanguinityThis exampleillustratesblocks of LOH >5 Mb acrossa majority of the Chromosomes.18Regions identical by descent Detailed view of chromosome 2•This is an exampleof two blocks of LOH >5 Mb on Chromosome2.19Genotypes基因型 – Trio亲源性分析Aid in the confirmation of copy-number EventsHigh-density SNPs allow for all of these performance attributes to be measured at gene-level resolution.Aid in breakpoint determinationAOH/LOHThe power of SNPsIdentification of genomic contamination (MCC) Identification of Mosaicism events corroborationMendelian consistency checkingTriploidyHigh density SNPsPrenatal ResearchDo you run parent(s) as a reflex in some of your samples? Are you sure the trio/duo is consistent before making conclusions?With CytoScan® Cytogenetics Suite and ChAS software, you can use the genotypes and run a consistency check first!21Concordance matConcordance PatConcordance total1-FAM199.89%99.89%99.57%2-FAM299.89%99.83%99.49%3-MIX99.89%91.69%84.91%22Chas 3.0 Trio Tool 亲源性分析工具- Optima/750K/HD都适用Sample IDRef #Trio#RelationFamilyA-0015275 A-0012037 A-0012038 A-0015266 A-0012011 A-0012010 A-0015275 A-0012037 A-0012010NA10847 NA12239 NA12146 NA07029 NA07000 NA06994 NA10847 NA12239 NA069941 1 1 2 2 2 1 1 2mother CEPH1334 matgrandmother CEPH1334 matgrandfather CEPH1334 father CEPH1340 patgrandmother CEPH1340 patgrandfather CEPH1340 mother CEPH1334 matgrandmother CEPH1334 patgrandfather CEPH1340 CytoScan Optima有丰富的可 检测基因表型的SNP探针， 可运行亲源性分析  Chas 3.0 Trio Tool可检测亲缘 不一致23可重复性实例24Chr7 的一致性25Chr X 一致性26Optima 与ILMN和Agilent的比较高密度的SNP探针能实现以上遗传学信息的检测.有助于breakpoint 的确认对拷贝数探针检 出 的变异的再次确认SNP探针的功能母源性污染的检出AOH/LOH 的检测检测 嵌合体亲源性鉴定整三倍体的检测High density SNPs28ILMN 300K是一款来源于GWAS设计 的芯片Cyto-12 来自于GWAS 设计的局限性(Cyto-12 or 300K from ILMN)： 由于SNP探针分布不均匀造成的检测 区域的GAPS 为GWAS设计 的低 MAF SNPs 不适用于检测 LOH 批间差效应，低重复性，不适用于临床诊断611 12 13 14 11 12 13 14 15 16 17 18 11 19 2021 22 23 24 21 22 23 24 25 26 27 28 21 29 3031 32 33 34 31 32 33 34 35 36 37 38 31 39 4041 42 43 44 41 42 43 44 45 46 47 48 41 49 5051 52 53 54 51 52 53 54 55 56 57 58 51 59 6061 62 63 64 61 62 63 64 65 66 67 68 61 69 7071 72 73 74 71 72 73 74 75 76 77 78 71 79 802991 91 92 92 93 93 94 94 95 95 96 96 97 97 98 98 99 9981 82 83 84 81 82 83 84 85 86 87 88 81 89 9091 92 93 94 91 92 93 94 95 96 97 98 91 99 100 93 94 91 92 93 94 95 96 97 98 9995 96 97 98 99 100 92 95 96 97 98 99 10091 92 93 94 95 96 97 98 99Affymetrix technology: 原位光刻技术，0% probe drop out的生产工艺1234567891011 1214 15 16 17 18 19 2021 22 23 24 25 26 27 28 29 3031 32 33 34 3537 38 39 4041 42 43 44 45 46 47 48 49 5051 52 53 54 5557 58 59 6061 62 63 64 65 66 67 68 69 。