序列分析软件DNAMan.doc

序列分析软件 DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的 DNA 序列分析工具本文以 为例，简单介绍其使用方法打开 DNAMAN ，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见 Channel工具条，DNAMAN提供 20个 Channel ，如左所示：点击 Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的 Channel 每个 Channel 可以装入一个序列 将要分析的序列 （DNA 序列或氨基酸序列） 放入 Channel 中可以节约存取序列时间， 加快分析速度 此版本 DNAMAN 提供自动载入功能， 用户只需激活某个， 然后打开一个序列文件， 则打开的序列自动载入被激活的 Channel 中 Channel本文以具体使用 DNAMAN 的过程为例来说明如何使用 DNAMAN 分析序列1．将待分析序列装入 Channel（1 ）通过 File|Open 命令打开待分析序列文件，始为 channel1 ）可以通过激活不同的 channel(则打开的序列自动装入默认 Channel 。

初例如：channel5) 来改变序列装入的 Channel 2 ）通过 Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 可以通过 Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（ DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数2．以不同形式显示序列通过 Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应 RNA 序列参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary （显示概要） Show sites on sequence （在结果中显示酶切位点）Draw restriction map （显示限制性酶切图） Draw restriction pattern （显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than （忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than （忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标 DNA 特性）circular（环型DNA ）， dam/dcm methylation（ dam/dcm甲基化）all DNA in SequenceChannel（选择此项，在Sequence Channel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestriction pattern ，那么当所有的 channel 中共有两条 DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上 DNA 时，则只能用一个酶分析。

选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框：参数说明如下：Enzyme代表（ enzyme data file ），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项， restrict.enz 和dnamane.enz ，如果添加过自制的酶列表， 则附加显示自制酶列表文件名 其中 restrict.enz数据文件包含 180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含 2524 种限制酶 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中， 在右边空白框中列出 要自制酶切列表， 可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如 puc18 multiple cloning sites ），然后点击 按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点Cutter 酶切识别序列长度End 酶切产生的末端 其中包括， Blunt （平头末端）， 5’ Overhang（ 5’突出粘性末端）,3 ’Overhang(3突’出粘性末端 )系统根据 cutter 和 end 的设定情况 ,在左边酶列表中显示符合条件的酶。

最后，点击 按钮执行操作4． DNA 序列比对分析（ Dot Matrix Comparision ）要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：点击对比界面左上角的 按钮，出现下列对话框：参数说明如下：Sequence type 序列类型Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的 Channel ，则被选中的 Channel 中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在 File 选择框上点击即可通过 Length 选择参加比对的序列片段Sequence 2 参加比对的第二序列选择框； 选项说明同上 Show Sequence 选择此项， 当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见）Annotations 是否显示注释Comparision 比对参数， 其中 Window 代表 Window size （单位比对长度） ，Mismatch 代表 Mismatch size （单位比对长度中许可的错配值） 要快速比对， 需将此项设为 0 。

Both stran代表 Both strand （双链比对）选择此项，是指用 Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较Sequence 2 正链与 Sequence 1 比较结果用黑色点表示， Sequence2 负链比对结果用红色点表示Plot box 点阵图表显示参数， Position （起点坐标） Width（宽度值） Height （高度值） Framesize （边框线粗度值） Dot size （点粗度值） Gridline （虚线框数）参数设定好后，点击按钮 执行操作5．序列同源性分析（1 ）两序列同源性分析通过 Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Alignment method 比对方法，通常可选Quick( 快速比对 )或 Smith&Waterman( 最佳比对 )，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的 k-tuple 值 dna 序列： k-tuple值可选范围 2— 6 ；蛋白质序列： k-tuple 值可选范围 1—3。

其它参数说明从略2 ）多序列同源性分析通过打开 Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框，如下所示：。