如何查找质粒图谱.doc

如何查找质粒图谱经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了今天又看到几个求质粒图谱的帖子，突发奇想，就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子吧，希望对虫子们有些帮助这些方法，大部分是自己学习的过程中偶尔发现，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（如下图，不是有虫子求pRS系列质粒吗？如下图，数据库中本身就有很多）这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下这框软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下。

1. Vector Database地址：https://www.lablife.org/g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如这个帖子 sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了，如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的筒子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦2. Vector DB网址：http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整基本包括了所有表达系统的质粒信息不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分方法是：网页工具栏 编辑--------在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。

比如：我们输入pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequence link进入是该质粒的序列NCBI link，点击直接进入了NCBI，如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释3．NCBI网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：得到搜索结果，如下图，点击邮编的send to，选中file，genebank等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了4．其他查找质粒图谱的网站：寒梅砺剑阁（不是很全） scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). "☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92.这篇文献，介绍了一个大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了，首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。

很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图诱变的标记部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的信息点击右边的Nucleotide，进入如下页面，看，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法二中，NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱，当然，前提时作者已将将载体信息上传了NCBI。