核酸序列检索与分析.ppt

第四章第四章: 核酸序列检索与分析核酸序列检索与分析基因工程概论基因工程概论主讲教师主讲教师主讲教师主讲教师: : xxxxxx答疑答疑: 13xxxx76: 13xxxx76Email: Email: yixxxxin@yixxxxin@Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOv 核酸序检索核酸序检索 v 启动子序列定位及功能预测启动子序列定位及功能预测 v 基因表达读框分析基因表达读框分析v 核酸局部序列比对分析核酸局部序列比对分析本章内容本章内容Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO核酸序列检索核酸序列检索Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO主要数据库介绍主要数据库介绍GenebankEMBLDDBJYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvGenebank Genebank库包含了所有已知的核酸库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。

它是由美国国文献著作和生物学注释它是由美国国立生物技术信息中心立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护建立和维护的vNCBI的网址是：的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.govYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvEMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成服务完成v数据库网址是：数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvDDBJ数据库日本日本DNA数据仓库数据仓库(DDBJ)也是一个全也是一个全面的核酸序列数据库，与面的核酸序列数据库，与Genbank和和EMBL核酸库合作交换数据使用其核酸库合作交换数据使用其主页上提供的主页上提供的SRS工具进行数据检索工具进行数据检索和序列分析。

和序列分析vDDBJ的网址是：的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvNCBINCBI介绍：介绍：NCBINCBINCBINCBI建立在建立在建立在建立在1988198819881988年年年年, , , ,作为作为作为作为一一一一种公共种公共种公共种公共分子分子分子分子生物生物生物生物学学学学信息信息信息信息资源资源资源资源, , , , 而创建的而创建的而创建的而创建的公开数据库公开数据库公开数据库公开数据库vNCBINCBI的的计划计划：：1. 1. 1. 1.基本基本基本基本研究；研究；研究；研究；2. 2. 2. 2.数据库；数据库；数据库；数据库；3. 3. 3. 3.软件的开发；软件的开发；软件的开发；软件的开发；4. 4. 4. 4.教育教育教育教育和训练和训练和训练和训练Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv现在我们以查找现在我们以查找现在我们以查找现在我们以查找“ “大鼠心肌肌大鼠心肌肌大鼠心肌肌大鼠心肌肌凝蛋白轻链２凝蛋白轻链２凝蛋白轻链２凝蛋白轻链２” ”的基因序列为的基因序列为的基因序列为的基因序列为例，介绍如何从ＮＣＢＩ中在例，介绍如何从ＮＣＢＩ中在例，介绍如何从ＮＣＢＩ中在例，介绍如何从ＮＣＢＩ中获取所需要的核酸序列．线获取所需要的核酸序列．线获取所需要的核酸序列．线获取所需要的核酸序列．vv大鼠心肌肌凝蛋白轻链２大鼠心肌肌凝蛋白轻链２大鼠心肌肌凝蛋白轻链２大鼠心肌肌凝蛋白轻链２( (其其其其英文名称为英文名称为英文名称为英文名称为:myosin light :myosin light chain 2,Myl2)chain 2,Myl2)应用举例应用举例Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO1.进入Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO2.选择数据库3.查询关键词4.开始查询Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO序列的英文名称Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO显示格式符合条件的记录数每页显示数目Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO相关记录点击进入Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOGenbank格式的序列记录Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOv 核酸序检索核酸序检索 v 启动子序列定位及功能预测启动子序列定位及功能预测 v 基因表达读框分析基因表达读框分析v 核酸局部序列比对分析核酸局部序列比对分析本章内容本章内容Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO启动子序列定位启动子序列定位及功能预测及功能预测Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv真核生物基因表达在时间和空间上的有序性研究，已经成真核生物基因表达在时间和空间上的有序性研究，已经成真核生物基因表达在时间和空间上的有序性研究，已经成真核生物基因表达在时间和空间上的有序性研究，已经成为目前世界上最为活跃的科研领域之一。

真核生基因调控，为目前世界上最为活跃的科研领域之一真核生基因调控，为目前世界上最为活跃的科研领域之一真核生基因调控，为目前世界上最为活跃的科研领域之一真核生基因调控，根据其性质可分为两大类：根据其性质可分为两大类：根据其性质可分为两大类：根据其性质可分为两大类：vv第一类是第一类是第一类是第一类是瞬时调控或称可逆性调控瞬时调控或称可逆性调控瞬时调控或称可逆性调控瞬时调控或称可逆性调控，它相当于原核细胞对，它相当于原核细胞对，它相当于原核细胞对，它相当于原核细胞对环境条件变化所作出的反应瞬时调控包括底物或激素水环境条件变化所作出的反应瞬时调控包括底物或激素水环境条件变化所作出的反应瞬时调控包括底物或激素水环境条件变化所作出的反应瞬时调控包括底物或激素水平升降，及细胞周期不同阶段中酶活性和浓度的调节平升降，及细胞周期不同阶段中酶活性和浓度的调节平升降，及细胞周期不同阶段中酶活性和浓度的调节平升降，及细胞周期不同阶段中酶活性和浓度的调节vv第二类是第二类是第二类是第二类是发育调控或称不可逆调控发育调控或称不可逆调控发育调控或称不可逆调控发育调控或称不可逆调控，是真核基因调控的精，是真核基因调控的精，是真核基因调控的精，是真核基因调控的精髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的全部进程。

髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的全部进程髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的全部进程髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的全部进程Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv根据基因调控在同一时间中的先后次序，又可将其分为根据基因调控在同一时间中的先后次序，又可将其分为根据基因调控在同一时间中的先后次序，又可将其分为根据基因调控在同一时间中的先后次序，又可将其分为: :vv转录水平调控（转录水平调控（转录水平调控（转录水平调控（transcription regulationtranscription regulation））））vv转录后水平调控（转录后水平调控（转录后水平调控（转录后水平调控（posttranscriptionposttranscription regulation regulation））））vv翻译水平调控（翻译水平调控（翻译水平调控（翻译水平调控（translation regulationtranslation regulation））））vv蛋白质加工水平调控（蛋白质加工水平调控（蛋白质加工水平调控（蛋白质加工水平调控（protein maturationprotein maturation）等。

等vv它们均受到严格的调控其中，转录水平的调控是最为有它们均受到严格的调控其中，转录水平的调控是最为有它们均受到严格的调控其中，转录水平的调控是最为有它们均受到严格的调控其中，转录水平的调控是最为有力的调控力的调控力的调控力的调控Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGORNA聚合酶聚合酶vv启动子是一段位于结构基因启动子是一段位于结构基因启动子是一段位于结构基因启动子是一段位于结构基因5 5＇端上游区的＇端上游区的＇端上游区的＇端上游区的DNADNA序列，能序列，能序列，能序列，能指导全酶与模板的正确结合，活化指导全酶与模板的正确结合，活化指导全酶与模板的正确结合，活化指导全酶与模板的正确结合，活化RNARNA聚合酶，并使之聚合酶，并使之聚合酶，并使之聚合酶，并使之具有起始特异性转录的形式，故启动子是指确保转录精确具有起始特异性转录的形式，故启动子是指确保转录精确具有起始特异性转录的形式，故启动子是指确保转录精确具有起始特异性转录的形式，故启动子是指确保转录精确而有效地起始转录的而有效地起始转录的而有效地起始转录的而有效地起始转录的DNADNA序列。

序列 启动子序列启动子序列ATG……………………Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv真核基因的启动子在真核基因的启动子在真核基因的启动子在真核基因的启动子在-25-25～－３５区域含有ＴＡＴＡ序列，在－７０～－３５区域含有ＴＡＴＡ序列，在－７０～－３５区域含有ＴＡＴＡ序列，在－７０～－３５区域含有ＴＡＴＡ序列，在－７０～－８０区域含有ＣＣＡＴＴ序列，在－８０～－１１０含有ＧＣＣ～－８０区域含有ＣＣＡＴＴ序列，在－８０～－１１０含有ＧＣＣ～－８０区域含有ＣＣＡＴＴ序列，在－８０～－１１０含有ＧＣＣ～－８０区域含有ＣＣＡＴＴ序列，在－８０～－１１０含有ＧＣＣＡＣＡＣＣＣ或ＧＧＧＣＧＧＧ序列习惯上，将ＴＡＴＡ框上游的ＡＣＡＣＣＣ或ＧＧＧＣＧＧＧ序列习惯上，将ＴＡＴＡ框上游的ＡＣＡＣＣＣ或ＧＧＧＣＧＧＧ序列习惯上，将ＴＡＴＡ框上游的ＡＣＡＣＣＣ或ＧＧＧＣＧＧＧ序列习惯上，将ＴＡＴＡ框上游的保守序列称为上游启动子元件（保守序列称为上游启动子元件（保守序列称为上游启动子元件（保守序列称为上游启动子元件（upstream promoter upstream promoter element,UPEelement,UPE）或称上游激活序列（）或称上游激活序列（）或称上游激活序列（）或称上游激活序列（upstream activating upstream activating sequence,UASsequence,UAS））））. . vv然而，大多数的组织结构基因并没有严格地遵守上述规然而，大多数的组织结构基因并没有严格地遵守上述规然而，大多数的组织结构基因并没有严格地遵守上述规然而，大多数的组织结构基因并没有严格地遵守上述规GCCACACCC CCATTTATAATG……………………1-25-30-70-80-110UPEYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv基因组序列中基因组序列中基因组序列中基因组序列中启动子的存在与否启动子的存在与否启动子的存在与否启动子的存在与否以及以及以及以及含有何种启动子含有何种启动子含有何种启动子含有何种启动子对于了解相应基因的转录调控具有重要的意义。

一些对于了解相应基因的转录调控具有重要的意义一些对于了解相应基因的转录调控具有重要的意义一些对于了解相应基因的转录调控具有重要的意义一些保守的功能区如启动子、增强子、转录因子结合位点、保守的功能区如启动子、增强子、转录因子结合位点、保守的功能区如启动子、增强子、转录因子结合位点、保守的功能区如启动子、增强子、转录因子结合位点、内含子与外显子剪接位点等也可以通过生物信息学技内含子与外显子剪接位点等也可以通过生物信息学技内含子与外显子剪接位点等也可以通过生物信息学技内含子与外显子剪接位点等也可以通过生物信息学技术进行分析已有大量的数据库收集了启动子位点术进行分析已有大量的数据库收集了启动子位点术进行分析已有大量的数据库收集了启动子位点术进行分析已有大量的数据库收集了启动子位点（（（（promoter sitepromoter site）和转录因子结合位点）和转录因子结合位点）和转录因子结合位点）和转录因子结合位点（（（（transcription sitetranscription site）的信息 Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv是否含有以上数据库中所包括的序列模式。

联网至：是否含有以上数据库中所包括的序列模式联网至：是否含有以上数据库中所包括的序列模式联网至：是否含有以上数据库中所包括的序列模式联网至：http://http://www.fruitfly.org/seq_tools/promotewww.fruitfly.org/seq_tools/promoter.htmlr.html，可对基因序列进行启动子分析可对基因序列进行启动子分析可对基因序列进行启动子分析可对基因序列进行启动子分析vv以下我们以查找大鼠心肌肌凝蛋白基因序列及启动子功能以下我们以查找大鼠心肌肌凝蛋白基因序列及启动子功能以下我们以查找大鼠心肌肌凝蛋白基因序列及启动子功能以下我们以查找大鼠心肌肌凝蛋白基因序列及启动子功能分析为例，给同学们讲解核酸序列的检索与功能分析分析为例，给同学们讲解核酸序列的检索与功能分析分析为例，给同学们讲解核酸序列的检索与功能分析分析为例，给同学们讲解核酸序列的检索与功能分析Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOv 核酸序检索核酸序检索 v 启动子序列定位及功能预测启动子序列定位及功能预测 v 基因表达的读框分析基因表达的读框分析v 核酸局部序列比对分析核酸局部序列比对分析本章内容本章内容Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO基因表达的基因表达的读框分析读框分析Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvvmRNAmRNA需要翻译为蛋白南方能发挥其生物学作用，因此，需要翻译为蛋白南方能发挥其生物学作用，因此，需要翻译为蛋白南方能发挥其生物学作用，因此，需要翻译为蛋白南方能发挥其生物学作用，因此，核酸序列的可读框架（Ｏ核酸序列的可读框架（Ｏ核酸序列的可读框架（Ｏ核酸序列的可读框架（Ｏpen reading pen reading frame,ORFframe,ORF））））的分析在基因工程中具有很重要的作用。

对于真核生物而的分析在基因工程中具有很重要的作用对于真核生物而的分析在基因工程中具有很重要的作用对于真核生物而的分析在基因工程中具有很重要的作用对于真核生物而言，一条全长言，一条全长言，一条全长言，一条全长cDNAcDNA序列将只含有单一的序列将只含有单一的序列将只含有单一的序列将只含有单一的ORFORF一般情况下，按照序列是否含有合适的起始密码子和终止密码子况下，按照序列是否含有合适的起始密码子和终止密码子况下，按照序列是否含有合适的起始密码子和终止密码子况下，按照序列是否含有合适的起始密码子和终止密码子来查找最长的ＯＲＦ，或者在同一相位含有前置终止密码来查找最长的ＯＲＦ，或者在同一相位含有前置终止密码来查找最长的ＯＲＦ，或者在同一相位含有前置终止密码来查找最长的ＯＲＦ，或者在同一相位含有前置终止密码的起始密码子，并具在的起始密码子，并具在的起始密码子，并具在的起始密码子，并具在poly(Apoly(A) )末尾的区域视为最可能的末尾的区域视为最可能的末尾的区域视为最可能的末尾的区域视为最可能的ＯＲＦYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv利用计算机和互联网，对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网，对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网，对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网，对核酸序列的所有相位进行搜索可以很快地获得ＯＲＦ结果。

国际互联网上的ＯＲＦ分析资以很快地获得ＯＲＦ结果国际互联网上的ＯＲＦ分析资以很快地获得ＯＲＦ结果国际互联网上的ＯＲＦ分析资以很快地获得ＯＲＦ结果国际互联网上的ＯＲＦ分析资源有：源有：源有：源有：http://http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.htwww.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html(ORFml(ORF查找器查找器查找器查找器);http://);http://expasy.hcuge.ch/www/dna.htmlexpasy.hcuge.ch/www/dna.html( (将ＤＮＡ翻译将ＤＮＡ翻译将ＤＮＡ翻译将ＤＮＡ翻译为蛋白质为蛋白质为蛋白质为蛋白质) )Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOYour company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOv 核酸序检索核酸序检索 v 启动子序列定位及功能预测启动子序列定位及功能预测 v 基因表达的读框分析基因表达的读框分析v 核酸序列比对分析核酸序列比对分析本章内容本章内容Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGO核酸序列的核酸序列的比对分析比对分析Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv对核酸序列的首要分析是联网进行序列的同源性分析，以对核酸序列的首要分析是联网进行序列的同源性分析，以对核酸序列的首要分析是联网进行序列的同源性分析，以对核酸序列的首要分析是联网进行序列的同源性分析，以便能够利用最新的数据库反映该序列是否是已知序列以及便能够利用最新的数据库反映该序列是否是已知序列以及便能够利用最新的数据库反映该序列是否是已知序列以及便能够利用最新的数据库反映该序列是否是已知序列以及与已知序列同源性的高低。

典型的分析是采用与已知序列同源性的高低典型的分析是采用与已知序列同源性的高低典型的分析是采用与已知序列同源性的高低典型的分析是采用NCBINCBI的的的的BLASTBLAST软件对软件对软件对软件对GENBANKGENBANK中的非冗余数据库（中的非冗余数据库（中的非冗余数据库（中的非冗余数据库（non-non-redundant redundant database,nrdatabase,nr）进行查询该数据库是对）进行查询该数据库是对）进行查询该数据库是对）进行查询该数据库是对GENBANKGENBANK、、、、EMBLEMBL和和和和DDBJDDBJ中去除所有相同核酸序列中去除所有相同核酸序列中去除所有相同核酸序列中去除所有相同核酸序列进行整合后所得到的最为全面的已知基因数据库，其中还进行整合后所得到的最为全面的已知基因数据库，其中还进行整合后所得到的最为全面的已知基因数据库，其中还进行整合后所得到的最为全面的已知基因数据库，其中还包括了部分基因组的序列包括了部分基因组的序列包括了部分基因组的序列包括了部分基因组的序列Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvv运行时联网至：运行时联网至：运行时联网至：运行时联网至：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST　按照提示进行查询。

　按照提示进行查询　按照提示进行查询　按照提示进行查询Your company sloganYour company sloganLOGOLOGOLOGOLOGOvvggggtcgagt ggggtcgagt ggggtcgagt ggggtcgagt ccgcgtccacccgcgtccacccgcgtccacccgcgtccac ccgcgagtacccgcgagtacccgcgagtacccgcgagtac aaccttcttgaaccttcttgaaccttcttgaaccttcttg cagctcctcccagctcctcccagctcctcccagctcctcc gtcgccggtcgtcgccggtcgtcgccggtcgtcgccggtc 61 61 61 61 cacacccgcccacacccgcccacacccgcccacacccgcc accagttcgcaccagttcgcaccagttcgcaccagttcgc catggatgaccatggatgaccatggatgaccatggatgac gatatcgctggatatcgctggatatcgctggatatcgctg cgctcgtcgtcgctcgtcgtcgctcgtcgtcgctcgtcgt cgacaacggccgacaacggccgacaacggccgacaacggc 121 121 121 121 tccggcatgttccggcatgttccggcatgttccggcatgt gcaaggccgggcaaggccgggcaaggccgggcaaggccgg cttcgcgggccttcgcgggccttcgcgggccttcgcgggc gacgatgctcgacgatgctcgacgatgctcgacgatgctc cccgggccgtcccgggccgtcccgggccgtcccgggccgt cttcccctcccttcccctcccttcccctcccttcccctcc 181 181 181 181 atcgtgggccatcgtgggccatcgtgggccatcgtgggcc gccctaggcagccctaggcagccctaggcagccctaggca ccagggtgtgccagggtgtgccagggtgtgccagggtgtg 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661 661 accgagcgtgaccgagcgtgaccgagcgtgaccgagcgtg gctacagcttgctacagcttgctacagcttgctacagctt caccaccacacaccaccacacaccaccacacaccaccaca gctgagaggggctgagaggggctgagaggggctgagaggg aaatcgtgcgaaatcgtgcgaaatcgtgcgaaatcgtgcg tgacattaaatgacattaaatgacattaaatgacattaaa 721 721 721 721 gagaagctgtgagaagctgtgagaagctgtgagaagctgt gctatgttgcgctatgttgcgctatgttgcgctatgttgc cctagacttccctagacttccctagacttccctagacttc gagcaagagagagcaagagagagcaagagagagcaagaga tggccactgctggccactgctggccactgctggccactgc cgcatcctctcgcatcctctcgcatcctctcgcatcctct 781 781 781 781 tcctccctggtcctccctggtcctccctggtcctccctgg agaagagctaagaagagctaagaagagctaagaagagcta tgagctgccttgagctgccttgagctgccttgagctgcct gacggtcagggacggtcagggacggtcagggacggtcagg tcatcactattcatcactattcatcactattcatcactat cggcaatgagcggcaatgagcggcaatgagcggcaatgag 841 841 841 841 cggttccgatcggttccgatcggttccgatcggttccgat gccccgaggcgccccgaggcgccccgaggcgccccgaggc tctcttccagtctcttccagtctcttccagtctcttccag ccttccttccccttccttccccttccttccccttccttcc tgggtatggatgggtatggatgggtatggatgggtatgga 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