医学信息检索与利用：PubMed数据库.ppt

PubMed数据库数据库￿主要内容主要内容一、一、PubMedPubMed简介简介二、二、PubMedPubMed检索规则检索规则三、三、PubMedPubMed检索方法与技巧检索方法与技巧四、四、PubMedPubMed检索结果处理检索结果处理PubMedPubMed重点重点Ø PubMed数据库的建立维护机构：NCBIØ PubMed数据库的文献收录范围Ø PubMed检索方式：主题词检索、自由词检索、索引词表检索（高级检索功能）、字段限定检索、逻辑组配检索、截词检索、强制检索（短语）一、一、PubPubMedMed简介简介1 1）开发机构）开发机构 美美国国国国立立生生物物技技术术信信息息中中心心（（NCBINCBI））开开发发的生物医学文献检索系统的生物医学文献检索系统 1997 1997年年6 6月开始面向全世界免费使用月开始面向全世界免费使用2 2）网址）网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed从搜索引擎输入从搜索引擎输入pubmedpubmed 目前使用最广泛、影响力最大的生物医学信目前使用最广泛、影响力最大的生物医学信息资源检索系统。

息资源检索系统3 3））PubPubMedMed界面界面文献类型：期刊论文、综述、以及与其他文献类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接数据资源链接特点：提供原文获取服务特点：提供原文获取服务字段内容：标题；作者（全姓，名首字母）；文献来源：期字段内容：标题；作者（全姓，名首字母）；文献来源：期刊名称、发表时间（年、月、日；卷（期）：起止页码）；刊名称、发表时间（年、月、日；卷（期）：起止页码）；doidoi（数字化对象的识别符号，识别数字资源的机制）数字化对象的识别符号，识别数字资源的机制）非英文文献将论文题目翻译成英文，置于非英文文献将论文题目翻译成英文，置于[ ][ ]内，并在文献内，并在文献来源字段注明原文语种来源字段注明原文语种中文作者及期刊用汉语拼音，其他非英文文献的作者及期刊中文作者及期刊用汉语拼音，其他非英文文献的作者及期刊（缩写），采用字母对译缩写），采用字母对译著录格式著录格式————题录（题录（summarysummary）著录格式）著录格式著录格式著录格式————文摘（文摘（abstractabstract）著录格式）著录格式打开作者单位及联系方式打开作者单位及联系方式PubMedPubMed流水号、流水号、PubMedPubMed文献来源、文献来源、PMCPMC全文数据库流水号全文数据库流水号免费全文标识、相似文献链接、出版社链接图标、免费全文标识、相似文献链接、出版社链接图标、PMCPMC全文数据库链接全文数据库链接图标、图标、MEDLINEMEDLINE标引信息标引信息4 4）收录范围）收录范围 • 主要收录期刊以及部分图书（每周更新）。

• 学科范围：主要来源于生物医学、医学，部分来源于生命科学、行为科学、化学科学和生物工程• 时滞短，可以提供提前发表文献 5 5））PubMedPubMed数据构成数据构成 MEDLINEMEDLINE（（MADLARS￿on￿MADLARS￿on￿lineline））l 美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM）建立并维护的一个大型医学文献数据库，属于MADLARS（Medical Literature Analysis and Retrieval System）检索系统中使用频率最高的数据库l 收录了自1964年以来80多个国家40多个语种的约5,600多种生物医学期刊的题录和文摘，其中80%以上为英文文献，75%-85%含有文摘MEDLINEMEDLINE包括三种索引：包括三种索引：《医学索引》（Index Medicus）《牙科文献索引》（Index to Dental Literature）《国际护理索引》（International Nursing Index）MEDLINE数据库涉及内容包括：基础医学、临床医学、护理学、口腔科学、兽医学、卫生保健、营养卫生、职业卫生、卫生管理等。

l占PubMed的92.7%，每周更新l 内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业 l MEDLINE的数据均加上医学标题（Medical Subject Headings，MeSH），保证检索结果更加准确和全面l 记录标注记录标注[PubMed-indexed for MEDLINE] MEDLINE（MADLARS￿on￿line）PreMEDLINE•临时性医学文献数据库•每天都在不断地接受新数据，并进行加工（主题标引等），加工完成后每周向MEDLINE数据库进行添加 •记录标注[PubMed-in process]Publisher￿Supplied￿Citation•出版商直接向PubMed递送的电子文献 •记录标注[PubMed-as supplied by publisher] OldMEDLINE•早期文献•未被收录于MEDLINE PubMed直接由出版商提供直接由出版商提供直接由出版商提供直接由出版商提供在文献还没有正式在文献还没有正式在文献还没有正式在文献还没有正式出版之前（确定要出版之前（确定要出版之前（确定要出版之前（确定要发表），电子版提发表），电子版提发表），电子版提发表），电子版提前发布前发布前发布前发布文献正在被文献正在被文献正在被文献正在被NLMNLMNLMNLM进行处理，添加主进行处理，添加主进行处理，添加主进行处理，添加主题词等题词等题词等题词等PubMedPubMed与与MEDLINEMEDLINE的区别的区别Ø 收录范围广收录范围广：：MEDLINEMEDLINE未收录的部未收录的部分生命科学相关文章的非医学专业分生命科学相关文章的非医学专业期刊；期刊；Ø 收录记录新（收录记录新（MeSHMeSH））：在：在MEDLINEMEDLINE数据标引前的最新题录数据标引前的最新题录Ø 文献类型全文献类型全：提供电子原文链接：提供电子原文链接（部分免费）（部分免费）6 6）特点）特点l免费提供题录和文摘免费提供题录和文摘l提供原文网址链接（部分免费获取）提供原文网址链接（部分免费获取）l收录范围广泛、更新迅速、数据权威收录范围广泛、更新迅速、数据权威 l外部分析工具强大（提供检索词智能转换匹配）外部分析工具强大（提供检索词智能转换匹配）PubMedPubMed引文和期刊全文查询功能引文和期刊全文查询功能 由于PubMed与生物医学文献出版商联合，使其成为检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的一种工具。

1、引文链接：包括文内和文外引文2、全文链接：收费全文和免费全文 收费全文、免费全文两种形式 免费全文：出版商直接提供； PMC（PubMed Center）中心提供二、二、PubmedPubmed检索规则检索规则1 1）检索栏可输入一个或多个检索词）检索栏可输入一个或多个检索词系统默认空格为系统默认空格为ANDAND检索，如：检索，如：agingaging deathdeath 2 2）检索栏可输入布尔逻辑运算式）检索栏可输入布尔逻辑运算式（运算符必须大写）（运算符必须大写）例 如 ： Liver AND apoptosis; Cell death OR autophagy；Lead poising NOT children 运算优先级为运算优先级为: ( )> NOT > AND > OR: ( )> NOT > AND > OR 例 如 ： drug therapy AND（ HBV infection OR hepatitis） ANDORNOTA BA BA B3 3）字段限定符：）字段限定符：[ ][ ]TIAB-Title/Abstract TIAB-Title/Abstract AD-AffiliationAD-Affiliation SO-Source SO-Source TA-Journal Title Abbreviation TA-Journal Title Abbreviation MHMH-MeSH TermsFAUFAU-Full Author Name DPDP-Publication Date VI-VolumeVI-Volume 备注：检索词备注：检索词[ [字段标识字段标识] ]检索词检索词1[1[字段标识字段标识] ] 逻辑运算符逻辑运算符 检索词检索词2[2[字段标识字段标识] ]例如：查找例如：查找crickcrick在在20152015年发表的有关年发表的有关DNADNA方面的文献：方面的文献：检索式为检索式为crick[AU] AND 2015[DP] AND DNAcrick[AU] AND 2015[DP] AND DNALA-LanguageLA-Language AU-AuthorsAU-AuthorsTI-TitleTI-TitlePMIDPMID-PubMed Unique IdentifierPTPT-Publication Type LanguageLanguage-LAIPIP-Issuen 检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：符须大写）如：cancer AND (therapy OR cancer AND (therapy OR treatment)treatment)n 字段限定符：字段限定符：[ ][ ]，空格按词组匹配，空格按词组匹配n 不区分字母大小写，不区分不区分字母大小写，不区分字段标识与字段标识与检索词检索词间是否有空格间是否有空格试比较：试比较： cell AND autophagy[TI] cell autophagy[TI] cell[TI] AND autophagy[TI] cell[TI] autophagy[TI]例如：查找清华大学（例如：查找清华大学（Tsinghua UniversityTsinghua University））施一公院士的文献施一公院士的文献l 涉及单位与作者字段对应涉及单位与作者字段对应ADAD与与AUAU字段，布尔字段，布尔 运算符运算符ANDANDl 作者格式：作者格式：Shi YShi Y（姓名为姓全拼（姓名为姓全拼 空格空格 名简称）名简称）l 其检索表达式的格式：检索词其检索表达式的格式：检索词[ [字段标识字段标识] ] 布尔运布尔运 算符算符 检索词检索词[ [字段标识字段标识] ]l Shi Y[AU] AND Tsinghua University[AD] Shi Y[AU] AND Tsinghua University[AD]l 也可以用也可以用高级检索高级检索查找查找 4 4）刊名检索：全称或）刊名检索：全称或MEDLINEMEDLINE认可的标准缩写认可的标准缩写 如：如：Nature Medicine[SO] Nature Medicine[SO] Nat Med[SO] Nat Med[SO] 杂志名是主题词或关键词，如杂志名是主题词或关键词，如CancerCancer，，ScienceScience，，CellCell标准化处理，在杂志名后面加标准化处理，在杂志名后面加[TA][TA]，如：，如："cell"[TA]"cell"[TA]刊名转换表刊名转换表通通过过期期刊刊ISSNISSN（（国国际际标标准准出出版版物物代代码码））进进行行检检索索，，如输入如输入Molecular Biology of the CellMolecular Biology of the Cell的的ISSNISSN（（1059-15241059-1524）进行检索。

进行检索n中文期刊：中文期刊：用汉语拼音表示，注意专有注意专有名词要拼写在一起名词要拼写在一起《中华内科杂志》Zhonghua nei ke za zhi[TA]《黑龙江医药》Heilongjiang yi yao[TA]输入输入zhonghua nei ke za zhi[TA]zhonghua nei ke za zhi[TA]5 5）作者检索：姓全称在前，名首字母在后）作者检索：姓全称在前，名首字母在后如：如：Smith ABSmith AB[AU][AU] 中文作者：胡大一中文作者：胡大一 表示为表示为Hu DY[AU]Hu DY[AU] 或或Hu, Da yi[AU]Hu, Da yi[AU] 或或Hu, Da-yi[AU]Hu, Da-yi[AU]20022002年后的文章可查作者全名，字段名为年后的文章可查作者全名，字段名为FAUFAU如：如：Smith Ader BebeSmith Ader Bebe[FAU][FAU]如果输入如果输入Smith ASmith A，结果将如何？，结果将如何？6 6）单位检索）单位检索n单位的标准英语拼写单位的标准英语拼写例如：青岛大学 Qingdao University[AD] 7 7）截词检索：）截词检索：treat*treat*（单词）（单词） 可检出：可检出：treattreat，，treatedtreated，，treatmenttreatment…………8 8）强迫短语检索）强迫短语检索“”“”不自动转换匹配和扩展检索，不自动转换匹配和扩展检索，如：如：““treattreat””比较输入比较输入““ang 1ang 1””( (血管紧张素血管紧张素1 1缩写缩写) )和和ang 1ang 1检检索出的文献数量差异。

索出的文献数量差异注意：所有的注意：所有的“ ”、、 * * 、、( )、、-都必须是英文状态都必须是英文状态下输入1 1、、 分分 别别 检检 索索 标标 题题 含含 有有 H1N1H1N1和和 H1N1 H1N1 InfluenzaInfluenza的文献；的文献；2 2、、检检索索香香港港大大学学发发表表的的标标题题含含有有H1N1H1N1的的文献；文献；3 3、、检检索索管管轶轶教教授授发发表表的的标标题题含含有有H1N1H1N1的的文献随堂练习随堂练习9)9)自动转换匹配检索词自动转换匹配检索词• 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配无论词表或索引中是否找到相匹配的词组，无论词表或索引中是否找到相匹配的词组，PubMedPubMed会将会将短语劈开，再重复以上顺序单独分别查找，找到相匹配短语劈开，再重复以上顺序单独分别查找，找到相匹配的词，并用的词，并用ANDAND连接强迫短语检索强迫短语检索““””不自动转换匹配和扩展检索不自动转换匹配和扩展检索PubMedPubMed具备词汇匹配功能，为何还要进行主题词检索具备词汇匹配功能，为何还要进行主题词检索MeSH Database MeSH Database （主题词检索）（主题词检索）Ø 主题词与副主题组配，使检索便捷，结果主题词与副主题组配，使检索便捷，结果 更准确。

更准确Ø 主题词树状结构可以灵活扩展与缩小检索主题词树状结构可以灵活扩展与缩小检索范围Ø 提高文献相关度：提高文献相关度：MeSHMeSH标引出的词体现文标引出的词体现文章主题概念章主题概念进入进入MeSHMeSH输入输入liver cancer liver cancer 如果不需要组配副主题词，可直接检索如果不需要组配副主题词，可直接检索MeSHMeSH详细注释界面详细注释界面需组配副主题词，点击所选主题词进入主题词详细信息界面需组配副主题词，点击所选主题词进入主题词详细信息界面主题词词义注释主题词词义注释加权检索，主要概念主题词检索加权检索，主要概念主题词检索1010）单引文匹配检索（）单引文匹配检索（Single Citation MatcherSingle Citation Matcher））期刊数据库（期刊数据库（Journals in NCBI DatabasesJournals in NCBI Databases））期刊数据库（期刊数据库（Journals in NCBI DatabasesJournals in NCBI Databases））1、查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等；2、根据期刊主题分类，查看MEDLINE收录的各学科期刊；3、方便检索某期刊上被PubMed收录的所有文章。

例如：想了解期刊Nat Med全称及具体的出版社，以方便投稿随堂练习随堂练习1 1、查出下列刊名的全称或缩写、查出下列刊名的全称或缩写 J Biosci MedJ Biosci MedInternational Journal of Molecular SciencesInternational Journal of Molecular Sciences2 2、、检检索索管管轶轶教教授授在在《《Journal Journal of of VirologyVirology》》杂杂志志第第8888卷卷第第1818期期上上发发表表的的文文章章标标题题（（用用单单篇篇引引文文匹匹配配检索）检索）Ø 基本检索基本检索 - Basic Search Ø 限定检索限定检索 - LimitsØ 高级检索高级检索 - Advanced Search Ø 主题词检索主题词检索 - MeSH Databases三、三、 PubMed PubMed检索方法与技巧检索方法与技巧1 1、基本检索（、基本检索（Basic SearchBasic Search））直接输入检索词或检索式直接输入检索词或检索式显示格式调整显示格式调整文摘格式文摘格式文章摘要文章摘要免费全文链接免费全文链接全文数据库其它文献来源医学资源分子生物学数据库其它馆藏资源链接基本检索特点基本检索特点•输入任任何何字字词词，系统会自动识别、匹配（智能功能）进行检索•输入逻辑检索表达式逻辑检索表达式：…… AND cancer•字段限制检索字段限制检索：ultrasound[MH]2 2、限定检索（、限定检索（LimitsLimits））问题：当你检索到问题：当你检索到10001000篇文章，如何快速找到篇文章，如何快速找到需要文献？需要文献？对检索结果进行筛选过滤！对检索结果进行筛选过滤！文本过滤文本过滤出版时间过滤出版时间过滤实验对象过滤实验对象过滤文献类型过滤文献类型过滤语种过滤语种过滤选择额外过滤器选择额外过滤器检索结果过滤（限制检索）：其主要功能是对检索结果按照文献的属性进行过滤，使检索者快速查找自己所需要的文献过滤设置后对后续检索均有限制作过滤设置后对后续检索均有限制作用，如果需要修改或删除，通过用，如果需要修改或删除，通过Clear all Clear all 链接清除设置，然后重链接清除设置，然后重新设置即可。

新设置即可1 1、、 检检 索索 中中 国国 作作 者者 近近 5 5年年 对对 帕帕 金金 森森 氏氏 病病（（ParkinsonParkinson’’s Diseases Disease）的研究进展；）的研究进展；2 2、、检检索索20122012年年以以来来有有关关““6565岁岁以以上上老老人人阿阿尔尔茨茨海海默并（默并（Alzheimer DiseaseAlzheimer Disease）死亡率的综述）死亡率的综述””；；3 3、、检检索索近近两两年年有有关关细细胞胞凋凋亡亡的的综综述述文文献献，，要要求求检检出免费全文出免费全文4 4、、查找下文全文：查找下文全文：Broutet N, Krauer F, Riesen M, Khalakdina A, Broutet N, Krauer F, Riesen M, Khalakdina A, Almiron M, Aldighieri S, Espinal M, Low N, Almiron M, Aldighieri S, Espinal M, Low N, Dye C. Zika Virus as a Cause of Neurologic Dye C. Zika Virus as a Cause of Neurologic Disorders. N Engl J Med [J], 2016.Disorders. N Engl J Med [J], 2016.随堂练习随堂练习生成检索表达式生成检索表达式显示区域显示区域检索表达式检索表达式生成器生成器检索历史检索历史界面界面2 2、高级检索（、高级检索（ Advanced Search Advanced Search ））l￿提供字段进行字段限制检索提供字段进行字段限制检索，逻辑组配检索；，逻辑组配检索；l￿根据检索需要，进行逻辑组配，根据检索需要，进行逻辑组配，生成复杂检索表生成复杂检索表式式。

l￿进行限制后只能检索进行限制后只能检索MEDLINE中的内容，中的内容，““in￿process””和和““supplied￿by￿publisher””因还没因还没有进行字段制作，无法检索有进行字段制作，无法检索高级检索高级检索————主要功能主要功能高级检索高级检索————检索表达式生成器检索表达式生成器选择字段输入检索词选择逻辑关系输入检索词例如：例如：举例举例：检索近：检索近5 5年婴幼儿年婴幼儿““巨细胞病毒感染巨细胞病毒感染与听力损伤与听力损伤””方面文献方面文献cytomegaloviruscytomegalovirus、、hearing losshearing loss））字段限定为字段限定为““题目摘要题目摘要””检索历史检索历史检索历史功能检索历史功能• 显示检索过程显示检索过程• 可以进行逻辑组配可以进行逻辑组配• 可以对检索历史进行保存与删除可以对检索历史进行保存与删除高级检索高级检索——检索历史检索历史高级检索高级检索————检索历史检索历史显示检索结果显示检索结果高级检索高级检索————检索历史检索历史Show search details高级检索高级检索————检索历史检索历史功能：将检索表达式保存到功能：将检索表达式保存到My NCBIMy NCBI前提：注册前提：注册My NCBIMy NCBI并登录并登录高级检索高级检索————检索历史检索历史Save in My Save in My NCBINCBI定题服务定题服务（课题跟踪（课题跟踪) )3 3、主题词检索、主题词检索界面界面输入：输入：breast cancerbreast cancer• 检索结果按相关性排序检索结果按相关性排序检索结果按相关性排序检索结果按相关性排序主题词主题词主题词注释主题词注释主题词变更时间主题词变更时间副主题词"Breast Neoplasms/complications"[Mesh]Ø PubMedPubMed中中 MeSHMeSH检检 索索 将将 查查 不不 到到 references references in in processprocess或或the the publisher publisher supplied supplied referencesreferences中中的记录，因为这些记录还未标引的记录，因为这些记录还未标引MeSHMeSH词。

词Ø 主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献Ø 新词、很专指的概念没有对应的规范词新词、很专指的概念没有对应的规范词 如如SARSSARS（（0303年词表中没有）年词表中没有）Ø 为查找上述类型文献，需结合自由词检索为查找上述类型文献，需结合自由词检索4 4、检索结果保存、检索结果保存默认情况下是所有检索均可以进行下载保存，也可选择部分数据进行保存FileFile: :将全部检索将全部检索结果或选择数据结果或选择数据保存到本地电脑保存到本地电脑ClipboardClipboard:暂时保存作用，最多可以保存500条记录可保存到本地电脑、发送E-mailCollectionsCollections:将文献添加到个人文献集中，需要登录My NCBIE-mailE-mail:将文献发送到个人邮箱，不需要登录My NCBIOrderOrder:向NLM订购全文My BibliographyMy Bibliography：需要登录My NCBI，将检索结果添加到我的书目数据库中Citation managerCitation manager:将文献以数据库格式下载到本地电脑，以备导入到外部文献管理软件使用。

PMC（（PubMed Central））Ø 生命科学期刊资源中心生命科学期刊资源中心Ø 免费提供约免费提供约900900种期刊的种期刊的1010多万篇全文多万篇全文（不包括（不包括PubMedPubMed动态免费全文）动态免费全文）Clinical QueriesClinical Queries（临床查询）（临床查询） Ø专专为为临临床床医医生生设设置置，，通通过过过过滤滤的的方方式式专专门门搜搜索索治治疗疗、、诊诊断断、、病病原原学学、、预预后后和和临临床床医医学学指指南南5 5个范围的文献个范围的文献Ø分分为为三三个个专专题题：：临临床床研研究究文文献献、、系系统统综综述述、、医学遗传学医学遗传学临床试验数据库（临床试验数据库（Clinical Trials））随堂作业随堂作业n检检索索近近两两年年关关于于慢慢性性心心力力衰衰竭竭方方面面的的文献；文献；n检检索索曹曹雪雪涛涛院院士士发发表表的的癌癌症症治治疗疗方方面面的免费文献；的免费文献；n检索2007-2016年《Cell Cell ResearchResearch》》杂杂志志被PubMed收录的关于胃癌方面文献；n检索青青岛岛大大学学医医学学院院近5年被PubMed收录的文献。