基因本体论GeneOntology概览课件.ppt

基因本体论(Gene Ontology)概览报告：孔垂亮导师：高 琳日期：10/09/27Designed by Morrain1基因本体论(GeneOntology)概览为什么要建立Gene Ontology•解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致•使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性•允许在各种水平查询基因产物的特性2基因本体论(GeneOntology)概览Gene Ontology widely adopted AgBase3基因本体论(GeneOntology)概览GO(gene ontology)是: 基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一套适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义(terms)词汇标准4基因本体论(GeneOntology)概览GO语义的分类•分子功能(Molecular Function)描述在个体分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性•生物学过程(Biological Process)由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。

•细胞组件(Cellular Component)指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中(如糙面内质网，核糖体，蛋白酶体等)，即基因产物在什么地方起作用5基因本体论(GeneOntology)概览6基因本体论(GeneOntology)概览语义信息id: GO:0043473 name: pigmentationnamespace: biological_processdef: "The deposition or aggregation of coloring matter in an organism, tissue or cell." [GOC:krc]synonym:Noneis_a: GO:00081507基因本体论(GeneOntology)概览8基因本体论(GeneOntology)概览语义之间的关系•is a、part of (细胞质)(细胞器)(线粒体)(细胞器膜)9基因本体论(GeneOntology)概览语义关系之间的推导•is a· is a → is a•part of·part of → part of10基因本体论(GeneOntology)概览语义关系之间的推导•part of·is a → part of 与is a·part of → part of11基因本体论(GeneOntology)概览基因产物的注释•由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释•注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等•注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据12基因本体论(GeneOntology)概览AmiGOhttp://amigo.geneontology.orghttp://amigo.geneontology.org13基因本体论(GeneOntology)概览14基因本体论(GeneOntology)概览15基因本体论(GeneOntology)概览16基因本体论(GeneOntology)概览17基因本体论(GeneOntology)概览18基因本体论(GeneOntology)概览19基因本体论(GeneOntology)概览20基因本体论(GeneOntology)概览21基因本体论(GeneOntology)概览22基因本体论(GeneOntology)概览23基因本体论(GeneOntology)概览24基因本体论(GeneOntology)概览GO的应用•GO的局限性• GO 不是基因序列或基因产物数据库，相反的，GO强调基因产物在细胞中的功能。

•GO不能反映此基因的表达情况•用于基因组分析•用于基因表达分析•GO可能的应用25基因本体论(GeneOntology)概览GO可能的应用•整合来自于不同生物的蛋白组信息•判定蛋白结构域的功能•找到在疾病/衰老中异常表达的基因的功能类似性•预测与一种疾病相关的基因•分析在发育中同时表达的基因•建立起自动的能从文献中获取基因功能信息的工具26基因本体论(GeneOntology)概览Designed by Morrain27基因本体论(GeneOntology)概览。