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固定长度的目的片段使用primer 5 设计引物的过程.doc

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卖家[上传人]：wt****50

文档编号：34786302

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固定长度的目的片段使用 Primer 5 设计引物的过程打开软件复制基因序列粘贴选项 AS is- OK点击 primer 按钮，弹出菜单后点击 search 按钮选择 PCR primer，Sense primer 位置、长度参数，并选择所需 PCR 产物长度，OK 弹出如下界面然后继续 search 设置 anti-sense primer 的位置、长度及 PCR 产物的长度等参数通过 search 来不断调整 sense primer 及 anti-sense primer 的位置及长度，直至调整到可以扩出目的片段全长或近似全长进而编辑 sense primer 及 anti-sense primer，适当删减或增加碱基，避开结尾 TTT 或 AAA，尽量以 G 结尾，使得 TM 相近、GC 含量适当（45-55%之间）点击Anti-primer 和edit之后，弹出界面：在最后添加碱基T并分析analyze:此时引物3’端为A，不稳定，删除3’端的A，使之从5’-3’为以G结尾， analyze，OK，为：此时，引物设计基本完毕sense primer为：Anti-sense primer为：因为我们要扩增的片段既定的目的片段，所以只考虑所设计引物的长度（与合成准确率有关，长于25bp的引物合成准确率降低）TM（PCR时两端引物退火温度应尽量一致）及GC含量，忽略其形成引物二聚体、发卡结构等。

所以虽此次设计的sense primer与anti-sense primer都有飘红现象，忽略之。

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