序列比对-构建进化树.doc

1从NCBI上下载某个基因在其他物种的序列比如，下载caveolin基因在其他物种的序列NCBI地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search一栏的下拉列表中选择Nucleotide,for后面的一栏中输入自己要查询的基因完毕，点击GO确认可得到一下结果：推荐精选每一条记录分别是某个物种的caveolin的序列，以第10条记录为例，称为GenBank 登录号为拉丁文的人类的字母，表示物种，表示基因名称（caveolin基因家族共有3个主要基因，分别称为1，2，3）表示此序列为cDNA,不含内含子 推荐精选下图中的NEXT表示翻页，查看剩余的记录打开第10条记录可看到下图：推荐精选推荐精选现在你需要保存下来得就是上面的这一串（碱基）核酸序列复制黏贴（包括上面表示顺序的数字）到TXT文本中备用打开DNAMAN软件，左上角点击file-new，出现下图：推荐精选可以把先前从NCBI下载的序列（保存到TXT文本中得）复制到箭头指示处，得到：并按照上图左上角file-save as(注意此文件得保存名称为保存的此物中得名称)，已上是DNAMAN软件中seq序列格式的保存方法。

推荐精选2 序列编辑和比对（DNAMAN软件）你们实验PCR得到的序列只是某个基因上的一部分，所以为了进行不同物种间的比对，要把下载下来的其他物种的某个基因的序列进行删减，以使两段基因是大约相同长度的片段进行比对以人类caveolin1基因为例说明一下按照1，2，3得顺序依次打开，得到下图：点击上图中的1，你会得到下图，点击2是清楚所有刚才选进比对的序列（为了重新选择序列），3是有选择的删除某个序列推荐精选当然，把你的所有准备的序列保存好以后，从查找范围这个下拉列表中寻找你要比对的序列可以按住ctrl点击你要比对的几个序列（同时选中）选完点击 打开再点下图中得确定键得到下图：推荐精选找好这两个物种重合的那个核苷酸的序号（前后两段都是），然后打开你保存的seq格式的序列，数出刚才比对重合部分的后端的碱基数，把这个碱基后面的序列删掉，再用此方法把比对重合部分前段得序列删掉，保存注：此处比对得两个序列一个是你实验得到的基因序列，另一个是从NCBI下载的其他物种的序列，一般情况下你试验得到的测序序列会短于下载的其他物种的序列，所以要在这里进行下载的序列的编辑把你已经编辑好的序列按照上述比对方法（用你的实验得到的序列和同基因在其他物种的序列（并且是你已经掐头去尾编辑过的）两两比对，可以得出某个基因在两两物种之间的同源性）如下图：椭圆中的数字就是某基因在两个物种间的同源性。

另一种获得两物种某基因之间同源性的方法是：打开NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/点击箭头指示的blast，得到：点击箭头指示处推荐精选在1空白处黏贴上你的测序序列，2处选中，点击下面的blast你将得到一个你测序序列与多个物种间某个基因的同源性如下图：1为物种名称及描述，2为同源性推荐精选为了进行比对，要把序列格式转化成FASTA格式转化方法：新建TXT格式文档，第一排开始先写一个大于号（>）,紧接着是写上物种名称另起一行，把该物种的某基因的序列拷贝上注：这里的要拷贝过来的序列是经过上一步的掐头去尾的序列，得到：然后保存方法：文件-另存为-保存类型选所有文件-文件名：物种名称.Fasta3 序列比对与进化树构建，（可拷贝到你的论文中的图片）打开Clustaxl软件，单击在左上角的文件，载入序列，就可载入一条fasta格式的序列了载入完一条之后再点击添加序列就可载入第二条序列，后面要载入更多的序列也是点击添加序列载入完你要比对的序列后点击编辑下的选定全部序列，接着点击比对-进行完全比对推荐精选得到：点击 对齐 1是进化树文件的保存路径和名称，2是序列比对文件的路径和名称。

保存完这两个文件，可以用MEGA软件分别打开它们下图为序列比对文件打开后的界面：1为选定的格式，2为文件保存的名称和路径用MEGA软件打开此文件得到这样一个界面：推荐精选1是指物种名称，2处的星号是指物种间同源的序列部分，星号空缺的地方是指不一样的碱基把全部序列比对的界面一次截屏黏贴到你论文中下面打开的是进化树的文件，界面如下：推荐精选可以通过截图把下面这个图拷贝到你论文上，也可通过点击1，2，两个下拉菜单，把改图拷贝到你的画图(系统工具，在程序-附件-画图，打开画图之后点击编辑黏贴，就可把改图拷贝到你的画图上，在把改图拷贝到你的论文中)上 终于完事了~~~~~~~~~~······· （注：可编辑下载，若有不当之处，请指正，谢谢!） 推荐精选。