在基因表达数据的基础上识别肿瘤相关microrna_图文.ppt

Identifyingcancer-relatedmicroRNAsbasedongeneexpressiondata在基因表达数据的基础上识别肿痨相)T二门′Jm|C「ORNAXing-MingZhaol*,Ke-QinLiu2,3,GuanghuiZhu5,FengHel,BEatriceDuval3,Jean-MichelRicher3,De-ShuangHuangl,Chang-JunJiangl,Jin-KaoHao3,“,LuonanChen4心1SchoolofElectronicsand|n鸢orma‖nEngineeriShanghai201804,China上海同导佶L工程2CenterforBioinformaticsandSyStemSBiology「DepartmentofRadiologyWakeForestSchoolofMedicine,WinstonSalem,NC27157,USA美国WakeForest医学院放射科生物信息学和系统生物学中心3LERIA,UniversityofAr丨刍」_rs2BoulevardLavoisier49045AngersCedex01,France法国Anger大4KeyLaboratoryofSystemsB阊ogY′ShanghaiInstitutesforB…怕旱Sciences,ChineseAcadem差Sciences,Shanghai200031,China画科院上海生物科学研究所系统生物学验室5DepartmentofMathen丨a‖C5′ShanghaiUniversity,Shanghai200444,China上海大学数学系8TongjiUniversity工程ABSTRACT(摘要)收皿影狙ˇ彬联姚视匹“和「祥伊芸“圭万粼兵彩的|谅米世翟万“非圭妮B习|基买小欧孔“乱5婉献紧灵坤仁婉史县毛“始狄花北扎-个的朗东壬壁能妤仁|炼|训蕲奂明妹“郎人杜挂诊翩厂县一央怡旗怀s。

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这些探针将会被与从GEO得到的注释文件一起注释到基因中与多个探针相关联的基因,分配到表达谱中265CotnteragsngnamincuoAecoaoanaE皂aangIntoiesopmeimnnssesrdtewipecofcacenNIDeconCounnbannonwsEopoosinoo)opuroruroopurouro2METHODS2.2miRNAtargetgenes利用不同工具工具收集microrna的靶基因预测,所有的micrna都从miRBase下载至少有两个工具预测出的靶基因被保留无靶基因的不用考虑延长miRNA-gene交互结果,我们得到了一组miRNA-gene交互集涉及547个microrna和6796个基因,其中每个m_cmma的干均靶基遍大约12个2.3Tissuespecific(特定组织)miRNAexpressionprofiles“microRNA〔Cmi)在组织l乏勋的组织特异性得分的定义:y=(r-DB/二B(1).其中E表示mi在j中的表达程荣N表示mi表达的组织数目如果T达到一定的闻值,认为mi在tj特异性表达若mi在多个组织中均有表达,只承认mi丰度最高的。