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本作的剧情跨越时间为 1961 年~1968 年，另外有一关雷泽诺夫的回忆， 控制雷泽诺夫与迪米特里并肩作战，时间是1945 年（二战关卡） 二战后期，第三帝国意识到战败已成定局，于是开始研究 “非常规方 案”，之后代号为 Nova 6 的研究计划启动，由生化博士弗里德里希 ·斯 坦纳（Dr. Friedrich Steiner）带队的纳粹科学家（其中有一位叫克拉克 的化学工程师）成功研制出一种毁灭性的大规模杀伤性毒气，纳粹甚至已 经计划好通过 V2 导弹和毒气对盟国发动袭击，准备先对华盛顿和莫斯科下 手幸运的是，在这千钧一发的时刻，运载毒气的货轮在北极圈附近遭到英 军轰炸而搁浅了，更倒霉的是，德军还没来得及回收毒气，盟军就已经攻陷 了柏林，元首希特勒自杀，德国投降了，这样一来毒气已经没有了存在的必 要德军曾暗中派遣一支 SS 党卫军部队随舰保护，并准备万一货轮遭到袭 击就销毁毒气但是斯坦纳博士是个有野心的人，他不甘心就这么结束，于 是他暗中联系了苏军某军官德拉格维奇（ Dragovich，本作头号 Boss） 于是，苏军计划了一次 “奥林匹斯行动 ”（operation olympus）。

剧剧情情按按时时间间线线编编排排 1 19 94 45 5 年年 1 10 0 月月 2 29 9 日日，德拉格维奇和他的副官克拉夫琴科 （Kravchenko，本作第二号 Boss）带领苏军第三突击集团军（ 3rd shock army）突袭货轮残骸，在这次行动中，原5 代的苏军战役主角迪米特 里·彼得连科和维克多 ·雷泽诺夫（ Dimitri Petrenko 和 Viktor Reznov，迪米特里就是 5 代中苏军关卡玩家控制的角色，而雷泽诺夫就是在 苏军关卡和迪米特里并肩作战的老头）也参加了这次行动5 代中苏军 最后一关，迪米特里和雷泽诺夫攻入柏林国会大厦，迪米特里在胜利的最后 关头中了冷枪，但最后仍坚持把苏联国旗插上国会大厦楼顶，之后这两位在 没有返回苏联本土的情况下就又被分配到第三突击集团军，参加了这次行动，而德拉格维奇和克拉夫琴科正是当年德军围攻斯大林格勒时临阵脱逃的两个 指挥官 行动非常顺利，在德拉格维奇、克拉夫琴科、迪米特里、雷泽诺夫的带 领下，苏军很快突入德军内部，找到了斯坦纳博士，然后顺利拿到了毒气 （毒气没有来得及被党卫军销毁）这时，德拉格维奇想试试毒气的威力， 同时主要也是为了排除身边的反对派，于是将雷泽诺夫和迪米特里的部队逮 捕。

之后就在那个货船中，迪米特里在密闭舱里被毒气毒死，死状极惨，而 在雷泽诺夫要被毒死的时候，英军特种部队杀到（应该是来抢毒气的），德 拉格维奇和斯坦纳等人立刻撤走，而雷泽诺夫和几个幸存的弟兄在混乱中从 英军和苏军之间杀了出来，同时为了不让任何一方得到Nova 6，雷泽诺夫 将货轮炸沉，但是斯坦纳博士还活着，毒气并没有完全消失之后雷泽诺夫 被德拉格维奇抓获，强行关入了沃尔库塔（ Vorkuta）集中营 1 19 96 61 1 年年 4 4 月月 1 17 7 日日，美国对古巴发动猪湾行动（即历史上的 “吉隆滩 之战”），游戏中的剧情和历史不同， CIA 特工亚历克斯 ·梅森（Alex Mason，本作主角）和队友伍兹（ Woods）、鲍曼（ Bowman）组成了代号 40 的小组奉命刺杀古巴共产党领袖菲德尔 ·卡斯特罗（ Fidel Castro）行 动非常顺利，三人顺利杀入卡斯特罗官邸内部，梅森亲手杀死卡斯特罗，之 后三人顺利登上逃亡的飞机，但是在飞机因机场跑道被敌人用车辆堵塞而无 法起飞，梅森毅然跳下飞机利用路边的防空炮击毁路障，飞机顺利起飞逃走， 但梅森却被古巴共产党抓获梅森醒来后，发现自己在海边，旁边有一艘写 有 RUSALRA 的大货轮（这实际上就是德拉格维奇发布广播的秘密通讯基地）， 而卡斯特罗竟活生生站在自己面前，另外还有德拉格维奇和克拉夫琴科。

通 过他们的谈话得知，卡斯特罗早已知道CIA 的刺杀计划，梅森杀死的只不 过是个替身，之后卡斯特罗将梅森当做 “礼物”交给德拉格维奇，并请德 拉格维奇折磨他 梅森被送到了沃尔库塔集中营，在这里德拉格维奇和斯坦纳博士似乎有 另一个秘密研究，他们对某些犯人进行洗脑，让其为自己服务由于梅森本 就是 CIA 特工，很适合拿来作杀人工具，于是被他们实施了洗脑，灌输了刺 杀美国总统肯尼迪的命令，同时还在大脑里植入了一套密码破译程序但是 梅森具有超强的意志，对德拉格维奇的命令并没有很明确的反应，于是判定 对他的洗脑失败了，斯坦纳博士放弃了梅森，将他送回集中营，负责拖他回 去的正是雷泽诺夫雷泽诺夫一心想要报仇（德拉格维奇不止一次背叛他， 而且迪米特里的仇也要报），但是凭他自己似乎实力不足，于是当他发现梅 森被洗脑的事情后，就对梅森灌输了 “德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳 都必须死！”的思想日后梅森与雷泽诺夫相识，并和其成为了好朋友，雷 泽诺夫计划将梅森送出去而梅森自己对于被洗脑的事情一无所知 1 19 96 63 3 年年 1 10 0 月月 6 6 日日，雷泽诺夫领导劳工们发动了计划已久的暴乱，混乱 中大量劳工被杀，梅森和雷泽诺夫并肩作战，成功杀出沃尔库塔，最后雷泽诺夫送梅森跳上了路过的一列货运火车，而他自己为了让梅森能成功脱身而 驾驶卡车朝另一个方向开去，以吸引追兵的注意，之后梅森成功逃出，雷泽 诺夫生死不明。

一一个个月月后后，，1 19 96 63 3 年年 1 11 1 月月 1 10 0 日日，梅森回到了美国，在通过忠诚测试后， 又重新成为 CIA 特工，贾森 ·哈德森（Jason Hudson）成为了他新的搭档 肯尼迪总统在五角大楼亲自召见了梅森，这次见面中梅森产生了杀死肯尼迪 的冲动，但是他压制住了自己肯尼迪给了他一个刺杀苏联激进分子德拉格 维奇的任务，梅森接受了任务 一一周周后后，，1 19 96 63 3 年年 1 11 1 月月 1 17 7 日日，，CIA 实施了闪电行动，几名特战队员伍 兹、梅森、鲍曼、布鲁克斯（ Brooks）配合内应威夫尔（ Weaver）袭击苏 联的拜科努尔（ Baikonur）航天发射场，任务包括：杀死由一些投降苏联的 纳粹科学家组成的阿松森组织的成员，以及破坏这些科学家为苏联开发的联 盟 2 号火箭（导弹），并消灭苏联激进分子（包括德拉格维奇）威夫尔在 这次行动中暴露了自己，被克拉夫琴科扎瞎了一只眼睛，但还是被众人救出最后众人杀到火箭控制台，可时间却已经不够了，威夫尔无法停止火箭发射， 情急之下梅森拿起存放在控制台门口的一支M72 LAW 把火箭打了下来，并 趁乱杀死了科学家们。

之后，梅森执意要找到德拉格维奇和克拉夫琴科并亲 手杀死他们（被洗脑的后果），但克拉夫琴科已经乘直升机离开，梅森一行 人最终击毁了德拉格维奇的座车，但不知德拉格维奇是否死亡 1 19 96 68 8 年年 1 1 月月 2 21 1 日日，梅森和哈德森被编 入 MACV-SOG 小组来到越南溪山 美军营地，调查并搜集苏联暗中在越南行动的证据，在这里二人与伍兹相遇 此时刚好碰上越南共产党发起溪山战役大举炮击进攻，于是三人协助基地内 美军击退了北越军队的进攻，最后鲍曼来到营地加入小队 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 2 2 日日，美军在越南已经接近失败，有消息称西贡市（即今胡 志明市）内一个苏联叛徒手中有一份重要档案，现在该人在西贡市内 MASV-SOG 的安全屋中，但营地已经与安全屋失去联系但是梅森并不愿意放 弃，SOG 毅然空降到被围攻的西贡寻找证据，在某幢大楼里，梅森与雷泽诺 夫相遇并找到一份档案，竟然是关于Nova 6 计划的之后小队在掩护一队 美军撤离后成功撤退 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 9 9 日日，通过对文档的研究， CIA 发现了其中一个线索 —— 化学工程师克拉克（ Clarke），很快 CIA 便确认了克拉克的藏匿地址：香 港九龙！于是哈德森和威夫尔便被派到九龙，抓住了克拉克并审问他，克拉 克说出了斯坦纳博士及其实验室的地址，但是没等克拉克说出更重要情报， 苏联特种部队就杀到了。

克拉克释放了事先布置好了毒气，使苏军遭受重创， 克拉克带领哈德森和威夫尔逃到小房间里，然后打开一个密室，里面竟然是 个私人军火库，三个人拿上武器冲出包围，途中克拉克说出了一串数字，但 是在他刚要说出这串数字的含义的时候却被流弹打死哈德森和威夫尔则在 援军到来后成功撤退 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 9 9 日日，，根据之前找到的文档， CIA 怀疑克拉夫琴科上校 （德拉格维奇的副手）在越南进行毒气测试，同时CIA 得知克拉夫琴科上 校在越南北部，于是在越南的 SOG 小组（伍兹、梅森、鲍曼三人组）便被派 往越北搜寻证据并除掉克拉夫琴科，但是他们搭乘的飞机在途中被击落了， 之后三人通过水路潜行，摸进了一个北越营地，最后梅森在北越军的一处洞 穴里发现了克拉夫琴科的通讯站，但是克拉夫琴科早已逃走，梅森只拿到了 一些资料 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 1 11 1 日日，从哈德森那里得到消息说，有一架装载Nova 6 毒 气的苏联运输机在老挝边境坠毁，于是SOG（伍兹、梅森、鲍曼）半夜乘船 赶往老挝越南边境搜寻飞机残骸，最后发现残骸里根本没有Nova 6，反而 只有大量苏联仿制美军的武器，之后发现这是个圈套，三人被围攻上来的大 批敌人俘虏。

梅森发现敌人的指挥官正是德拉格维奇和克拉夫琴科 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 1 18 8 日日，CIA 判定梅森等人在行动中失踪，生存可能性很低 梅森失踪后，哈德森只能自己带领威夫尔、哈里斯（Harris）、布鲁克斯共四人在黑鸟侦察机的指引下前往之前由克拉克提供的位于乌拉尔山脉的亚 曼托山的斯坦纳博士的实验室在任务过程中，哈里斯掉下悬崖牺牲，其他 人最终找到了斯坦纳的办公室，但是斯坦纳并没有在这个基地，整个基地布 满了炸弹和导线这时斯坦纳破解了哈德森等人的无线电频率，并联系到了 他们，斯坦纳告诉他们，德拉格维奇正在清理所有与Nova 6 有关的设施和 人员，他自己也将遭殃（ Nova 6 已经研发完毕，德拉格维奇又要灭口了） 而且德拉格维奇在美国布置了大量毒气仓，只要通过广播特定的密码，这些 毒气仓就会自动开启，以挑起美苏之间的战争德拉格维奇很快会开始广播， 只有斯坦纳自己知道如何停止广播，同时他又说了自己的所在的基地—— 咸海的重生岛，言下之意就是要美军去那里救他之后威夫尔拍下了毒气仓 的布置点，大家便杀出基地 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 1 19 9 日日，剧情回到梅森这边，梅森等三人被捕后，被关在老 挝某处审讯，德拉格维奇派遣了一队Spetsnaz（苏联特种部队）协助北越 游击队看管被关在水牢中的三人，一个Spetsnaz 军官出于无聊让三人玩俄 罗斯轮盘赌，鲍曼因不满而被杀，随后梅森与伍兹互相配合，借机杀了几个 看守逃了出来，并抢来了苏军停在营地门口的直升机，两人开着抢来的直升 机端掉了敌人的一个营地并摧毁了敌人的输油管。

随后二人杀到另一处基地， 营救了一队被俘的美军，并得知克拉夫琴科就在基地里，最后梅森被克拉夫 琴科偷袭，为了救梅森，伍兹用匕首刺中克拉夫琴科，但克拉夫琴科拉开了 身上的炸药，伍兹为了不殃及梅森，抱着克拉夫琴科冲出玻璃窗，与其同归 于尽 1 19 96 68 8 年年 2 2 月月 2 23 3 日日，得知了斯坦纳的地址的梅森和雷泽诺夫一起来到重 生岛，由于他脑子里有 “德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳都必须死 ”的 信念，所以他一定要亲手杀死斯坦纳（或者亲眼看到斯坦纳死）事实上这时候，哈德森等人已经在去重生岛营救斯坦纳的路上了，不过由于哈德森等 人是正面杀入，并且遭到驻守的苏军引爆毒气武器攻击，而梅森是从后方潜 入，所以最后梅森和雷泽诺夫稍快几分钟，。