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GWAS原理[共8页].doc

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卖家[上传人]：哈****

文档编号：270580201

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GW AS 是一项开创性的研究方GWAS 在全基因组范围、零假设性较候选基因研GW AS 在人类疾病以及畜禽经GWAS 是对全基因组的“盲目地 ”预设一些假定 1、全基因组关联分析 SNPs分型及质量控制1.1 基因分型过程1.2 分型 SNPs的质量控制SNPs 与所有检测的 SNPs 的比值,通常的标 GWAS 对这些 SNP 的检验效能也不高通常对于SNPs因此一般要求位点 SNP 的等位基因频率符合I 型错误扩大和假阳性关联是全基因组关联分析研究面临的难题之一多重假设检验的次数取决于待研究的基因组标记的数量, FDR本研究中的 60 个无关个体的耳组织利用天根试剂盒进行DNA 提取,后均采用 Illumina件通过运用 R 语音程序编写对文件进行编译修改成满足 SNP 标记位点,并且标记在DNA ,具体步骤如下：12000rpm 离心 1min,弃废液8) 加 700μl漂洗液 PW,12000rpm 离心 1min,弃废液 (11) 开盖,将吸附柱转入新离心管中,弃去收集管,室温放置5-10 min ,散尽酒精12) 向吸附柱中间位置悬空加入5%的 SNP 位点,有 15351 个位点不符合要求剔除； 40909 个 SNPs 位点用于后续的全基因组关联分析。

析,利用 PLINK 软件单标记卡方检验,对其进行对数转换后,利用 R 语言作图1.71,偏离原假设 1因p 值通过基因组控制进行校正后,利用校正后的 SNP 在 0.05 水平下是不显著的,即其相伴概率是大于科教兴国8。

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