1、Olex2 初级指南 By lich666（email：，qq：348511586） 0 前言 0.1 为什么要使用 olex2 Olex2 同 shelxtl 类似，均为集成的晶体解析软件，具有解析、精修、画图 等多种功能。二者均是年龄 10 年以上的老软件了，许多晶体学软件已经不更新 了，但是它们依然有人维护，不断推出新版本。随着不断发展，二者已臻成熟， 不乏使用者。经过本人使用，发现两者有诸多优缺点。 Olex2 具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而 shelxtl 大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。 Olex2 具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手 动保存 Olex2 扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用 platon。Shelxtl 只能使用自带的 xs 和 xl 软件。 Olex2 虽然自带多种实用工具，如 solvent mask 和 twinning 等，但是这些 工具多半有瑕疵，发文章不推荐使用，去除溶剂和孪晶最好用 platon 代替。 Shelxtl 所带的工具较少，仅有
2、Xprep，但可以帮我们解决许多问题。 Olex2 具有上述多种优点，下面就开始 olex2 从头开始的教程。 本教程只是给自己实验室留点纪念且想给学习 olex2 的同学们一个参考， 文 中仅代表个人观点，本人学习结构解析仅两年有余，olex2 软件全靠自己钻研， 难免有疏漏，如有错误请直接指出。 0.2 配置 olex2 首先需要到 www.olex2.org 网站（这个网站现在需要注册）上下载 olex2 的最新版本 1.2.5，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且 32 位系统 下载 32 位版本，64 位版本下载 64 位版本（本教程以 64 位版本为例，如果懒得 去官网可去百度网盘下载已按下文配置好的版本，百度网盘里还有 platon 和 shelx2013 中的 shelxl、shelxs） 。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路 径名的文件夹里，如 D:colex2-win64 中。 不推荐使用其自带的解析和精修软件， 你需要将Shelxtl软件包中的 xl.exe 和 xs.exe（如果使用 Shelxtl2013 需要复制 shelxl.exe 和 shel
3、xs.exe）复制到 olex2 所在文件夹中，如下图 0-1 所示。配置完后就可以使用了。 图 0-1 如果需要使用 platon，需要去 platon 下载 platon.zip 和 pwt.zip，将 platon.zip 中的 platon.exe 和 check.def 复制到 olex2 文件夹中，再将 pwt 安 装后的 salflibc.dll 复制到 olex2 文件夹中即可。如下图 0-2 所示。 图 0-2 其他软件如 sir、jana、SuperFlip 等均可被 olex2 支持。如果它们已经安 装在你的计算机上的话，那么直接打开 olex2 就可以使用它们。如果只有一个文 件的话，像 shelxl.exe 一样直接复制到 olex2 所在文件夹中就可以使用了。 1 晶体解析实例 下面使用多个实例来讲解 olex2 中各种实用功能。 本讲解适合于对晶体解析 有一定基础，但是没有使用过 olex2 的同学。如果你晶体解析基础为 0，请了解 晶体解析的一些基础之后再来看本教程。 1.1 olex2 自带的 Sucrose 例子 双击olex2.exe打开程序， 可
4、见如下界面， 见图1-1。 选择菜单栏中FileOpen， 此时弹出 Open File 对话框，继续选择我们的第一个例子 Sucrose，相应文件位 于 D:colex2-win64sample_datasucrose 中（假设 olex2 解压路径为 D:colex2-win64，下同） ，见图 1-2 选择 sucrose.ins，点击打开按钮，打开 相应文件，如图 1-3 所示。右上角显示了元素组成、晶体学参数、数据完整度等 数值。 图 1-1 图 1-2 图 1-3 这个数据虽然已经解析好，我们要从头解析一遍。点击 Work 选项卡 ，选择 Solve 选项卡后面的小三角，出现 如下界面，如下图 1-4 所示。 在 Solution Program 中选择 ShelXS，在 Solution Method 中选择 Direct Method。然后直接点击，进行解析，结果见下图 1-5 所示。 图 1-5 背景中显示 RE=0.175 （如果显示不全， 可以在程序最下方处输入 lines 50 然后回车） ，同时前景图上显示多个褐色的圆球，这些圆球均为 Q 峰，且颜色深 浅表示
5、电子云密度的大小。通过滚轮上/下滚动可以增加/减少显示一个 Q 峰，滚 动滚轮让屏幕中只显示适当的 Q 峰后点击按钮，如下图 1-6 所示，这就是 解出的粗结构。 图 1-6 点击 Refine 按钮后的小三角，显示如下图 1-7 中界 面。 图 1-7 将 Refinement Program 选择 ShelXL，然后按下按钮（也 可以使用快捷键 Ctrl+R）进行精修。结果见下图 1-8 所示。 图 1-8 需要删除结构中多个大圆球，因为相应位置无原子。直接左键点击多 个大圆球， 选中后圆球变绿， 如下图 1-9 所示。 然后按下键盘上 Delete 键可以直接删除原子。然后再多次按下精修多次。直 到 Shift/esd 变绿为止。至此所有原子已经找出，接 下来该指认原子类型。 （如果有原子未找出，可以选中相应 Q 峰，再 点击中 C 按钮，将相应 Q 峰指认成碳 C） 图 1-9 根据键长键角数据（将鼠标直接移到键上可以查看键长值） 、Uiso 值（将鼠 标直接移到原子上可以查看 Uiso 值） 、Q 峰可以明显判断出哪些原子为氧原子， 点击选中这些原子，见下图所示。然后点击中
6、O 按钮可以将相应 原子标记成 O。标记后这些原子变成红色（olex2 中默认氧原子显红色）见下图 1-11 所示。然后再多次按下精修多次。直到 Shift/esd 变绿 为止。 图 1-10 图 1-11 所有原子类型指认完成后进行各向异性精修，点击按钮，然后再多次 按下精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。 结果见下图 1-12 所示。由于本数据分辨率尚可，从图中可以明显看出 Q 峰位置 即为氢的位置。 图 1-12 各向异性精修后进行加氢，点击按钮，然后再多次按下 精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。结果 如下图 1-13 所示。加氢的时候建议将按钮前的勾去掉，这样加氢后不 直接进行精修，可以检查。如果有原子上没有加氢，可以手动加氢，选择菜单中 ModeHFIX选择氢类型， 然后点击相应原子加氢， 加完后按 ESC 退出 Mode 模式。 如果有原子上不该加氢， 可以直接点击相应氢删除 （注意： 氮原子上经常多加氢） 。 如果有原子上氢类型指定错误可以先删除氢再使用上述 HFIX 加氢。 图 1-13 最后精修权重， 选择 Weight 后的方框， 使其打钩。然
7、后再多次按下精修多次。直到 Weight 中两个数 值变绿为止。精修工作到此结束。 如果需要更改原子编号选择 WorkNaming。如下图 1-14 所示。 图 1-14 Start 表示从几号开始，必填。Suffix 表示下标，选填。Type 表示原子类 型，必填。然后把 Automatic Hydrogen Naming 后面打钩。填完后按 Name 按钮 开始点击命名。每命名一个原子，原子编号自动加 1。命名完成后点击 ESC 退出 命名 Mode。Refine 一次所有原子命名就改了。 所有都更改完毕后点击最上方按钮，输入 acta、conf、bond $h 等指 令然后refine一次生成cif。 生成cif后， 点击左上方按钮可以使用platon 验证 cif，也可以在下方处输入 spy.olexplaton(U)验证，两种方法均需要照 0.2 中配置 platon。验证结果在下方输入 edit chk 查看。 2. 各个选项卡和按钮的作用 在上一部分中通过实例介绍了 olex2 的基本使用方法。 接下来对常用选项卡 和按钮作用一一描述。每个常用按钮前面标记也可以点击打开提
8、示。 2.1 右边选项卡Start 选项卡中包含四个选项。分别为： Open Existing Structure or Data File：打开文件，也可用 ctrl+O 代替。 Sample Structures：一些实例，可以看看。 Documentation： 帮助文档， 与命令有关， 多数可以用按钮代替。 GUI Width： 调整界面大小。 选项卡Setting 选项卡中都是一些关于 olex2 的设置，除了 Background 之外其他不建议改变。 选项卡Tutorials 选项卡、Extension Module 选项卡、News 选项卡不常用，略过。 2.2 2.2.1 选项卡Solve 同解粗结构有关，包括如下选项： Solution Program：解析程序，可以选择 SIR、XS、olex2.solve 等多个选 项（前提是已经安装或配置相应程序） 。 Solution Methods：解析方法，可以选择直接法或者重原子法（对应 XS） 。 Reflection File：衍射文件，多数时候只有一个，当去除溶剂时可能有多 个，注意选择。 Chemical Co
9、mposition：化学组成，同 ins 中给出的组成相同，可以在 ins 中更改。 Z and Z：Z 值，可在 ins 中更改。 Space Group：显示了当前空间群，有时无法解析时可以点击 Suggest SG， 给出其他空间群尝试。 Solution Setting Extra：给出了解析程序的一些参数，按需修改。当使用 SIR 时可以将其中 GUI 选项打钩，当使用 SIR 时可以看到图形界面。 2.2.2 选项卡Refine 同精修有关，包括如下选项： Refine Program：精修程序，一般选 ShelXL 或者 XL。 Method：精修方法，选最小二乘法就行。 Reflection File：衍射文件，多数时候只有一个，当去除溶剂时可能有多 个，注意选择。 Max. refinement cycles and peaks：精修轮数和 Q 峰，cycles 表示精修 轮数，Peaks 表示 Q 峰数目，根据需要手动更改。 Weight：权重，精修最后阶段后面打钩精修即可。 Extinction correction：精修时提示 EXTI 时，勾选后精修即可。 Use solvent mask：溶剂扣除，最好使用 platon 的 squeeze，olex2 自带的 这个不生成 cif。 Refinement Settings Extra：一些精修的参数，如 L.S.、PLAN、FMAP 等， 需要的话自行修改。 2.2.3 选项卡Report 同报告有关，同 XCIF 作用一样。直接点击 Report或者Make Report按钮可以生成报告 （Style和Begin with选择default， End with 选择 footer，可选太少） ，而查看键长、键角值。Cif 方面可以输入 Collection、Crystal 直到 Reference 等信息，完成这些后可以由 Olex2 自动生 成 cif，然后合并（Merge cif 按钮，不够可用 add CIF 添加）到精修生成的 cif 中去。最后点击 Checkcif 按钮可以在线验证 CIF 文件。 2.2.4 选项卡Toolbox Work 为一些常用的小工具。 Labels：标记工具，可以标记原子名称、占有
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