Primer_Premier_5.0_使用技巧.ppt

Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0 的使用技巧简介的使用技巧简介主要功能:1、引物自动收索及引物分析评价(引物设计)2、限制性内切酶位点分析3、DNA 基元(motif)查找4、同源性分析引物设计软件引物设计软件primer premier 5.0的使用的使用可通过两个方法将序列输入软件中可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列在表中粘贴序列打开原有的序列文件打开原有的序列文件选择序列文选择序列文件所在位置件所在位置Ø 在对话框中输入待扩增序列在对话框中输入待扩增序列Ø 点击左上角的点击左上角的“Primer”按钮按钮ØHairpin: 引物自身是否会形成发夹结构引物自身是否会形成发夹结构ØDimer: 同一种引物是否会形成二聚体同一种引物是否会形成二聚体ØFalse primiring: 引物在待扩增序列中其他位置是否有配对引物在待扩增序列中其他位置是否有配对ØCross Dimer: 正向与反向引物间是否会形成二聚体正向与反向引物间是否会形成二聚体引物设计界面引物设计界面正向和正向和反向引反向引物的互物的互换换正向和反向正向和反向引物的评价引物的评价正向和反向正向和反向引物的信息引物的信息每点击左每点击左边红色的边红色的按钮，就按钮，就出现相应出现相应的内容的内容对正向和反向引物进行编辑对正向和反向引物进行编辑参数选择参数选择突变碱基突变碱基Premier的主要功能：的主要功能：引物搜索选项设定引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度搜索结果搜索结果28对引物引物分值100分为满分每对引物的信息双击选中一对引物引物及产物信息是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer回到主窗口引物编辑引物编辑可对引物进行增加或减少碱基可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了用键盘输入了5 5个碱基个碱基引物的信息引物的信息改动后引物的信息改动后引物的信息重新回到双引物的界面重新回到双引物的界面“Edit”－－“Copy”－－“Sense Primer”5' CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA 3'输出引物序列输出引物序列引物编辑引物编辑Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window酶切位点分析酶切位点分析Oligo 6.44 Oligo 6.44 使用说明使用说明主要功能：专门的引物设计软件Oligo 6.44 启动界面启动界面Open sequence file3个弹出窗口个弹出窗口Melting temperatureMelting temperature∆G Internal StabilityFrq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。

该频率高则可增加错误引发的可能性用用Oligo 设计引物时的设计引物时的3个标准个标准lTm 值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应lFrq 曲线宜选用3’端Frq 值相对较低的片段lΔG 值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低选中引物选中引物上游引物下游引物只是示意图引物分析引物分析l首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性l二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好l第三项检查为GC 含量，以45-55％为宜l第四False priming 检查引物分析引物分析Key information of primerHairpinDimer and cross DimerGC%Total PCR informationFinal PCR informationSearch for primer using Oligo 6.44Search primer。