知道引物,获取序列.pdf

以陈坤教授2005 年在中华流行病学杂志上的文章为例，文献中只列出了基因名称、位点信息及所使用的引物首先进入到NCBI 的 Entrez Nucleotide 数据库， http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore，点击左下的 BLAST 链接，进入序列比对界面点击左下nucleotide blast，将文章所列上游引物CCAGTCGAGTCTACATTGTCA放入Enter Query Sequence 框内， 点击下方的BLAST 按钮， 即可进行该引物的基因序列比对首先给出基本情况，如21 个碱基，还有图示（Graphic Summary）等下拉观察图示部分， 色彩表示得分的高低， 黑色得分最低， 本比对中可见蓝色是最高分，表示配对非常好，点击其中一个蓝的线条，则可看到其具体信息，刚才输入的引物序列也在其中，可见21 个碱基与比对基因序列完全吻合，同时也能看到你所研究的基因名称，这两项可以用来检查比对出来的基因是不是你想要的收集其中的关键信息，就是引物在这个基因中的起始位置为6573423用同样的方法将下游引物进行BLAST ，同样获取其在所研究基因的位置信息（终止位置）为6573835。

此时可点击此页面引物序列上方显示研究基因名称的链接cytochrome P450, family 2, subfamily E, polypeptide 1，即可进入到该基因所在染色体基因组的页面，注意右边Change Region Shown， 可将刚才获取的上下游引物在基因中的位置信息填入其中，点击 Update View，下拉，即可获得上下游引物之间的序列此时可以再看一下上下游引物是否是此序列的头和尾，以检查此序列是否为你所需另外，显示此序列长度为413bp，而文献中显示为 410bp， 此也正常， 可能存在基因的缺失或插入现象。