生物信息学习题集

1、生物信息学课堂操作练习一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列inten上的自教课程，初步理解不同的数据库和分析工具二、 生物数据库.熟悉多种数据库。. 重点理解GenBak和SWISS-PRO所涉及的多种功能和合用范畴。三、 核心词或词组为基本的数据库检索 纯熟掌握te检索体系。2.查找与水稻抗病基因a21有关的资料(1) 由多少碱基构成?编码多少个氨基酸？(2)exon和intn的位置?（3) 与否有3Dtuctue数据?) 由多少碱基构成?编码多少个氨基酸? 4623b.p, 1025Aa.； )o和into的位置? Exn： 470,5433 itron: remaing; 3） 与否有3Dstucture数据？ 没有.3. 查找C.eegans基因组的资料。()chromosmeI的测序与否已完毕?() 已知的hromsoI的序列有多少碱基?序列刊登在哪份杂志上？期号和页码?） chrosoe I的测序与否已完毕? 完毕.2)已知的chomosomeI的序列有多少碱基?序列刊登在哪份杂志上? 期号和页码? .74M.p.（1502421.p), Since 199 Jn ;2

2、83(398):35. 查看人类基因组第染色体上基因的分布。,et,l&INK=ONVRBOSE=ON&CHR5. 查看raipsis的系谱树,以及Aabidopsi第染色体上的序列。比较rabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 （， ) 貌似没什么区别比较Arabdpsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6. 与etoansposn有关的文献资料有多少篇? 574,(在pubmed中直接查找核心词,32) 与ie etrotransson有关的文献有多少篇？2,(在pubed中直接查找核心词, 8)7检索我校在1月刊登的被PuMd收录的科研论文uazhonggricultur nivrsy，7. 熟悉S检索体系。8 熟悉DBGET检索体系。四、 核苷酸和蛋白质序列为基本的数据库检索1 理解LAST FreqentAsked Qstions的答案。.以大麦Mlo基因（Z8834)为查询序列（) 用Bastn能检索到多少条与Ml同源的序列？与Mlo同源的序列：共找到6条与Mlo同源的序列（2) 在使用Bastn检索中，如变化E alue的阈值,能检索到多

3、少与o同源的序列?将E vlu (Expec threhol）由默认的0改为1时,仍有6条同源序列。若将E值改为5e-9时可以找到61条同源序列。(） 如何去掉alinmen过程中浮现的小写字母？ 这里所说的小写字母就是浮现反复序列时被算法筛选后浮现的n。将Algorith arameters中的Filts and Making选项里的Low coplexity egion前的勾去掉就可以去掉比对过程中浮现的小写的n。（4) 用PS-BL检索到的与Mo蛋白同源的序列与用Bastp检索到的同源序列与否有差别？PSIBLAST的特色是每次用prfile搜索数据库后再运用搜索的成果重新构建 rofile,然后用新的proie再次搜索数据库,如此反复直至没有新的成果产生为止。PSI-BLAT先用带空位的BAS搜索数据库,将获得的序列通过多序列比对来构建第一种profile。PSI-BAT自然地拓展了BLAST措施,能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表白这种方 法可以有效的找到诸多序列差别较大而构造功能相似的有关蛋白，甚至可以与某些构造比对措施，如radig相媲美。S-BLAST服务可以在 N

4、CBI的BLAST主页上找到，还可以从NI的FTP服务器上下载PSI-BLAS的独立程序。一方面得到lo的蛋白质序列:AB06083；然后用bastp检索。选中PSI-BLAST。第一次检索得到100个同源序列，再以这些序列为基本，再次检索，得到标有new的序列。第三次检索，已经没有具有ew的序列，检索结束。() 熟悉HIBLAT检索措施。(6) 用o基因序列检索蛋白质数据库能找到多少同源序列？使用BLTX,输入cession mb ：8834,找到10个同源序列3.从以Mo基因的氨基酸序列检索到的同源序列中任取两条序列,用BAT 2 quens作分析,看它们之间与否存在同源序列。lo基因氨基酸序列号:CAB063选用两条为：P93766、AK9495可以看到具有较高的同源性。Ienities = 3/42 (1%),Positive 424 (9%)五、多序列对位排列分析和系谱分析.用大麦Mlo基因(8）编码的蛋白质序列在数据库中检索同源序列，找出与 Mlo同源限度最高的此外9条序列。对位排列这10条序列，拟定这些同源序列的保守区段；分析这些保守区段与否构成已知构造域(domain)

5、或模体(mtif)。 1.在NBI中的nucleotie数据库中输入Z8334,点击链接到蛋白质序列，用FASA格式输出,复制该蛋白序列2.进入NCBI的BLAT,选择prtein blast,粘贴所复制的蛋白序列，进行ba.在成果中选中同源度最高的1条成果,点击e leced seqences4在dplay中选则FASA,et 中选则et，复制有内容。5.在EBI的ClstW分析网页粘贴序列，点击run2.练习使用多种修饰功能修饰对位排列上述10条序列。 Boxshde功能 在多序列对位排列成果网页复制序列排列成果 在“Boxshade”网页（ttp:/.ebnetorg/oeBOX_form.htl)粘贴序列，在“npt seee om”栏目选择“LN”，在“Otpu fort”栏目选择“_ew” 在成果网页点击“her isyour out nuber ”,得成果。2. 颜色修饰功能“Clustal Resuts”网页展示多序列对位排列成果点击“hw ors”用不同颜色的字母展示对位排列成果3.根据系谱分析，上述10条序列中哪两条序列的同源限度最高？ 1. “ClustlWesu

6、ls”网页展示多序列对位排列成果2. 点击“ow asogram Te”展示hylgram Tee，可据此判断同源限度。4.用大麦Ml基因（Z83834)序列检索数据库，找出与Mlo同源限度最高的此外条序列。对位排列这5条序列,拟定这些同源序列的保守区段；分析这些保守区段与否构成已知构造域(domain）或模体（moti)。 1. 进入NB的BLAT, 选择ucleotid blt,粘贴基因序列号3834,进行bast2. 在成果中选中同源度最高的5条成果,点击ge seced sequences3. 在isplay中选则FAST，sendt中选则ex，复制所有内容。4. 在EBI的ltaW分析网页粘贴序列,点击ru六、 基因构造分析1. 从核苷酸数据库中选择DN序列,试用不同的分析工具分析真核生物和原核生物的基因构造，并将分析成果与核苷酸数据库中的成果相比较。2. 掌握GenSca和GeneFinng中的多种分析措施。七、 蛋白质构造分析1. 从数据库中任选一蛋白质的序列作分析对象，熟悉分析蛋白质的一级和二级构造的措施。以猪eptin蛋白为例，在ncbi上查找到其序列,再转至EXas

7、 网站 1：P 、M、氨基酸构成 2：疏水性 3：反复序列 andrae/aersrep/sachtml二级构造 nomi/nnpreithtm(貌似这个网站不能搜) 2. 大麦Mo基因(Z83834)编码的蛋白质是膜镶嵌蛋白质还是膜附着蛋白质？先搜出lo蛋白的序列,输入，由图形看出是膜镶嵌蛋白，跨膜六次。3.水稻抗病基因Xa21的产物位于细胞的什么部位?基因Xa21:3713.1 在nci中输xa21 gne” Oyza sat”,找到x序列。输入得到plas的得分最高，阐明该蛋白在细胞膜上. Xa21基因产物与否糖蛋白？什么类型的糖蛋白？分析与否是糖蛋白在和阐明是N连接的糖蛋白5.Xa21蛋白的亲水性和疏水性如何?Gd aeag of ydahict (GV): .049亲水性分析Hyphiiy0 ,疏水强 , 亲水强。阐明2蛋白有轻度疏水性八、农业类数据库的运用1.熟悉多种农业类基因组数据库,重点以Gramene、rainGenes和ArkD数据库为例，掌握多种内容的查询措施。2 分子标记RKKR0005056位于火鸡的第几号染色体？它在这条染色体上的遗传位置?ARKMR0055

8、36位于火鸡第一号染色体,遗传位置是125.8003 水稻的JRGP RFLP分子标记遗传连锁图的3号染色体上定位了多少个分子标记?覆盖了多少遗传距离?有个分子标记，覆盖16.40CM+SelectedMs&emap_star=&_map_stop=&ft_centromer=2&ft_est=2ft_gene2&ftgenomi-dna2&t_marke2_p2&ft_rl=2&ft_ts=2&prv_refpecies_acrie&prev_efap_ccs&ef_map_stccjrgp-fp&re_speies_=re&data_srce=aene4.水稻11号染色体上定位的标记DO534属于什么类型的分子标记?来源于什么物种？.CD53属于RFLP分子标记，来源于Aen aiva物种水稻分子标记R101所在的染色体位点与否有QTL信息?什么类型的QTL？RG01所在的染色体位点有Q信息有多种类型的QTL，例如sed nmbr，siel ensity,plant heih，spielet nber6 水稻号染色体上定位的标记C108属于什么类型的分子标记?来源于什么组织?序列与否已知？C108属于类型的分子标记， 来源于callu组织. 序列已知。 水稻分子标记M7所在的染色体位点与否有QTL信息？什么类型的TL？有culm ength九、 核酸序列的其她分析措施. 大麦Mo基因（Z83）的CG含量是多少？58.89%2

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