多序列比对结果美化作图ppt课件.pptx

生物技术研究中心 晁江涛,多序列比对结果美化作图,生物信息培训系列之,一、常用着色工具,二、作图效果展示,目录,三、Texshade 工具,四、输入数据格式,五、常用参数设置,一、常用着色工具,SeqLogo/WebLogo，自动分配颜色 GeneDoc，手动分配颜色 Boxshade，仅黑白模式 Esprint, Texshade，黑白模式/彩色模式 其中texshade最为灵活，也是最不容易入门上手的 注意事项：每种多序列比对软件，做出的结果都可能不同， 影响因素有软件版本、参数、使用的模型等,一、常用着色工具,二、作图效果展示,目录,三、Texshade 工具,四、输入数据格式,五、常用参数设置,二、作图效果展示,Web Logos Boxshade GeneDOC,WebLogo效果(90..120),Image Format: GIF/PNG/PS/PDF LogoSize http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi http://www.cbs.dtu.dk/biotools/Seq2Logo-1.0/,BoxShade效果,http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html 特点：只支持黑白效果，可选参数少，操作简单 Output format/font size/consensus line / input format,GeneDoc效果,显示模式有：Conserved/Quantified/Properties/Physiochemical/ Identities/Summary view,Conserved,Quantified,Properties,Physiochemical,,Residue differences,Identities,Summary View,一、常用着色工具,二、作图效果展示,目录,三、Texshade 工具,四、输入数据格式,五、常用参数设置,三、Texshade工具,3.1 texshade环境搭建 3.2 作图效果与代码展示,3.1 Texshade环境搭建,准备工作（安装顺序如下，变化容易出问题） 1. CTeX_2.9.2.164.exe LaTex工具中文版 2. texmaker4.4.1 LaTex编辑器 3. texshade.zip 为核苷酸/蛋白多序列比对着色,Ctex的安装,CTeX共有5个组件 MiKTeX,CTeX宏包管理工具 CTeX Addons，这里用不到 Ghostscript, 产生图形文件的工具 Gsview,查看图形文件的工具 WinEdt, tex文件编辑器，收费的 这里不安装。

其余步骤默认安装即可，我默认安装在C盘texmaker的安装,全部默认安装即可，只有点击“选项”-“配置Texmaker”,红色框中的内容，需要依据Ctex的安装路径进行修改,蓝色框中的路径，是查看PDF工具做在目录,texshade的编译及安装,cmd.Exe的路径为c:windowssystem32cmd.exe 在桌面建立cmd的快捷方式 ，将它复制到texshade目录,,Texshade宏测试,打开texmaker软件，新建test.tex文件 代码如下：,documentclass12ptarticle usepackagetexshadebegindocument begintexshadeD:/texshade/AQPpro.MSF endtexshade enddocument,,点击,如果不出错，可以出现一个PDF文件，就说明texshade配置正确3.2 作图效果与代码展示,3.2.1 Shading modes 3.2.2 Bar graphs 3.2.3 Secondary structures 3.2.4 Sequence fingerprints 3.2.5 Sequence logos 3.2.6 Subfamily logos,,3.2.1 shading modes,Identical mode Similar mode T-coffee mode Diverse mode Functional mode,1. identity mode,,,2. similar mode,,3. T-coffee mode,,4. diverse mode,,5. functional mode,Charge Hydrophobic Structure Chemical Rasmol Standard area Accessible area, charge,charge, hydropathy,, structure,, chemical,, rasmol,, standard area,, accessible area,,3.2.2 Bar graphs,,3.2.3 Secondary structure,,3.2.4 Sequence fingerprints,,3.2.5 Sequence Logos,,3.2.6 Subfamily Logos,,一、常用着色工具,二、作图效果展示,目录,三、Texshade 工具,四、输入数据格式,五、常用参数设置,四、 输入数据格式,4.1 MSF 4.2 ALN 4.3 Fasta,4.1 MSF数据格式,,4.2 ALN数据格式,,4.3 Fasta数据格式,,一、常用着色工具,二、作图效果展示,目录,三、Texshade 工具,四、输入数据格式,五、常用参数设置,五. 常用关键参数设置,5.1 Identical mode 5.2 T-coffee mode 5.3 Diverse mode 5.4 Functional mode 5.5 Consensus参数,Idential mode的配色方案, 残基的字体色 残基的背景色 用哪个字符表示 残基展示样式,Similar mode,,T-coffee mode,,Diverse mode,可以对每条序列单独设置配色方案,Functional mode,,Consensus 参数,,Consensus参数,,参考资料,图文，大部分来源于texshade英文使用手册 Texshade.pdf 想更深入的了解某一参数的使用，请参考该手册,O(_)O 谢谢大家！,。